Table 1 HRMA results of patient’s synovial fluids and tissues with three 16srRNA gene hypervariable regions primers (Temp_Min:80/90, Temp_Max:89/90)
Samples | Detected Bacteria | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
Culture results | Broad-range PCR | HRMA b (Tm (°C) / Aggregated Difference or Aggregated Distance) | ||||
Monomicrobial / Polymicrobial a | Microorganisms name | |||||
V1 | V3 | V6 | ||||
P1 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (81.60/0.7) | S. aureus (84.10/0.1) | S. aureus (83.70/0.5) |
P2 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (84.20/0.3) | S. aureus (85.10/0.1) | S.aureus (83.40/0.2) |
P3 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (84.30/0.4) | S. aureus (85.10/0.1) | S. aureus (83.00/0.2) |
P4 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (80.90/0.0) | S. aureus (84.00/0.0) | S. aureus (83.20/0.0) |
P5 | M / - | S. aureus | – | S. aureus (84.70/0.8) | S. aureus (84.40/0.6) | S. aureus (83.70/0.5) |
P6 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (83.20/0.2) | S. aureus (84.90/0.1) | S. aureus (81.70/0.2) |
P7 | M / - | S. epidermidis | + | S. epidermidis (83.50/0.2) | S. epidermidis (85.10/0.4) | S. epidermidis (83.70/0.1) |
P8 | M / - | S. epidermidis | + | S. epidermidis (82.70/0. 2) | S.epidermidis (85.80/0.2) | S.epidermidis (83.80/0.2) |
P9 | M / - | E. faecalis | + | S. epidermidis (83.10/0.6) | S. epidermidis (85.60/0.0) | S. epidermidis (83.20/0.4) |
P10 | M / - | E. faecalis | + | E. faecalis (86.30/0.1) | E. faecalis (85.80/0.3) | E. faecalis (84.10/0.0) |
P11 | M / - | S. haemolyticus | + | S. haemolyticus (83.80/0.1) | S. haemolyticus (87.50/0.0) | S. haemolyticus (83.80/0.5) |
P12 | M / - | K. pneumoniae | + | K. pneumoniae (86.13/0.03) | K. pneumoniae (86.80/0.7) | K. pneumoniae (82.95/0.5) |
P13 | M / - | E. coli | + | E. coli (85.40/0.4) | E. coli (86.20/0.1) | E. coli (84.50/0.3) |
P14 | M / - | P. aeruginosa | + | P. aeruginosa (87.50/0.5) | P. aeruginosa (85.30/0.8) | P. aeruginosa (84.90/0.1) |
P15 | M / - | B. melitensis | + | B. melitensis (82.60/0.0) | B. melitensis (85.40/0.1) | B. melitensis (86.40/0.4) |
P16 | M / - | B. melitensis | + | B. melitensis (82.70/0.1) | B. melitensis (85.40/0.1) | B. melitensis (86.40/0.4) |
P17 | - / - | – | + | F. magna (84.30/0. 0) | F. magna (85.50/0.0) | F. magna (82.20/0.0) |
P18 | M / - | S. aureus | + | S. epidermidis (83.20/0.5) | S. epidermidis (85.20/0.3) | S. epidermidis (83.50/0.3) |
P19 | M / - | S. aureus | + | S. epidermidis (83.10/0.6) | S. epidermidis (85.20/0.3) | S. epidermidis (83.80/0.0) |
P20 | M / - | S. aureus | + | S. haemolyticus (83.70/0.2) | S. haemolyticus (85.90/0.0) | S. haemolyticus (83.40/0.3) |
P21 | M / - | S. epidermidis | + | S. epidermidis (83.90/0.2) | S. epidermidis (85.70/0.2) | S. epidermidis (83.90/0.1) |
P22 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (83.40/0.3) | S. aureus (85.50/0.0) | S. aureus (83.20/0.5) |
P23 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (80.94/0.54) | S. aureus (85.80/0.54) | S. aureus (82.56/0.54) |
P24 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (80.94/0.04) | S. aureus (84.10/0.1) | S. aureus (82.80/0.4) |
P25 | M / - | S. epidermidis | + | S. epidermidis (82.30/0.6) | S. epidermidis (84.30/1.0) | S. epidermidis (84.10/0.4) |
P26 | M / - | S. epidermidis | + | E. faecalis (86.10/0.3) | E. faecalis (84.20/0.7) | E. faecalis (82.80/0.18) |
P27 | M / - | S. epidermidis | + | S. epidermidis (83.20/0.6) | S. epidermidis (84.20/0.22) | S. epidermidis (83.60/0.81) |
P28 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (82.10/1.2) | S. aureus (83.80/0.2) | S. aureus (83.20/0.0) |
P29 | M / - | S. epidermidis | + | E. faecalis (86.30/0.1) | E. faecalis (85.80/0.3) | E. faecalis (84.00/0.1) |
P30 | M / - | S. epidermidis | + | S. epidermidis (80.90/0.8) | S. epidermidis (85.50/0.2) | S. epidermidis (84.20/0.5) |
P31 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (84.20/0.3) | S. aureus (85.50/0.5) | S. aureus (83.20/0.0) |
P32 | M / - | S. aureus | + | S. epidermidis (81.70/0.0) | S. epidermidis (84.10/1.2) | S. epidermidis (83.80/0.1) |
P33 | M / - | S. aureus | + | S. aureus (83.50/0.4) | S. aureus (80.90/0.04) | S. aureus (82.40/0.1) |
P34 | M / - | E. faecalis | + | E. faecalis (85.89/0.51) | E. faecalis (85.47/0.53) | E. faecalis (83.73/0.07) |
P35 | M / - | S. epidermidis | + | S. epidermidis (82.60/0.1) | S. epidermidis (86.10/0.5) | S. epidermidis (83.00/0.6) |
P36 | M / - | S .aureus | + | S. aureus (81.50/0.2) | S. aureus (86.10/0.3) | S. aureus (83.10/0.5) |
P37 | M / - | E. faecalis | + | E. faecalis (86.51/0.1) | E. faecalis (81.98/4.02) | E. faecalis (83.96/0.2) |
P1 | - / P | S. epidermidis, A. baumannii | + | F. magna (85.50/1.0) | F. magna (85.20/0.3) | F. magna (82.90/0.2) |
P2 | P / - | S. aureus, P. mirabilis | + | S. sanguinis (83.60/0.1) | S. sanguinis (86.30/0.1) | S. sanguinis (83.90/0.1) |
P3 | P / - | S. aureus, C. avidum | + | C. avidum (85.80/0.1) | C. avidum (89.00/0.1) | C. avidum (85.60/0.3) |
P4 | P / - | S. aureus, E. faecalis | + | S. aureus (83.90/0.2) | S. aureus (85.90/0.4) | S. aureus (83.10/0.4) |
P5 | P / - | F. magna, E. faecalis | + | F. magna (84.20/0.3) | F. magna (85.30/0.2) | F. magna (82.70/0.0) |
P6 | P / - | E .faecalis, P. mirabilis | + | F. magna (84.20/0.3) | F. magna (86.80/1.3) | F. magna (82.60/0.1) |
P7 | P / - | S. epidermidis, yeast | + | S. aureus (80.90/0.0) | S. aureus (84.80/0.8) | S. aureus (83.60/0.4) |
P8 | P / - | E. faecalis, P. mirabilis | + | S. aureus (80.90/0.0) | S. aureus (83.30/0.7) | S. aureus (82.10/1.1) |
P9 | P / - | S. aureus, P. mirabilis | + | P. mirabilis (83.50/0.3) | P. mirabilis (87.00/0.2) | P. mirabilis (84.30/0.1) |
P10 | P / - | E. coli, E. tarda | + | E. coli (84.30/0.0) | E. coli (87.30/0.2) | E. coli (84.50/0.1) |
P11 | P / - | E. coli, A. baumannii, E. faecalis | + | P. mirabilis (83.80/0.04) | P. mirabilis (86.80/0.0) | P. mirabilis (83.80/0.7) |