Skip to main content

Table 1 HRMA results of patient’s synovial fluids and tissues with three 16srRNA gene hypervariable regions primers (Temp_Min:80/90, Temp_Max:89/90)

From: Efficacy of 16S rRNA variable regions high-resolution melt analysis for bacterial pathogens identification in periprosthetic joint infections

Samples Detected Bacteria
Culture results Broad-range PCR HRMA b (Tm (°C) / Aggregated Difference or Aggregated Distance)
Monomicrobial / Polymicrobial a Microorganisms name
V1 V3 V6
P1 M / - S. aureus + S. aureus (81.60/0.7) S. aureus (84.10/0.1) S. aureus (83.70/0.5)
P2 M / - S. aureus + S. aureus (84.20/0.3) S. aureus (85.10/0.1) S.aureus (83.40/0.2)
P3 M / - S. aureus + S. aureus (84.30/0.4) S. aureus (85.10/0.1) S. aureus (83.00/0.2)
P4 M / - S. aureus + S. aureus (80.90/0.0) S. aureus (84.00/0.0) S. aureus (83.20/0.0)
P5 M / - S. aureus S. aureus (84.70/0.8) S. aureus (84.40/0.6) S. aureus (83.70/0.5)
P6 M / - S. aureus + S. aureus (83.20/0.2) S. aureus (84.90/0.1) S. aureus (81.70/0.2)
P7 M / - S. epidermidis + S. epidermidis (83.50/0.2) S. epidermidis (85.10/0.4) S. epidermidis (83.70/0.1)
P8 M / - S. epidermidis + S. epidermidis (82.70/0. 2) S.epidermidis (85.80/0.2) S.epidermidis (83.80/0.2)
P9 M / - E. faecalis + S. epidermidis (83.10/0.6) S. epidermidis (85.60/0.0) S. epidermidis (83.20/0.4)
P10 M / - E. faecalis + E. faecalis (86.30/0.1) E. faecalis (85.80/0.3) E. faecalis (84.10/0.0)
P11 M / - S. haemolyticus + S. haemolyticus (83.80/0.1) S. haemolyticus (87.50/0.0) S. haemolyticus (83.80/0.5)
P12 M / - K. pneumoniae + K. pneumoniae (86.13/0.03) K. pneumoniae (86.80/0.7) K. pneumoniae (82.95/0.5)
P13 M / - E. coli + E. coli (85.40/0.4) E. coli (86.20/0.1) E. coli (84.50/0.3)
P14 M / - P. aeruginosa + P. aeruginosa (87.50/0.5) P. aeruginosa (85.30/0.8) P. aeruginosa (84.90/0.1)
P15 M / - B. melitensis + B. melitensis (82.60/0.0) B. melitensis (85.40/0.1) B. melitensis (86.40/0.4)
P16 M / - B. melitensis + B. melitensis (82.70/0.1) B. melitensis (85.40/0.1) B. melitensis (86.40/0.4)
P17 - / - + F. magna (84.30/0. 0) F. magna (85.50/0.0) F. magna (82.20/0.0)
P18 M / - S. aureus + S. epidermidis (83.20/0.5) S. epidermidis (85.20/0.3) S. epidermidis (83.50/0.3)
P19 M / - S. aureus + S. epidermidis (83.10/0.6) S. epidermidis (85.20/0.3) S. epidermidis (83.80/0.0)
P20 M / - S. aureus + S. haemolyticus (83.70/0.2) S. haemolyticus (85.90/0.0) S. haemolyticus (83.40/0.3)
P21 M / - S. epidermidis + S. epidermidis (83.90/0.2) S. epidermidis (85.70/0.2) S. epidermidis (83.90/0.1)
P22 M / - S. aureus + S. aureus (83.40/0.3) S. aureus (85.50/0.0) S. aureus (83.20/0.5)
P23 M / - S. aureus + S. aureus (80.94/0.54) S. aureus (85.80/0.54) S. aureus (82.56/0.54)
P24 M / - S. aureus + S. aureus (80.94/0.04) S. aureus (84.10/0.1) S. aureus (82.80/0.4)
P25 M / - S. epidermidis + S. epidermidis (82.30/0.6) S. epidermidis (84.30/1.0) S. epidermidis (84.10/0.4)
P26 M / - S. epidermidis + E. faecalis (86.10/0.3) E. faecalis (84.20/0.7) E. faecalis (82.80/0.18)
P27 M / - S. epidermidis + S. epidermidis (83.20/0.6) S. epidermidis (84.20/0.22) S. epidermidis (83.60/0.81)
P28 M / - S. aureus + S. aureus (82.10/1.2) S. aureus (83.80/0.2) S. aureus (83.20/0.0)
P29 M / - S. epidermidis + E. faecalis (86.30/0.1) E. faecalis (85.80/0.3) E. faecalis (84.00/0.1)
P30 M / - S. epidermidis + S. epidermidis (80.90/0.8) S. epidermidis (85.50/0.2) S. epidermidis (84.20/0.5)
P31 M / - S. aureus + S. aureus (84.20/0.3) S. aureus (85.50/0.5) S. aureus (83.20/0.0)
P32 M / - S. aureus + S. epidermidis (81.70/0.0) S. epidermidis (84.10/1.2) S. epidermidis (83.80/0.1)
P33 M / - S. aureus + S. aureus (83.50/0.4) S. aureus (80.90/0.04) S. aureus (82.40/0.1)
P34 M / - E. faecalis + E. faecalis (85.89/0.51) E. faecalis (85.47/0.53) E. faecalis (83.73/0.07)
P35 M / - S. epidermidis + S. epidermidis (82.60/0.1) S. epidermidis (86.10/0.5) S. epidermidis (83.00/0.6)
P36 M / - S .aureus + S. aureus (81.50/0.2) S. aureus (86.10/0.3) S. aureus (83.10/0.5)
P37 M / - E. faecalis + E. faecalis (86.51/0.1) E. faecalis (81.98/4.02) E. faecalis (83.96/0.2)
P1 - / P S. epidermidis, A. baumannii + F. magna (85.50/1.0) F. magna (85.20/0.3) F. magna (82.90/0.2)
P2 P / - S. aureus, P. mirabilis + S. sanguinis (83.60/0.1) S. sanguinis (86.30/0.1) S. sanguinis (83.90/0.1)
P3 P / - S. aureus, C. avidum + C. avidum (85.80/0.1) C. avidum (89.00/0.1) C. avidum (85.60/0.3)
P4 P / - S. aureus, E. faecalis + S. aureus (83.90/0.2) S. aureus (85.90/0.4) S. aureus (83.10/0.4)
P5 P / - F. magna, E. faecalis + F. magna (84.20/0.3) F. magna (85.30/0.2) F. magna (82.70/0.0)
P6 P / - E .faecalis, P. mirabilis + F. magna (84.20/0.3) F. magna (86.80/1.3) F. magna (82.60/0.1)
P7 P / - S. epidermidis, yeast + S. aureus (80.90/0.0) S. aureus (84.80/0.8) S. aureus (83.60/0.4)
P8 P / - E. faecalis, P. mirabilis + S. aureus (80.90/0.0) S. aureus (83.30/0.7) S. aureus (82.10/1.1)
P9 P / - S. aureus, P. mirabilis + P. mirabilis (83.50/0.3) P. mirabilis (87.00/0.2) P. mirabilis (84.30/0.1)
P10 P / - E. coli, E. tarda + E. coli (84.30/0.0) E. coli (87.30/0.2) E. coli (84.50/0.1)
P11 P / - E. coli, A. baumannii, E. faecalis + P. mirabilis (83.80/0.04) P. mirabilis (86.80/0.0) P. mirabilis (83.80/0.7)
  1. aMultiple melting curve profiles were produced, indicating a polymicrobial infection
  2. bHRMA, the most similar overall to reference strains
  3. S. aureus: Staphylococcus aureus, S. epidermidis: Staphylococcus epidermidis, S. haemolyticus: Staphylococcus hemolyticus, E. faecalis: Enterococcus faecalis, S. sanguinis: Streptococcus sanguinis, C. avidum: Cutibacterium avidum, F. magna: Finegoldia magna, B. melitensis: Brucella melitensis, E. coli: Escherichia coli, P. mirabilis: Proteus mirabilis, E. tarda: Edwardsiella tarda, P. aeruginosa: Pseudomonas aeruginosa, A. baumannii: Acinetobacter baumannii