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Table 1 Comparison between B. anthracis product sizes inferred by Agilent 2100 Bioanalyzer software (OBSERVED SIZE) and actual sizes obtained by direct sequencing of the PCR product or data available in Genbank (EXPECTED SIZE). UL BPS (unit length size).

From: Fieldable genotyping of Bacillus anthracis and Yersinia pestis based on 25-loci Multi Locus VNTR Analysis

MULTIPLEX MARKER (final primer concentration, μM) UL BPS ALLELE EXPECTED SIZE OBSERVED SIZE OFFSET
1 CG3 (1.1) 5 1 153 168 -15
    2 158 173 -15
  BAMS44 (0.8) 39 6 339 350 -11
    8 417 431 -14
  BAMS3 (0.6) 15 21 474 455 19
    24 519 499 20
    26 549 529 20
    27 564 546 18
    28 579 562 17
    30 609 586 23
2 vrrB2 (0.15) 9 4 135 141 -6
    6 153 159 -6
    7 162 168 -6
    8 171 177 -6
  BAMS5 (0.28) 39 3 229 230 -1
    5 307 297 10
    6 346 333 13
    7 385 370 15
    8 424 411 13
  BAMS15 (0.6) 9 24 418 427 -9
    27 445 448 -3
    41 571 581 -10
    42 580 595 -15
    44 598 613 -15
    45 607 619 -12
    46 616 624 -8
3 BAMS1 (0.6) 21 11 380 353 27
    12 401 371 30
    13 422 387 35
    14 443 404 39
    16 485 444 41
  vrrC1 (0.28) 9 46 517 501 16
    48 535 520 15
    53 583 564 19
    57 616 595 21
4 BAMS13 (0.28) 9 17 337 334 3
    20 364 362 2
    21 373 370 3
    24 391 386 5
    27 427 421 6
    30 454 452 2
    31 463 459 4
    47 607 597 10
    76 868 807 61
5 vrrB1 (0.15) 9 12 193 198 -5
    15 220 229 -9
    16 229 237 -8
    19 256 264 -8
  BAMS28 (0.6) 24 10 397 394 3
    13 469 468 1
    14 493 492 1
  vrrC2 (0.6) 18 17 532 515 17
    19 568 549 19
    21 604 583 21
6 BAMS53 (1.1) 12 6 212 224 -12
    8 236 249 -13
  BAMS31 (0.6) 9 15 331 332 -1
    49 637 638 -1
    55 691 674 17
    56 700 681 19
    57 709 684 25
    64 772 733 39
    65 781 742 39
    84 952 935 17
7 vrrA (0.1) 12 8 290 293 -3
    9 302 305 -3
    10 314 320 -6
    11 326 333 -7
  BAMS25 (1.1) 15 12 376 370 6
    13 391 381 10
  BAMS21 (1.1) 45 9 631 599 32
    10 676 629 47
8 BAMS34 (0.4) 39 8 425 399 26
    9 503 477 26
    11 581 550 31
9 BAMS24 (0.4) 42 9 511 526 -15
    10 553 571 -18
    11 595 608 -13
10 pXO1 (0.6) 3 6 123 135 -12
    7 126 138 -12
    8 129 141 -12
    9 132 145 -13
  BAMS51 (0.4) 45 6 358 338 20
    8 448 414 34
    9 493 468 25
    10 538 508 30
  BAMS22 (0.4) 36 11 555 527 28
    13 627 581 46
    14 663 624 39
    15 699 643 56
    16 735 659 76
11 BAMS23 (1.1) 42 5 399 377 22
    9 567 518 49
    10 609 557 52
    11 651 572 79
  pXO2 (0.28) 2 6 135 165 -30
    7 137 168 -31
    8 139 170 -31
    9 141 172 -31
12 BAMS30 (0.8) 9 6 268 269 -1
    17 367 360 7
    51 673 670 3
    57 727 685 42
    60 754 700 54
    68 826 770 56
    69 835 776 59
    72 862 796 66
    75 889 817 72
    78 916 840 76