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Table 1 Comparison between B. anthracis product sizes inferred by Agilent 2100 Bioanalyzer software (OBSERVED SIZE) and actual sizes obtained by direct sequencing of the PCR product or data available in Genbank (EXPECTED SIZE). UL BPS (unit length size).

From: Fieldable genotyping of Bacillus anthracis and Yersinia pestis based on 25-loci Multi Locus VNTR Analysis

MULTIPLEX

MARKER (final primer concentration, μM)

UL BPS

ALLELE

EXPECTED SIZE

OBSERVED SIZE

OFFSET

1

CG3 (1.1)

5

1

153

168

-15

   

2

158

173

-15

 

BAMS44 (0.8)

39

6

339

350

-11

   

8

417

431

-14

 

BAMS3 (0.6)

15

21

474

455

19

   

24

519

499

20

   

26

549

529

20

   

27

564

546

18

   

28

579

562

17

   

30

609

586

23

2

vrrB2 (0.15)

9

4

135

141

-6

   

6

153

159

-6

   

7

162

168

-6

   

8

171

177

-6

 

BAMS5 (0.28)

39

3

229

230

-1

   

5

307

297

10

   

6

346

333

13

   

7

385

370

15

   

8

424

411

13

 

BAMS15 (0.6)

9

24

418

427

-9

   

27

445

448

-3

   

41

571

581

-10

   

42

580

595

-15

   

44

598

613

-15

   

45

607

619

-12

   

46

616

624

-8

3

BAMS1 (0.6)

21

11

380

353

27

   

12

401

371

30

   

13

422

387

35

   

14

443

404

39

   

16

485

444

41

 

vrrC1 (0.28)

9

46

517

501

16

   

48

535

520

15

   

53

583

564

19

   

57

616

595

21

4

BAMS13 (0.28)

9

17

337

334

3

   

20

364

362

2

   

21

373

370

3

   

24

391

386

5

   

27

427

421

6

   

30

454

452

2

   

31

463

459

4

   

47

607

597

10

   

76

868

807

61

5

vrrB1 (0.15)

9

12

193

198

-5

   

15

220

229

-9

   

16

229

237

-8

   

19

256

264

-8

 

BAMS28 (0.6)

24

10

397

394

3

   

13

469

468

1

   

14

493

492

1

 

vrrC2 (0.6)

18

17

532

515

17

   

19

568

549

19

   

21

604

583

21

6

BAMS53 (1.1)

12

6

212

224

-12

   

8

236

249

-13

 

BAMS31 (0.6)

9

15

331

332

-1

   

49

637

638

-1

   

55

691

674

17

   

56

700

681

19

   

57

709

684

25

   

64

772

733

39

   

65

781

742

39

   

84

952

935

17

7

vrrA (0.1)

12

8

290

293

-3

   

9

302

305

-3

   

10

314

320

-6

   

11

326

333

-7

 

BAMS25 (1.1)

15

12

376

370

6

   

13

391

381

10

 

BAMS21 (1.1)

45

9

631

599

32

   

10

676

629

47

8

BAMS34 (0.4)

39

8

425

399

26

   

9

503

477

26

   

11

581

550

31

9

BAMS24 (0.4)

42

9

511

526

-15

   

10

553

571

-18

   

11

595

608

-13

10

pXO1 (0.6)

3

6

123

135

-12

   

7

126

138

-12

   

8

129

141

-12

   

9

132

145

-13

 

BAMS51 (0.4)

45

6

358

338

20

   

8

448

414

34

   

9

493

468

25

   

10

538

508

30

 

BAMS22 (0.4)

36

11

555

527

28

   

13

627

581

46

   

14

663

624

39

   

15

699

643

56

   

16

735

659

76

11

BAMS23 (1.1)

42

5

399

377

22

   

9

567

518

49

   

10

609

557

52

   

11

651

572

79

 

pXO2 (0.28)

2

6

135

165

-30

   

7

137

168

-31

   

8

139

170

-31

   

9

141

172

-31

12

BAMS30 (0.8)

9

6

268

269

-1

   

17

367

360

7

   

51

673

670

3

   

57

727

685

42

   

60

754

700

54

   

68

826

770

56

   

69

835

776

59

   

72

862

796

66

   

75

889

817

72

   

78

916

840

76