Table 1 Bacterial strains used in PNA-FISH assays and their specificity with Lac663 and Gard162 probes

Lactobacillus acidophilus

ATCC 4356^T

++++

-

L. crispatus

ATCC 33820^T

++++

-

L. gasseri

ATCC 9857^T

++++

-

L. reuteri

NCFB 2656^T

+++

-

L. rhamnosus

ATCC 7469^T

++++

-

L. rhamnosus

CECT 288^T

++++

-

L. johnsonii

ATCC 11506^T

++++

-

L. hilgardii

NCFB 962^T

+++

-

L. delbrueckii subsp. delbrueckii

ATCC 9649^T

+++

-

L. delbrueckii subsp. lactis

ATCC 12315^T

+++

-

L. pentosus

CECT 4023^T

++++

-

L. casei

CECT 5275^T

++++

-

L. coryniformis subsp. torquens

CECT 4129^T

++++

-

L. paracasei

CECT 227^T

++++

-

L. agilis

CCUG 31450^T

++++

-

L. animalis

ATCC 35046^T

+++

-

L. bifermentans

ATCC 35409^T

+++

-

L. brevis

ATCC 14869^T

++++

-

L. buchneri

ATCC 4005^T

+++

-

L. fermentum

ATCC 11739^T

+++

-

L. curvatus subsp. curvatus

ATCC 25601^T

++++

-

L. farciminis

DSM 20182T

++++

-

L. fructivorans

ATCC 8288^T

+++

-

L. gallinarum

CCUG 31412^T

++++

-

L. graminis

DSM 20719^T

++

-

L. hamsteri

ATCC 43851^T

+++

-

L. helveticus

ATCC 15009^T

++++

-

L. intestinalis

ATCC 49335^T

+++

-

L. murinus

ATCC 35020^T

++++

-

L. parabuchneri

ATCC 12936^T

++++

-

L. paracasei subsp. paracasei

CCUG 27320^T

+++

-

L. plantarum

NCIMB 8827^T

+++

-

L. ruminis

ATCC 27781^T

++++

-

L. sakei subsp. carnosus

CCUG 8045^T

++

-

L. salivarius

DEVRIESE 94/438^T

+++

-

L. plantarum

NCCB 46043^T

+++

-

L. lactis 53

-

-

-

Streptococcus. thermophilus A

-

-

-

S. thermophilus B

-

+++

-

Leuconostoc mesenteroides

-

-

-

Bacillus subtilis

DSM 7-10^T

-

-

Enterococcus faecium

CECT 410^T

-

-

E. faecalis

CECT 184^T

-

-

Gardnerella vaginalis 5-1

-

-

++++

G. vaginalis 101

-

-

++++

G. vaginalis AMD

-

-

++++

G. vaginalis

ATCC

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 1

-

+++

G. vaginalis

Belgian isolate 2

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 3

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 4

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 5

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 6

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 7

-

+++

G. vaginalis

Belgian isolate 8

-

+++

G. vaginalis

Belgian isolate 9

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 10

-

++

G. vaginalis

Belgian isolate 11

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 12

-

+++

G. vaginalis

Belgian isolate 13

-

+++

G. vaginalis

Belgian isolate 14

-

++

G. vaginalis

Belgian isolate 15

-

+++

G. vaginalis

Belgian isolate 16

-

+++

G. vaginalis

Belgian isolate 17

-

++++

G. vaginalis

Belgian isolate 18

-

++++

Atopobium vaginae

CCUG 38953^T

-

-

A. vaginae

CCUG 42099^T

-

-

A. vaginae

CCUG 44116^T

-

-

A. vaginae

Clinical isolate

-

-

Bacillus cereus

-

-

-

Enterobacter aerogenes

CECT 684^T

-

-

Escherichia coli O157:H7

NCTC 12900^T

-

-

Staphylococcus aureus

CECT 976^T

-

-

S. aureus

CECT 86^T

-

-

Shigella flexneri

ATCC 12022^T

-

-

Listeria monocytogenes

-

-

-

L. monocytogenes

CECT 5873^T

-

-

L. seeligeri

CECT 917^T

-

-

Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae

ATCC 11296^T

-

-

Salmonella Typhi

-

-

-

S. enterica

-

-

-

Escherichia coli

CECT 434^T

-

-

Prevotella bivia

ATCC 29303^T

-

-

Mobiluncus mulieris

ATCC 26-9^T

-

-

Fusobacteria nucleatum

Clinical isolate

-

-