A. Detection of genes encoding putative extracellular proteins | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Strain | M28_ Spy1306 | M28_ Spy1307 | M28_ Spy1308 | M28_ Spy1325 | M28_ Spy1326 | M28_ Spy1332 | M28_ Spy1336 | ||||||
GCS | |||||||||||||
15169 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15170 | + | + | - | - | + | - | - | ||||||
15172 | + | + | + | + | + | - | + | ||||||
15173 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15178 | + | + | + | + | + | + | + | ||||||
15181 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
GGS | |||||||||||||
15163 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15164 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15165 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15166 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15167 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15168 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15171 | + | + | + | + | + | - | + | ||||||
15174 | + | + | + | + | + | + | + | ||||||
15175 | + | + | + | - | - | - | - | ||||||
15176 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15177 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15179 | + | + | - | + | + | - | + | ||||||
15180 | + | + | + | + | + | - | + | ||||||
15182 | + | + | + | + | + | + | + | ||||||
B. PCR-tiling across the entire RD2 element. Example of the tiling across RD2 is presented in Figure 3. (+) PCR product present, (-) no product, * amplified fragment of different size than for strain MGAS6180 | |||||||||||||
 |  | PCR-tiling fragment no. | |||||||||||
Strain | group | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 |
6180 | A | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
15178 | C | - | + | + | + | + | - | - | + | - | - | + | - |
15174 | G | +(*) | + | + | + | + | + | - | + | + | + | + | - |
15182 | G | - | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | - |