qPCR target | Primer set | Thermal cycling profile | No. cycles | Reference |
---|---|---|---|---|
16S RNA | 520F, 926R complemented | 95° C/45 s, 60 °C/45 s, 72 °C/60 s, 84 °C/20 s | 40 | |
amoA | amoA1_F, amoA2_R | 95 °C/30 s, 59 °C/30 s, 72 °C/20 s, 80 °C/20 s | 35 | [103] |
nifH | IGK3, DVV | 95 °C/20 s, 55 °C/30 s, 72 °C/30 s, 84 °C/20 s | 40 | [58] |
nirK | nirK876, nirK 5R | 95 °C/20 s, 63 °C/25 s, 72 °C/60 s, 80 °C/20 s | 40 | |
nirS | Cd3aF, R3cd | 95 °C/20 s, 63 °C/25 s, 72 °C/60 s, 80 °C/20 s | 40 | |
nosZ | nosZ2F, nosZ2R | 95 °C/30 s, 63 °C/50 s, 72 °C/50 s, 80 °C/20 s | 40 | [108] |