TY - JOUR AU - Sunagawa, S. AU - Mende, D. R. AU - Zeller, G. AU - Izquierdo-Carrasco, F. AU - Berger, S. A. AU - Kultima, J. R. AU - Coelho, L. P. AU - Arumugam, M. AU - Tap, J. AU - Nielsen, H. B. AU - Rasmussen, S. AU - Brunak, S. AU - Pedersen, O. AU - Guarner, F. AU - Vos, W. M. AU - Wang, J. AU - Li, J. AU - Dore, J. AU - Ehrlich, S. D. AU - Stamatakis, A. AU - Bork, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2693 DO - 10.1038/nmeth.2693 ID - Sunagawa2013 ER - TY - JOUR AU - Ghilamicael, A. M. AU - Budambula, N. L. M. AU - Anami, S. E. AU - Mehari, T. AU - Boga, H. I. PY - 2017 DA - 2017// TI - Evaluation of prokaryotic diversity of five hot springs in Eritrea JO - BMC Microbiol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12866-017-1113-4 DO - 10.1186/s12866-017-1113-4 ID - Ghilamicael2017 ER - TY - JOUR AU - Ranjan, R. AU - Rani, A. AU - Metwally, A. AU - McGee, H. S. AU - Perkins, D. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Analysis of the microbiome: advantages of whole genome shotgun versus 16S amplicon sequencing JO - Biochem Biophys Res Commu VL - 469 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2015.12.083 DO - 10.1016/j.bbrc.2015.12.083 ID - Ranjan2016 ER - TY - JOUR AU - Hao, X. AU - Chen, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - OTU analysis using metagenomic shotgun sequencing data JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0049785 DO - 10.1371/journal.pone.0049785 ID - Hao2012 ER - TY - JOUR AU - Brooks, J. P. AU - Edwards, D. J. AU - Harwich, M. D. AU - Rivera, M. C. AU - Fettweis, J. M. AU - Serrano, M. G. AU - Reris, R. A. AU - Sheth, N. U. AU - Huang, B. AU - Girerd, P. AU - Strauss, J. F. AU - Jefferson, K. K. AU - Buck, G. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - The truth about metagenomics: quantifying and counteracting bias in 16S rRNA studies JO - BMC Microbiol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s12866-015-0351-6 DO - 10.1186/s12866-015-0351-6 ID - Brooks2015 ER - TY - JOUR AU - Fierer, N. AU - Leff, J. W. AU - Adams, B. J. AU - Nielsen, U. N. AU - Bates, S. T. AU - Lauber, C. L. AU - Owens, S. AU - Gilbert, J. A. AU - Wall, D. H. AU - Caporaso, J. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Cross-biome metagenomic analyses of soil microbial communities and their functional attributes JO - PNAS. VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1215210110 DO - 10.1073/pnas.1215210110 ID - Fierer2012 ER - TY - JOUR AU - Poretsky, R. AU - Rodriguez-R, L. M. AU - Luo, C. AU - Tsementzi, D. AU - Konstantinidis, K. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Strengths and limitations of 16S rRNA gene amplicon sequencing in revealing temporal microbial community dynamics JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0093827 DO - 10.1371/journal.pone.0093827 ID - Poretsky2014 ER - TY - JOUR AU - Sharpton, T. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - An introduction to the analysis of shotgun metagenomic data JO - Front Plant Sci VL - 5 UR - https://doi.org/10.3389/fpls.2014.00209 DO - 10.3389/fpls.2014.00209 ID - Sharpton2014 ER - TY - JOUR AU - Zhou, J. AU - He, Z. AU - Yang, Y. AU - Deng, Y. AU - Tringe, S. G. AU - Alvarez-Cohen, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - High-throughput metagenomic technologies for complex microbial community analysis: open and closed formats JO - mBio VL - 6 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.02288-14 DO - 10.1128/mBio.02288-14 ID - Zhou2015 ER - TY - JOUR AU - Steele, H. L. AU - Streit, W. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Metagenomics: advances in ecology and biotechnology JO - FEMS Microbiol Lett VL - 247 UR - https://doi.org/10.1016/j.femsle.2005.05.011 DO - 10.1016/j.femsle.2005.05.011 ID - Steele2005 ER - TY - JOUR AU - Langille, M. G. I. AU - Zaneveld, J. AU - Caporaso, J. G. AU - McDonald, D. AU - Knights, D. AU - Reyes, J. A. AU - Clemente, J. C. AU - Burkepile, D. E. AU - Vega Thurber, R. L. AU - Knight, R. AU - Beiko, R. G. AU - Huttenhower, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences JO - Nat Biotech VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2676 DO - 10.1038/nbt.2676 ID - Langille2013 ER - TY - JOUR AU - Aßhauer, K. P. AU - Wemheuer, B. AU - Daniel, R. AU - Meinicke, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Tax4Fun: predicting functional profiles from metagenomic 16S rRNA data JO - Bioinformatics. VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv287 DO - 10.1093/bioinformatics/btv287 ID - Aßhauer2015 ER - TY - JOUR AU - Nagpal, S. AU - Haque, M. M. AU - Mande, S. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Vikodak - a modular framework for inferring functional potential of microbial communities from 16S metagenomic datasets JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0148347 DO - 10.1371/journal.pone.0148347 ID - Nagpal2016 ER - TY - JOUR AU - Alexandre, G. AU - Greer-Phillips, S. AU - Zhulin, I. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ecological role of energy taxis in microorganisms JO - FEMS Microbiol Rev VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.femsre.2003.10.003 DO - 10.1016/j.femsre.2003.10.003 ID - Alexandre2004 ER - TY - JOUR AU - Eisen, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Environmental shotgun sequencing: its potential and challenges for studying the hidden world of microbes JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050082 DO - 10.1371/journal.pbio.0050082 ID - Eisen2007 ER - TY - JOUR AU - Hillmann, B. AU - Al-Ghalith, G. A. AU - Shields-Cutler, R. R. AU - Zhu, Q. AU - Gohl, D. M. AU - Beckman, K. B. AU - Knight, R. AU - Knights, D. PY - 2018 DA - 2018// TI - Evaluating the information content of shallow shotgun metagenomics JO - mSystems VL - 3 UR - https://doi.org/10.1128/mSystems.00069-18 DO - 10.1128/mSystems.00069-18 ID - Hillmann2018 ER - TY - JOUR AU - Peabody, M. A. AU - Rossum, T. AU - Lo, R. AU - Brinkman, F. S. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evaluation of shotgun metagenomics sequence classification methods using in silico and in vitro simulated communities JO - BMC Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12859-015-0788-5 DO - 10.1186/s12859-015-0788-5 ID - Peabody2015 ER - TY - JOUR AU - Bragg, L. M. AU - Stone, G. AU - Butler, M. K. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Shining a light on dark sequencing: characterising errors in ion torrent PGM data JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003031 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003031 ID - Bragg2013 ER - TY - JOUR AU - Clooney, A. G. AU - Fouhy, F. AU - Sleator, R. D. AU - O’Driscoll, A. AU - Stanton, C. AU - Cotter, P. D. AU - Claesson, M. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Comparing apples and oranges?: next generation sequencing and its impact on microbiome analysis JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0148028 DO - 10.1371/journal.pone.0148028 ID - Clooney2016 ER - TY - JOUR AU - Riquelme, C. r. i. s. t. i. n. a. AU - Enes Dapkevicius, M. a. r. i. a. d. e. L. u. r. d. e. s. AU - Miller, A. n. a. Z. AU - Charlop-Powers, Z. a. c. h. a. r. y. AU - Brady, S. e. a. n. AU - Mason, C. o. h. o. r. d. AU - Cheeptham, N. a. o. w. a. r. a. t. PY - 2016 DA - 2016// TI - Biotechnological potential of Actinobacteria from Canadian and Azorean volcanic caves JO - Applied Microbiology and Biotechnology VL - 101 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-016-7932-7 DO - 10.1007/s00253-016-7932-7 ID - Riquelme2016 ER - TY - JOUR AU - Tomczyk-Żak, K. AU - Zielenkiewicz, U. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbial diversity in caves JO - Geomicrobiol J VL - 33 UR - https://doi.org/10.1080/01490451.2014.1003341 DO - 10.1080/01490451.2014.1003341 ID - Tomczyk-Żak2016 ER - TY - JOUR AU - Maciejewska, M. AU - Adam, D. AU - Naome, A. AU - Martinet, L. AU - Tenconi, E. AU - Calusinska, M. AU - Delfosse, P. AU - Hanikenne, M. AU - Baurain, D. AU - Compere, P. AU - Carnol, M. AU - Barton, H. AU - Rigali, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Assessment of the potential role of Streptomyces in cave moonmilk formation JO - Front Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.01181 DO - 10.3389/fmicb.2017.01181 ID - Maciejewska2017 ER - TY - JOUR AU - Cuezva, S. AU - Fernandez-Cortes, A. AU - Porca, E. AU - Pasic, L. AU - Jurado, V. AU - Hernandez-Marine, M. AU - Serrano-Ortiz, P. AU - Hermosin, B. AU - Canaveras, J. C. AU - Sanchez-Moral, S. AU - Saiz-Jimenez, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - The biogeochemical role of Actinobacteria in Altamira cave, Spain JO - FEMS Microbiol Ecol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2012.01391.x DO - 10.1111/j.1574-6941.2012.01391.x ID - Cuezva2012 ER - TY - JOUR AU - Mandal, S. AU - Chatterjee, R. AU - Kumar, N. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Dominant bacterial phyla in caves and their predicted functional roles in C and N cycle JO - BMC Microbiol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12866-017-1002-x DO - 10.1186/s12866-017-1002-x ID - Mandal2017 ER - TY - JOUR AU - Ortiz, M. AU - Legatzki, A. AU - Neilson, J. W. AU - Fryslie, B. AU - Nelson, W. M. AU - Wing, R. A. AU - Soderlund, C. A. AU - Pryor, B. M. AU - Maier, R. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Making a living while starving in the dark: metagenomic insights into the energy dynamics of a carbonate cave JO - ISME J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2013.159 DO - 10.1038/ismej.2013.159 ID - Ortiz2014 ER - TY - JOUR AU - Zepeda Mendoza, M. L. AU - Lundberg, J. AU - Ivarsson, M. AU - Campos, P. AU - Nylander, J. A. A. AU - Sallstedt, T. AU - Dalen, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metagenomic analysis from the interior of a speleothem in Tjuv-Ante's cave, northern Sweden JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0151577 DO - 10.1371/journal.pone.0151577 ID - Zepeda Mendoza2016 ER - TY - JOUR AU - Wiseschart, A. p. i. r. a. k. AU - Mhuanthong, W. u. t. t. i. c. h. a. i. AU - Thongkam, P. a. t. t. a. m. a. p. o. r. n. AU - Tangphatsornruang, S. i. t. h. i. c. h. o. k. e. AU - Chantasingh, D. u. r. i. y. a. AU - Pootanakit, K. u. s. o. l. PY - 2018 DA - 2018// TI - Bacterial Diversity and Phylogenetic Analysis of Type II Polyketide Synthase Gene from Manao-Pee Cave, Thailand JO - Geomicrobiology Journal VL - 35 UR - https://doi.org/10.1080/01490451.2017.1411993 DO - 10.1080/01490451.2017.1411993 ID - Wiseschart2018 ER - TY - BOOK AU - Sambrook, J. AU - Russell, D. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Molecular cloning: a laboratory manual: cold Spring Harbor laboratory press ID - Sambrook2001 ER - TY - JOUR AU - Cock, P. J. A. AU - Fields, C. J. AU - Goto, N. AU - Heuer, M. L. AU - Rice, P. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp1137 DO - 10.1093/nar/gkp1137 ID - Cock2010 ER - TY - JOUR AU - Zhu, W. AU - Lomsadze, A. AU - Borodovsky, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ab initio gene identification in metagenomic sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq275 DO - 10.1093/nar/gkq275 ID - Zhu2010 ER - TY - JOUR AU - Zhao, Y. AU - Tang, H. AU - Ye, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - RAPSearch2: a fast and memory-efficient protein similarity search tool for next-generation sequencing data JO - Bioinformatics. VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr595 DO - 10.1093/bioinformatics/btr595 ID - Zhao2012 ER - TY - JOUR AU - Suzek, B. E. AU - Wang, Y. AU - Huang, H. AU - McGarvey, P. B. AU - Wu, C. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - UniRef clusters: a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches JO - Bioinformatics. VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu739 DO - 10.1093/bioinformatics/btu739 ID - Suzek2015 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Auch, A. F. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5969107 DO - 10.1101/gr.5969107 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Quast, C. AU - Pruesse, E. AU - Yilmaz, P. AU - Gerken, J. AU - Schweer, T. AU - Yarza, P. AU - Peplies, J. AU - Glöckner, F. O. PY - 2013 DA - 2013// TI - The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools JO - Nucleic Acids Res VL - 41 ID - Quast2013 ER - TY - JOUR AU - Tang, H. AU - Shi, X. AU - Wang, X. AU - Hao, H. AU - Zhang, X. -. M. AU - Zhang, L. -. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Environmental controls over Actinobacteria communities in ecological sensitive Yanshan Mountains zone JO - Front Microbiol VL - 7 ID - Tang2016 ER - TY - JOUR AU - O’Malley, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - ‘Everything is everywhere: but the environment selects’: ubiquitous distribution and ecological determinism in microbial biogeography JO - Stud History Philosophy Sci Part C VL - 39 UR - https://doi.org/10.1016/j.shpsc.2008.06.005 DO - 10.1016/j.shpsc.2008.06.005 ID - O’Malley2008 ER - TY - JOUR AU - Lavoie, K. AU - Ruhumbika, T. AU - Bawa, A. AU - Whitney, A. AU - Ondarza, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - High levels of antibiotic resistance but no antibiotic production detected along a gypsum gradient in great Onyx cave, KY, USA JO - Diversity VL - 9 UR - https://doi.org/10.3390/d9010004 DO - 10.3390/d9010004 ID - Lavoie2017 ER - TY - JOUR AU - Ortiz, M. AU - Neilson, J. AU - Nelson, W. AU - Legatzki, A. AU - Byrne, A. AU - Yu, Y. AU - Wing, R. AU - Soderlund, C. AU - Pryor, B. AU - Pierson, L. AU - Maier, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Profiling bacterial diversity and taxonomic composition on speleothem surfaces in Kartchner caverns, AZ JO - Microb Ecol VL - 65 UR - https://doi.org/10.1007/s00248-012-0143-6 DO - 10.1007/s00248-012-0143-6 ID - Ortiz2013 ER - TY - JOUR AU - Shivlata, L. AU - Tulasi, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Thermophilic and alkaliphilic Actinobacteria: biology and potential applications JO - Front Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01014 DO - 10.3389/fmicb.2015.01014 ID - Shivlata2015 ER - TY - JOUR AU - Idris, H. AU - Goodfellow, M. AU - Sanderson, R. AU - Asenjo, J. A. AU - Bull, A. T. PY - 2017 DA - 2017// TI - Actinobacterial rare biospheres and dark matter revealed in habitats of the Chilean Atacama Desert JO - Sci Rep VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/s41598-017-08937-4 DO - 10.1038/s41598-017-08937-4 ID - Idris2017 ER - TY - JOUR AU - Cantillo, A. AU - Shapiro, N. AU - Woyke, T. AU - Kyrpides, N. C. AU - Baena, S. AU - Zambrano, M. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genome sequences of Actinobacteria from extreme environments in Colombia JO - Microbiol Resour Announc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1128/MRA.01384-18 DO - 10.1128/MRA.01384-18 ID - Cantillo2018 ER - TY - JOUR AU - Maciejewska, M. AU - Adam, D. AU - Martinet, L. AU - Naômé, A. AU - Całusińska, M. AU - Delfosse, P. AU - Carnol, M. AU - Barton, H. A. AU - Hayette, M. -. P. AU - Smargiasso, N. AU - Pauw, E. AU - Hanikenne, M. AU - Baurain, D. AU - Rigali, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - A phenotypic and genotypic analysis of the antimicrobial potential of cultivable Streptomyces isolated from cave moonmilk deposits JO - Front Microbiol VL - 7 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.01455 DO - 10.3389/fmicb.2016.01455 ID - Maciejewska2016 ER - TY - JOUR AU - Maciejewska, M. AU - Calusinska, M. AU - Cornet, L. AU - Adam, D. AU - Pessi, I. S. AU - Malchair, S. AU - Delfosse, P. AU - Baurain, D. AU - Barton, H. A. AU - Carnol, M. AU - Rigali, S. PY - 2018 DA - 2018// TI - High-throughput sequencing analysis of the actinobacterial spatial diversity in moonmilk deposits JO - Antibiotics (Basel) VL - 7 UR - https://doi.org/10.3390/antibiotics7020027 DO - 10.3390/antibiotics7020027 ID - Maciejewska2018 ER - TY - JOUR AU - Chen, M. AU - Xu, P. AU - Zeng, G. AU - Yang, C. AU - Huang, D. AU - Zhang, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bioremediation of soils contaminated with polycyclic aromatic hydrocarbons, petroleum, pesticides, chlorophenols and heavy metals by composting: applications, microbes and future research needs JO - Biotechnol Adv VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2015.05.003 DO - 10.1016/j.biotechadv.2015.05.003 ID - Chen2015 ER - TY - JOUR AU - Cockell, C. S. AU - Kelly, L. C. AU - Marteinsson, V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Actinobacteria—an ancient phylum active in volcanic rock weathering JO - Geomicrobiol J VL - 30 UR - https://doi.org/10.1080/01490451.2012.758196 DO - 10.1080/01490451.2012.758196 ID - Cockell2013 ER - TY - JOUR AU - Palaniyandi, S. A. AU - Yang, S. H. AU - Zhang, L. AU - Suh, J. -. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Effects of Actinobacteria on plant disease suppression and growth promotion JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 97 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-013-5206-1 DO - 10.1007/s00253-013-5206-1 ID - Palaniyandi2013 ER - TY - JOUR AU - Tisato, N. AU - Torriani, S. F. F. AU - Monteux, S. AU - Sauro, F. AU - Waele, J. AU - Tavagna, M. L. AU - D’Angeli, I. M. AU - Chailloux, D. AU - Renda, M. AU - Eglinton, T. I. AU - Bontognali, T. R. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Microbial mediation of complex subterranean mineral structures JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep15525 DO - 10.1038/srep15525 ID - Tisato2015 ER - TY - JOUR AU - Norris, P. R. AU - Davis-Belmar, C. S. AU - Brown, C. F. AU - Calvo-Bado, L. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Autotrophic, sulfur-oxidizing Actinobacteria in acidic environments JO - Extremophiles. VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s00792-011-0358-3 DO - 10.1007/s00792-011-0358-3 ID - Norris2011 ER - TY - JOUR AU - Sathya, A. AU - Vijayabharathi, R. AU - Gopalakrishnan, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Plant growth-promoting Actinobacteria: a new strategy for enhancing sustainable production and protection of grain legumes JO - 3 Biotech VL - 7 UR - https://doi.org/10.1007/s13205-017-0736-3 DO - 10.1007/s13205-017-0736-3 ID - Sathya2017 ER - TY - JOUR AU - Riquelme, C. AU - Marshall Hathaway, J. J. AU - Enes Dapkevicius, M. D. L. AU - Miller, A. Z. AU - Kooser, A. AU - Northup, D. E. AU - Jurdo, V. AU - Fernandaz, O. AU - Saiz-Jimenez, C. AU - Cheeptham, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Actinobacterial diversity in volcanic caves and associated geomicrobiological interactions JO - Front Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01342 DO - 10.3389/fmicb.2015.01342 ID - Riquelme2015 ER - TY - JOUR AU - Rateb, M. E. AU - Houssen, W. E. AU - Harrison, W. T. A. AU - Deng, H. AU - Okoro, C. K. AU - Asenjo, J. A. AU - Andrews, B. A. AU - Bull, A. T. AU - Goodfellow, M. AU - Ebel, R. AU - Jaspars, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Diverse metabolic profiles of a Streptomyces strain isolated from a hyper-arid environment JO - J Nat Prod VL - 74 UR - https://doi.org/10.1021/np200470u DO - 10.1021/np200470u ID - Rateb2011 ER - TY - JOUR AU - Ward, A. C. AU - Allenby, N. E. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genome mining for the search and discovery of bioactive compounds: the Streptomyces paradigm JO - FEMS Microbiol Lett VL - 365 UR - https://doi.org/10.1093/femsle/fny079 DO - 10.1093/femsle/fny079 ID - Ward2018 ER - TY - JOUR AU - Genilloud, O. PY - 2017 DA - 2017// TI - Actinomycetes: still a source of novel antibiotics JO - Nat Prod Rep VL - 34 UR - https://doi.org/10.1039/C7NP00026J DO - 10.1039/C7NP00026J ID - Genilloud2017 ER - TY - JOUR AU - Sarmiento-Vizcaíno, A. AU - Braña, F. A. AU - Pérez-Victoria, I. AU - Martín, J. AU - Pedro, N. AU - Cruz, D. M. AU - Díaz, C. AU - Vicente, F. AU - Acuña, L. J. AU - Reyes, F. AU - García, A. L. AU - Blanco, G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Paulomycin g, a new natural product with cytotoxic activity against tumor cell lines produced by deep-sea sediment derived Micromonospora matsumotoense M-412 from the Avilés canyon in the Cantabrian Sea JO - Mar Drugs VL - 15 UR - https://doi.org/10.3390/md15090271 DO - 10.3390/md15090271 ID - Sarmiento-Vizcaíno2017 ER - TY - JOUR AU - Tiwari, K. AU - Gupta, R. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Rare actinomycetes: a potential storehouse for novel antibiotics JO - Crit Rev Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.3109/07388551.2011.562482 DO - 10.3109/07388551.2011.562482 ID - Tiwari2012 ER - TY - CHAP AU - Kersters, K. AU - Vos, P. AU - Gillis, M. AU - Swings, J. AU - Vandamme, P. AU - Stackebrandt, E. ED - Dworkin, M. ED - Falkow, S. ED - Rosenberg, E. ED - Schleifer, K. -. H. ED - Stackebrandt, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Introduction to the Proteobacteria BT - The prokaryotes: volume 5: Proteobacteria: alpha and beta subclasses PB - Springer New York CY - New York ID - Kersters2006 ER - TY - JOUR AU - Spain, A. M. AU - Krumholz, L. R. AU - Elshahed, M. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Abundance, composition, diversity and novelty of soil Proteobacteria JO - ISME J. VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.43 DO - 10.1038/ismej.2009.43 ID - Spain2009 ER - TY - JOUR AU - Oliveira, C. AU - Gunderman, L. AU - Coles, A. C. AU - Lochmann, J. AU - Parks, M. AU - Ballard, E. AU - Glazko, G. AU - Rahmatallah, Y. AU - Tackett, A. J. AU - Thomas, D. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - 16S rRNA gene-based metagenomic analysis of Ozark cave bacteria JO - Diversity (Basel) VL - 9 UR - https://doi.org/10.3390/d9030031 DO - 10.3390/d9030031 ID - Oliveira2017 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Wu, L. AU - Boden, R. AU - Hillebrand, A. AU - Kumaresan, D. AU - Moussard, H. AU - Baciu, M. AU - Lu, Y. AU - Colin, M. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Life without light: microbial diversity and evidence of sulfur- and ammonium-based chemolithotrophy in Movile cave JO - ISME J. VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.57 DO - 10.1038/ismej.2009.57 ID - Chen2009 ER - TY - JOUR AU - Kang, T. J. AU - Lee, E. Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metabolic versatility of microbial methane oxidation for biocatalytic methane conversion JO - J Ind Eng Chem VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/j.jiec.2016.01.017 DO - 10.1016/j.jiec.2016.01.017 ID - Kang2016 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Beer, L. L. AU - Whitman, W. B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Methanogens: a window into ancient sulfur metabolism JO - Trends Microbiol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2012.02.002 DO - 10.1016/j.tim.2012.02.002 ID - Liu2012 ER - TY - JOUR AU - Taubner, R. -. S. AU - Schleper, C. AU - Firneis, M. G. AU - Rittmann, S. K. M. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Assessing the ecophysiology of methanogens in the context of recent astrobiological and planetological studies JO - Life (Basel) VL - 5 ID - Taubner2015 ER - TY - JOUR AU - Lyu, Z. AU - Shao, N. AU - Akinyemi, T. AU - Whitman, W. B. PY - 2018 DA - 2018// TI - Methanogenesis JO - Curr Biol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.05.021 DO - 10.1016/j.cub.2018.05.021 ID - Lyu2018 ER - TY - JOUR AU - Waring, C. L. AU - Hankin, S. I. AU - Griffith, D. W. T. AU - Kertesz, M. A. AU - Kobylski, V. AU - Wilson, N. L. AU - Coleman, N. V. AU - Kettlewell, G. AU - Zlot, R. AU - Bosse, M. AU - Bell, G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Seasonal total methane depletion in limestone caves JO - Sci Rep VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/s41598-017-07769-6 DO - 10.1038/s41598-017-07769-6 ID - Waring2017 ER - TY - JOUR AU - Hügler, M. AU - Wirsen, C. O. AU - Fuchs, G. AU - Taylor, C. D. AU - Sievert, S. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence for autotrophic CO2 fixation via the reductive tricarboxylic acid cycle by members of the ε subdivision of Proteobacteria JO - J Bacteriol VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.9.3020-3027.2005 DO - 10.1128/JB.187.9.3020-3027.2005 ID - Hügler2005 ER - TY - JOUR AU - Hoefman, S. AU - Ha, D. AU - Boon, N. AU - Vandamme, P. AU - Vos, P. AU - Heylen, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Niche differentiation in nitrogen metabolism among methanotrophs within an operational taxonomic unit JO - BMC Microbiol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-14-83 DO - 10.1186/1471-2180-14-83 ID - Hoefman2014 ER - TY - JOUR AU - Berg, I. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Ecological aspects of the distribution of different autotrophic CO2 fixation pathways JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02473-10 DO - 10.1128/AEM.02473-10 ID - Berg2011 ER - TY - JOUR AU - Oostergetel, G. T. AU - Amerongen, H. AU - Boekema, E. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The chlorosome: a prototype for efficient light harvesting in photosynthesis JO - Photosynth Res VL - 104 UR - https://doi.org/10.1007/s11120-010-9533-0 DO - 10.1007/s11120-010-9533-0 ID - Oostergetel2010 ER - TY - JOUR AU - Khadka, B. AU - Adeolu, M. AU - Blankenship, R. E. AU - Gupta, R. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Novel insights into the origin and diversification of photosynthesis based on analyses of conserved indels in the core reaction center proteins JO - Photosynth Res VL - 131 UR - https://doi.org/10.1007/s11120-016-0307-1 DO - 10.1007/s11120-016-0307-1 ID - Khadka2017 ER - TY - JOUR AU - Gupta, R. S. AU - Khadka, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Evidence for the presence of key chlorophyll-biosynthesis-related proteins in the genus Rubrobacter (phylum Actinobacteria) and its implications for the evolution and origin of photosynthesis JO - Photosynth Res VL - 127 UR - https://doi.org/10.1007/s11120-015-0177-y DO - 10.1007/s11120-015-0177-y ID - Gupta2016 ER - TY - JOUR AU - Geisseler, D. AU - Horwath, W. R. AU - Joergensen, R. G. AU - Ludwig, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Pathways of nitrogen utilization by soil microorganisms – a review JO - Soil Biol Biochem VL - 42 UR - https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2010.08.021 DO - 10.1016/j.soilbio.2010.08.021 ID - Geisseler2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. AU - Niu, J. AU - Liang, Y. AU - Liu, X. AU - Yin, H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metagenome-scale analysis yields insights into the structure and function of microbial communities in a copper bioleaching heap JO - BMC Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12863-016-0330-4 DO - 10.1186/s12863-016-0330-4 ID - Zhang2016 ER - TY - JOUR AU - Hoffman, B. M. AU - Lukoyanov, D. AU - Yang, Z. -. Y. AU - Dean, D. R. AU - Seefeldt, L. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Mechanism of nitrogen fixation by nitrogenase: the next stage JO - Chem Rev VL - 114 UR - https://doi.org/10.1021/cr400641x DO - 10.1021/cr400641x ID - Hoffman2014 ER - TY - JOUR AU - Desai, M. S. AU - Assig, K. AU - Dattagupta, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Nitrogen fixation in distinct microbial niches within a chemoautotrophy-driven cave ecosystem JO - ISME J. VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2013.126 DO - 10.1038/ismej.2013.126 ID - Desai2013 ER - TY - JOUR AU - Muyzer, G. AU - Stams, A. J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The ecology and biotechnology of sulphate-reducing bacteria JO - Nat Rev Microbiol. VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1892 DO - 10.1038/nrmicro1892 ID - Muyzer2008 ER - TY - JOUR AU - Hofer, U. PY - 2018 DA - 2018// TI - Environmental microbiology: new diversity in the sulfur cycle JO - Nat Rev Microbiol VL - 16 ID - Hofer2018 ER - TY - JOUR AU - Weckopp, S. C. AU - Kopriva, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Are changes in sulfate assimilation pathway needed for evolution of C4 photosynthesis? JO - Front Plant Sci VL - 5 UR - https://doi.org/10.3389/fpls.2014.00773 DO - 10.3389/fpls.2014.00773 ID - Weckopp2015 ER - TY - JOUR AU - Koprivova, A. AU - Melzer, M. AU - Ballmoos, P. AU - Mandel, T. AU - Brunold, C. AU - Kopriva, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Assimilatory sulfate reduction in C3, C3-C4, and C4 species of Flaveria JO - Plant Physiol VL - 127 UR - https://doi.org/10.1104/pp.010144 DO - 10.1104/pp.010144 ID - Koprivova2001 ER - TY - CHAP AU - Goyal, P. AU - Basniwal, R. K. ED - Hashmi, M. Z. ED - Kumar, V. ED - Varma, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Environmental bioremediation: biodegradation of xenobiotic compounds BT - Xenobiotics in the soil environment: monitoring, toxicity and management PB - Springer International Publishing CY - Cham UR - https://doi.org/10.1007/978-3-319-47744-2_23 DO - 10.1007/978-3-319-47744-2_23 ID - Goyal2017 ER - TY - CHAP AU - Sarwar, S. K. AU - Gupta, R. ED - Bhakta, J. N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Biodegradation of xenobiotic compounds: an overview BT - Handbook of research on inventive bioremediation techniques PB - IGI Global CY - Hershey ID - Sarwar2017 ER - TY - CHAP AU - Gouma, S. AU - Fragoeiro, S. AU - Bastos, A. C. AU - Magan, N. ED - Surajit, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Bacterial and fungal bioremediation strategies BT - Microbial biodegradation and bioremediation PB - Elsevier CY - Oxford UR - https://doi.org/10.1016/B978-0-12-800021-2.00013-3 DO - 10.1016/B978-0-12-800021-2.00013-3 ID - Gouma2014 ER - TY - JOUR AU - Peng, R. H. AU - Xiong, A. S. AU - Xue, Y. AU - Fu, X. Y. AU - Gao, F. AU - Zhao, W. AU - Tian, Y. S. AU - Yao, Q. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Microbial biodegradation of polyaromatic hydrocarbons JO - FEMS Microbiol Rev VL - 32 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2008.00127.x DO - 10.1111/j.1574-6976.2008.00127.x ID - Peng2008 ER - TY - JOUR AU - Jada, S. U. U. AU - Zada, S. AU - Khan, I. AU - Sajjad, W. AU - Rafio, M. AU - Shah, A. A. AU - Hasan, F. PY - 2017 DA - 2017// TI - Biodegradation of polyethylene by bacterial strains isolated from Kashmir cave, Buner JO - Pakistan J Cave Karst Stud VL - 79 UR - https://doi.org/10.4311/2015MB0133 DO - 10.4311/2015MB0133 ID - Jada2017 ER - TY - JOUR AU - Faust, K. AU - Raes, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Microbial interactions: from networks to models JO - Nat Rev Microbiol. VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2832 DO - 10.1038/nrmicro2832 ID - Faust2012 ER - TY - JOUR AU - Sengupta, S. AU - Chattopadhyay, M. K. AU - Grossart, H. -. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - The multifaceted roles of antibiotics and antibiotic resistance in nature JO - Front Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2013.00047 DO - 10.3389/fmicb.2013.00047 ID - Sengupta2013 ER - TY - STD TI - Luncini G, Demain AL. Secondary metabolism in bacteria: antibiotic pathways, regulation, and function. In: Lengeler JW, Drews D, Schlegel HG, editors. Biology of the prokaryotes. Blackwell Science Ltd; 2009. p. 627–651. ID - ref86 ER - TY - JOUR AU - Vaz Jauri, P. AU - Bakker, M. G. AU - Salomon, C. E. AU - Kinkel, L. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Subinhibitory antibiotic concentrations mediate nutrient use and competition among soil Streptomyces JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081064 DO - 10.1371/journal.pone.0081064 ID - Vaz Jauri2013 ER - TY - JOUR AU - Bhullar, K. AU - Waglechner, N. AU - Pawlowski, A. AU - Koteva, K. AU - Banks, E. D. AU - Johnston, M. D. AU - Barton, H. A. AU - Wright, G. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Antibiotic resistance is prevalent in an isolated cave microbiome JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0034953 DO - 10.1371/journal.pone.0034953 ID - Bhullar2012 ER - TY - JOUR AU - Liu, Z. AU - Wang, W. AU - Zhu, Y. AU - Gong, Q. AU - Yu, W. AU - Lu, X. PY - 2013 DA - 2013// TI - Antibiotics at subinhibitory concentrations improve the quorum sensing behavior of Chromobacterium violaceum JO - FEMS Microbiol Lett VL - 341 UR - https://doi.org/10.1111/1574-6968.12086 DO - 10.1111/1574-6968.12086 ID - Liu2013 ER - TY - JOUR AU - Moloney, M. G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Natural products as a source for novel antibiotics JO - Trends Pharmacol Sci VL - 37 UR - https://doi.org/10.1016/j.tips.2016.05.001 DO - 10.1016/j.tips.2016.05.001 ID - Moloney2016 ER - TY - STD TI - Cheeptham N. Cave microbiomes: a novel resource for drug discovery, vol. 1: Springer Science & Business Media; 2012. ID - ref91 ER - TY - JOUR AU - Axenov-Gibanov, D. V. AU - Voytsekhovskaya, I. V. AU - Tokovenko, B. T. AU - Protasov, E. S. AU - Gamaiunov, S. V. AU - Rebets, Y. V. AU - Luzhetskyy, A. N. AU - Timofeyev, M. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Actinobacteria isolated from an underground lake and moonmilk speleothem from the biggest conglomeratic karstic cave in Siberia as sources of novel biologically active compounds JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0149216 DO - 10.1371/journal.pone.0149216 ID - Axenov-Gibanov2016 ER - TY - JOUR AU - Ghosh, S. AU - Kuisiene, N. AU - Cheeptham, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - The cave microbiome as a source for drug discovery: reality or pipe dream? JO - Biochem Pharmacol VL - 134 UR - https://doi.org/10.1016/j.bcp.2016.11.018 DO - 10.1016/j.bcp.2016.11.018 ID - Ghosh2017 ER -