Pathway | Entrez GeneID | Gene symbol | RNA expression | Protein expression Fold change | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Seq Reads (RPKM) | Fold change | ||||||||||||||||||
Mock | Ad2–6 h | Ad2–12 h | Ad2–24 h | Ad2–36 h | Ad2–6 h/M | Ad2–12 h/M | Ad2–24 h/M | Ad2–36 h/M | Ad2–6 h/M | Ad2–6 h/Ma | Ad2-12 h/M | Ad2-12 h/M | Ad2–24 h/M | Ad2–24 h/M | Ad2–36 h/M | Ad2–36 h/M | |||
NFκB pathway | 5966 | REL | 3,11 | 1,29 | 4,44 | 6,78 | 3,25 | -2,41 | 1,43 | 2,18 | 1,04 |  |  |  |  |  |  |  |  |
5970 | RELA | 8,34 | 9,07 | 10,56 | 8,2 | 4,18 | 1,09 | 1,27 | -1,02 | -1,99 | 1,49 | 1,94 | 1,94 | 1,89 | 1,66 | 2,46 | 1,83 | 1,59 | |
5971 | RELB | 2,57 | 4,96 | 3,58 | 2,21 | 0,24 | 1,93 | 1,39 | -1,17 | −10,89 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
4790 | NFKB1 | 23,98 | 32,77 | 12,61 | 11,09 | 6,03 | 1,37 | −1,9 | −2,16 | −3,97 |  | 2,86 | 2,49 | 1,43 |  |  |  |  | |
4791 | NFKB2 | 7,76 | 10,13 | 10,81 | 5,85 | 1,65 | 1,31 | 1,39 | −1,33 | −4,71 | 1,88 |  | 1,96 | 1,85 | 2,13 | 1,97 | 2,44 |  | |
4792 | NFKBIA | 27,49 | 50,03 | 39,55 | 10,73 | 2,58 | 1,82 | 1,44 | −2,56 | −10,66 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
4793 | NFKBIB | 2,96 | 3,5 | 5,4 | 23,03 | 50,04 | 1,18 | 1,83 | 7,79 | 16,93 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
4794 | NFKBIE | 3,02 | 2,43 | 1,7 | 0,48 | 0,42 | −1,24 | −1,77 | −6,31 | −7,19 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
64,332 | NFKBIZ | 12,38 | 24,41 | 6,08 | 5,16 | 1,38 | 1,97 | −2,04 | −2,4 | −8,97 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
3551 | IKBKB | 9,11 | 9,27 | 5,28 | 6,14 | 6,55 | 1,02 | −1,73 | −1,48 | −1,39 | 1,71 | 1,68 | 1,75 | 1,6 | 1,37 |  | 1,72 | 1,41 | |
9641 | IKBKE | 3,86 | 4,55 | 2,2 | 0,21 | 0,16 | 1,18 | −1,76 | −18,14 | − 24,8 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
8517 | IKBKG | 8,83 | 8,22 | 7,72 | 3,31 | 2,86 | −1,07 | −1,14 | −2,67 | −3,09 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
29,110 | TBK1 | 15,46 | 15,62 | 14,59 | 18,34 | 3,68 | 1,01 | −1,06 | 1,19 | −4,2 |  |  | 1,37 | −1,09 | 2,48 | 1,49 | 2,01 | 1,32 | |
121,457 | IKBIP | 62,38 | 64,66 | 86,35 | 67,76 | 117,18 | 1,04 | 1,38 | 1,09 | 1,88 | −1,1 | − 1,08 | −1,16 | − 1,12 | − 1,12 | −1,17 | − 1,31 |  | |
8518 | IKBKAP | 17,63 | 12,99 | 24,1 | 28,2 | 24,4 | −1,36 | 1,36 | 1,6 | 1,38 | 1,45 |  |  | 1,47 | 1,23 | 2,04 | 2,69 |  | |
STAT pathway | 6772 | STAT1 | 47,15 | 49,36 | 31,95 | 10,04 | 6,71 | 1,05 | −1,48 | −4,7 | −7,02 | 1,56 | 2,03 | 1,8 | 1,89 | 1,66 | 1,66 | 1,79 | 1,32 |
6773 | STAT2 | 12,37 | 11,16 | 9,95 | 1,73 | 2,19 | −1,11 | −1,24 | −7,15 | −5,64 | 1,87 | 1,57 | 2,2 |  |  | 1,37 |  |  | |
6774 | STAT3 | 20,7 | 21,27 | 18,48 | 8,62 | 5,23 | 1,03 | −1,12 | −2,4 | −3,95 | 1,54 | 1,49 | 1,79 | 1,62 | 1,34 | 1,64 | 1,2 | −1,04 | |
6776 | STAT5A | 1,05 | 1,53 | 1,31 | 0,69 | 0,38 | 1,46 | 1,24 | −1,53 | − 2,78 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
6777 | STAT5B | 8,18 | 6,84 | 6,43 | 3,92 | 2,94 | −1,2 | −1,27 | −2,08 | −2,78 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
6778 | STAT6 | 15,13 | 18,39 | 12,39 | 6,96 | 7,24 | 1,22 | −1,22 | −2,17 | −2,09 | 1,44 | 1,93 | 1,87 | 1,82 | 1,57 | 1,91 | 1,44 |  | |
10,379 | IRF9 | 12,66 | 11,52 | 9,55 | 2,55 | 1,76 | −1,1 | −1,33 | −4,97 | −7,21 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
11,099 | JAK1 | 39,584 | 57,628 | 39 | 30,45 | 36,29 | 1,46 | −1,02 | −1,3 | − 1,09 | −1,11 | − 1,09 | −1,43 | − 1,24 | 1,65 |  |  |  | |
3717 | JAK2 | 12,928 | 9601 | 20,03 | 2,39 | 2,67 | −1,35 | 1,55 | −5,42 | −4,84 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
7297 | TYK2 | 4606 | 3584 | 7,04 | 6,44 | 8,41 | −1,29 | 1,53 | 1,4 | 1,83 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
79,711 | IPO4 | 8,37 | 11,34 | 14,38 | 18,45 | 27,93 | 1,35 | 1,72 | 2,2 | 3,33 | 1,3 | 1,94 | 1,83 | 1,91 | 2,21 | 2,71 | 3,11 | 2,61 | |
3843 | IPO5 | 70,6 | 64,12 | 77,09 | 140,1 | 219,49 | −1,1 | 1,09 | 1,98 | 3,11 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
10,527 | IPO7 | 81,4 | 76,2 | 68,65 | 88,61 | 56,74 | −1,07 | − 1,19 | 1,09 | − 1,43 | 1,51 | 1,73 | 1,7 | 1,62 | 1,92 | 2,26 | 1,99 | 2,14 | |
10,526 | IPO8 | 11,77 | 8,17 | 11,68 | 6,02 | 2,99 | −1,44 | − 1,01 | − 1,96 | −3,94 | 1,39 | 1,38 |  | 1,28 | 1,35 | 1,51 |  | 1,01 | |
55,705 | IPO9 | 8,29 | 7,62 | 9,23 | 10,92 | 11,82 | −1,09 | 1,11 | 1,32 | 1,43 | 1,81 | 2,11 | 2,14 | 1,92 | 1,62 | 2,09 | 1,77 | 1,44 | |
5901 | RAN | 218,35 | 243,71 | 271,63 | 610,2 | 752,62 | 1,12 | 1,24 | 2,79 | 3,45 | 1,56 | 1,86 | 2,13 | 1,88 | 2,12 | 2,09 | 2,03 | 1,84 | |
5770 | PTPN1 | 29,58 | 31,19 | 23 | 15,66 | 7,69 | 1,05 | − 1,29 | −1,89 | −3,85 | 1,05 | 1,01 | 1,11 | −1,08 | − 1,08 | − 1,2 | 1,06 | − 1,3 | |
5771 | PTPN2 | 11,56 | 14,23 | 14,25 | 8,87 | 5,48 | 1,23 | 1,23 | −1,3 | −2,11 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
5780 | PTPN9 | 16,03 | 15,26 | 15,05 | 12,07 | 5,35 | −1,05 | − 1,07 | − 1,33 | −3 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
5781 | PTPN11 | 107,55 | 101,5 | 98,71 | 103,4 | 121,24 | −1,06 | − 1,09 | − 1,04 | 1,13 | −1,04 | 1,82 | 1,66 | 1,68 | 1,91 | 2,32 | 2,27 | 1,68 | |
5782 | PTPN12 | 28,93 | 24,12 | 13,15 | 5 | 2,6 | −1,2 | −2,2 | −5,79 | − 11,14 | 1,74 |  | 1,71 | 2,18 | 1,54 | 2,24 |  |  | |
5783 | PTPN13 | 9,93 | 8,53 | 12,35 | 5,85 | 4,33 | −1,16 | 1,24 | −1,7 | −2,29 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
5784 | PTPN14 | 28,65 | 20,22 | 11,72 | 3,63 | 2,14 | −1,42 | −2,45 | −7,88 | − 13,39 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
26,469 | PTPN21 | 12,43 | 11,43 | 5,8 | 1,73 | 0,96 | −1,09 | −2,14 | −7,18 | − 12,94 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
6714 | SRC | 1,64 | 1,82 | 1,77 | 3,04 | 0,72 | 1,11 | 1,08 | 1,85 | −2,78 |  |  |  |  | −1,14 | 1,11 | 1,10 | −1,22 | |
9636 | ISG15 | 3,6 | 5,0 | 6,5 | 13,9 | 25,8 | 1,4 | 1,8 | 3,8 | 7,1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
2537 | IFI6 | 8,2 | 10,5 | 17,1 | 14,1 | 43,6 | 1,3 | 2,2 | 1,7 | 5,3 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
Apoptosis | 9966 | TNFSF15 | 3,25 | 22,25 | 1,23 | 0,13 | 0,36 | 6,85 | −2,65 | −25,14 | −8,91 |  |  |  |  |  |  |  |  |
7292 | TNFSF4 | 13,65 | 11,23 | 2,78 | 0,71 | – | −1,22 | −4,92 | −19,28 | − 13,65 | − 1,12 | − 1,18 |  |  |  |  |  |  | |
4982 | TNFRSF11B | 264,00 | 338,58 | 100,00 | 10,67 | 10,15 | 1,28 | −2,64 | −24,75 | −26,02 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
51,330 | TNFRSF12A | 154,04 | 189,38 | 108,11 | 23,96 | 25,90 | 1,23 | −1,42 | −6,43 | −5,95 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
8793 | TNFRSF10D | 63,81 | 81,21 | 100,23 | 109,03 | 167,85 | 1,27 | 1,57 | 1,71 | 2,63 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
8795 | TNFRSF10B | 36,50 | 58,73 | 54,58 | 45,47 | 44,50 | 1,61 | 1,50 | 1,25 | 1,22 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
55,504 | TNFRSF19 | 15,97 | 12,01 | 15,13 | 6,37 | 6,00 | −1,33 | −1,06 | −2,51 | −2,66 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
7132 | TNFRSF1A | 15,99 | 23,77 | 18,27 | 5,92 | 1,80 | 1,49 | 1,14 | −2,70 | − 8,87 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
7133 | TNFRSF1B | 2,53 | 2,93 | 1,90 | 4,13 | 5,01 | 1,16 | −1,33 | 1,63 | 1,98 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
27,242 | TNFRSF21 | 7,01 | 6,49 | 6,71 | 2,50 | 2,30 | −1,08 | − 1,04 | −2,80 | − 3,05 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
355 | FAS | 29,00 | 32,62 | 29,42 | 23,35 | 27,09 | 1,12 | 1,01 | −1,24 | −1,07 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
8797 | TNFRSF10A | 0,64 | 1,78 | 2,56 | 6,94 | 8,00 | 2,77 | 3,98 | 10,81 | 12,46 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
7186 | TRAF2 | 2,45 | 1,66 | 2,63 | 2,7 | 2,58 | −1,48 | 1,07 | 1,1 | 1,05 |  |  |  |  |  |  |  | 2,41 | |
10,131 | TRAP1 | 14,67 | 14,53 | 26,94 | 57,12 | 83,3 | − 1,01 | 1,84 | 3,89 | 5,68 | −1,05 | − 1,1 | − 1,13 | −1,1 | 1,13 | 1,17 | 1,35 | 1,33 | |
598 | BCL2L1 | 14,76 | 15,24 | 8,1 | 3,22 | 1,48 | 1,03 | −1,82 | −4,59 | − 10 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
23,786 | BCL2L13 | 19,51 | 25,36 | 20,22 | 11,06 | 11,61 | 1,3 | 1,04 | −1,76 | −1,68 | 1,24 | −1,14 | − 1,36 | −1,02 |  | 1,45 | 1,47 |  | |
599 | BCL2L2 | 11,5 | 12,4 | 11,11 | 15,34 | 15,44 | 1,08 | −1,03 | 1,33 | 1,34 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
4170 | MCL1 | 96,6 | 144,5 | 87,54 | 60,8 | 35,69 | 1,5 | −1,1 | −1,59 | −2,71 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
581 | BAX | 7,43 | 12,83 | 12,83 | 7,69 | 8 | 1,73 | 1,73 | 1,04 | 1,08 | 1,64 | 1,89 | 2,27 | 1,79 | 2,17 | 2 | 2,18 | 1,36 | |
637 | BID | 15,54 | 22,96 | 17,53 | 32,71 | 43,46 | 1,48 | 1,13 | 2,1 | 2,8 | 1,88 | 3,13 | 2,64 | 2,8 | 2,91 | 3,44 | 2,79 | 2,35 | |
572 | BAD | 1,5 | 3,53 | 4,16 | 8,28 | 9,81 | 2,34 | 2,77 | 5,51 | 6,52 |  |  | −1,35 | −1,31 | −1,31 | −1,45 |  |  | |
573 | BAG1 | 5,64 | 6,36 | 9,26 | 13,21 | 19,28 | 1,13 | 1,64 | 2,34 | 3,42 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
9532 | BAG2 | 10,35 | 9,8 | 8,06 | 7,47 | 5,18 | −1,06 | −1,28 | −1,39 | −2 | − 1,09 | 1,02 | − 1,11 | 1,04 | 1,04 | −1,01 | 1,12 | −1,11 | |
9531 | BAG3 | 8,16 | 9,16 | 7,75 | 8,44 | 4,57 | 1,12 | −1,05 | 1,03 | −1,78 |  | 1,63 | 1,77 | 1,61 | 3,13 | 3,03 | 3,6 |  | |
9530 | BAG4 | 16,92 | 14,3 | 17,17 | 12,1 | 10,24 | −1,18 | 1,02 | −1,4 | −1,65 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
9529 | BAG5 | 16,42 | 15,16 | 15,56 | 22,07 | 8,35 | −1,08 | −1,06 | 1,34 | −1,97 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
7917 | BAG6 | 10,57 | 10,4 | 11,5 | 7,75 | 13,6 | −1,02 | 1,09 | −1,36 | 1,29 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
54,205 | CYCS | 69,59 | 65,88 | 90,45 | 139,01 | 184,24 | −1,06 | 1,30 | 2,00 | 2,65 | −1,01 | − 1,03 | −1,13 | − 1,03 | 3,05 | 1,61 | 3,87 | 1,95 | |
834 | CASP1 | 19,65 | 22,47 | 16,12 | 6,71 | 4,58 | 1,14 | −1,22 | −2,93 | −4,29 | 2,02 |  | 2,99 |  | 2,93 | 3,14 |  |  | |
835 | CASP2 | 3,5 | 1,48 | 4,7 | 6,01 | 1,79 | −2,37 | 1,34 | 1,72 | −1,95 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
836 | CASP3 | 50,96 | 62,1 | 34,29 | 48,89 | 16,35 | 1,22 | −1,49 | −1,04 | −3,12 | 1,49 |  | 2,92 | 2,54 | 1,95 | 2,69 | 1,72 | 1,63 | |
837 | CASP4 | 80,5 | 108,96 | 64,46 | 30,83 | 37,74 | 1,35 | −1,25 | −2,61 | −2,13 | 1,27 | 2,23 | 1,53 | 1,95 | 2 | 1,71 |  |  | |
839 | CASP6 | 5,45 | 4,79 | 8,89 | 9,08 | 7,84 | −1,14 | 1,63 | 1,67 | 1,44 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
840 | CASP7 | 9,37 | 12,92 | 12,6 | 19,61 | 9,81 | 1,38 | 1,34 | 2,09 | 1,05 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
841 | CASP8 | 6,68 | 5,52 | 4,3 | 4,34 | 3,6 | −1,21 | −1,55 | −1,54 | −1,85 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
9994 | CASP8AP2 | 11,31 | 7,88 | 16,64 | 15,96 | 4,38 | −1,43 | 1,47 | 1,41 | −2,58 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
790 | CAD | 3,29 | 3799 | 6,14 | 6,08 | 4,23 | 1,15 | 1,86 | 1,85 | 1,28 | 1,2 | 1,2 | 1,51 | 1,62 | 1,33 | 2,21 | 1,59 | 2,2 | |
7157 | TP53 | 8,19 | 7,39 | 5,89 | 9,1 | 15,47 | −1,11 | −1,39 | 1,11 | 1,89 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
7158 | TP53BP1 | 18,87 | 15,85 | 23,88 | 6,55 | 2,26 | −1,19 | 1,27 | −2,88 | −8,33 | 1,16 | 1,16 | 1,12 | 1 | 1,08 | 1,11 | 1,03 | −1,02 | |
7159 | TP53BP2 | 15,22 | 16,12 | 16,79 | 9,5 | 6,16 | 1,06 | 1,1 | −1,6 | −2,47 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
112,858 | TP53RK | 12,49 | 12,92 | 14,16 | 4,2 | 2,89 | 1,03 | 1,13 | −2,97 | −4,33 |  |  | 1,32 | 1,07 | 1,5 |  | 1,33 |  | |
329 | BIRC2 | 59,44 | 75,94 | 39,41 | 13,31 | 15,26 | 1,28 | −1,51 | −4,46 | −3,9 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
330 | BIRC3 | 5,02 | 13,05 | 2,88 | 1,37 | 0,72 | 2,6 | −1,74 | − 3,67 | −6,92 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
332 | BIRC5 | 1,39 | 1,92 | 1,61 | 17,94 | 33,88 | 1,39 | 1,16 | 12,94 | 24,45 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | |
57,448 | BIRC6 | 41,06 | 32,36 | 37,58 | 15,78 | 11,23 | −1,27 | −1,09 | −2,6 | −3,66 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
331 | XIAP | 16,57 | 15,62 | 13,33 | 6,27 | 6,03 | −1,06 | − 1,24 | −2,64 | − 2,75 |  |  |  |  |  |  |  |  | |
MAVS | 5688 | PSMA7 | 93,32 | 110,46 | 118,29 | 176,88 | 272,83 | 1,18 | 1,27 | 1,9 | 2,92 | 1,33 | 1,33 | 1,36 | 1,39 | 1,36 | 1,19 | 1,21 | 1,05 |
5094 | PCBP2 | 28,42 | 30,77 | 27,23 | 40,7 | 63,18 | 1,08 | −1,04 | 1,43 | 2,22 | 1,37 | 1,37 | 1,47 | 1,26 | 1,34 | 1,54 | 1,97 | −1,02 | |
57,506 | MAVS | 4,35 | 3,25 | 4,1 | 2,22 | 1,72 | −1,34 | −1,06 | −1,95 | −2,53 | 1,11 | 1,11 | 1,24 | −1,24 | 1,76 | 1,86 | 2,63 | 1,15 |