Transcriptomic and proteomic analyses reveal new insights into the regulation of immune pathways during adenovirus type 2 infection

Zhao, Hongxing; Chen, Maoshan; Valdés, Alberto; Lind, Sara Bergström; Pettersson, Ulf

doi:10.1186/s12866-018-1375-5

Table 3 Expressions of genes involved in cellular immune pathways at the RNA and protein levels

From: Transcriptomic and proteomic analyses reveal new insights into the regulation of immune pathways during adenovirus type 2 infection

Pathway	Entrez GeneID	Gene symbol	RNA expression									Protein expression Fold change
			Seq Reads (RPKM)					Fold change				Protein expression Fold change
			Mock	Ad2–6 h	Ad2–12 h	Ad2–24 h	Ad2–36 h	Ad2–6 h/M	Ad2–12 h/M	Ad2–24 h/M	Ad2–36 h/M	Ad2–6 h/M	Ad2–6 h/M^a	Ad2-12 h/M	Ad2-12 h/M	Ad2–24 h/M	Ad2–24 h/M	Ad2–36 h/M	Ad2–36 h/M
NFκB pathway	5966	REL	3,11	1,29	4,44	6,78	3,25	-2,41	1,43	2,18	1,04
	5970	RELA	8,34	9,07	10,56	8,2	4,18	1,09	1,27	-1,02	-1,99	1,49	1,94	1,94	1,89	1,66	2,46	1,83	1,59
	5971	RELB	2,57	4,96	3,58	2,21	0,24	1,93	1,39	-1,17	−10,89
	4790	NFKB1	23,98	32,77	12,61	11,09	6,03	1,37	−1,9	−2,16	−3,97		2,86	2,49	1,43
	4791	NFKB2	7,76	10,13	10,81	5,85	1,65	1,31	1,39	−1,33	−4,71	1,88		1,96	1,85	2,13	1,97	2,44
	4792	NFKBIA	27,49	50,03	39,55	10,73	2,58	1,82	1,44	−2,56	−10,66
	4793	NFKBIB	2,96	3,5	5,4	23,03	50,04	1,18	1,83	7,79	16,93
	4794	NFKBIE	3,02	2,43	1,7	0,48	0,42	−1,24	−1,77	−6,31	−7,19
	64,332	NFKBIZ	12,38	24,41	6,08	5,16	1,38	1,97	−2,04	−2,4	−8,97
	3551	IKBKB	9,11	9,27	5,28	6,14	6,55	1,02	−1,73	−1,48	−1,39	1,71	1,68	1,75	1,6	1,37		1,72	1,41
	9641	IKBKE	3,86	4,55	2,2	0,21	0,16	1,18	−1,76	−18,14	− 24,8
	8517	IKBKG	8,83	8,22	7,72	3,31	2,86	−1,07	−1,14	−2,67	−3,09
	29,110	TBK1	15,46	15,62	14,59	18,34	3,68	1,01	−1,06	1,19	−4,2			1,37	−1,09	2,48	1,49	2,01	1,32
	121,457	IKBIP	62,38	64,66	86,35	67,76	117,18	1,04	1,38	1,09	1,88	−1,1	− 1,08	−1,16	− 1,12	− 1,12	−1,17	− 1,31
	8518	IKBKAP	17,63	12,99	24,1	28,2	24,4	−1,36	1,36	1,6	1,38	1,45			1,47	1,23	2,04	2,69
STAT pathway	6772	STAT1	47,15	49,36	31,95	10,04	6,71	1,05	−1,48	−4,7	−7,02	1,56	2,03	1,8	1,89	1,66	1,66	1,79	1,32
	6773	STAT2	12,37	11,16	9,95	1,73	2,19	−1,11	−1,24	−7,15	−5,64	1,87	1,57	2,2			1,37
	6774	STAT3	20,7	21,27	18,48	8,62	5,23	1,03	−1,12	−2,4	−3,95	1,54	1,49	1,79	1,62	1,34	1,64	1,2	−1,04
	6776	STAT5A	1,05	1,53	1,31	0,69	0,38	1,46	1,24	−1,53	− 2,78
	6777	STAT5B	8,18	6,84	6,43	3,92	2,94	−1,2	−1,27	−2,08	−2,78
	6778	STAT6	15,13	18,39	12,39	6,96	7,24	1,22	−1,22	−2,17	−2,09	1,44	1,93	1,87	1,82	1,57	1,91	1,44
	10,379	IRF9	12,66	11,52	9,55	2,55	1,76	−1,1	−1,33	−4,97	−7,21
	11,099	JAK1	39,584	57,628	39	30,45	36,29	1,46	−1,02	−1,3	− 1,09	−1,11	− 1,09	−1,43	− 1,24	1,65
	3717	JAK2	12,928	9601	20,03	2,39	2,67	−1,35	1,55	−5,42	−4,84
	7297	TYK2	4606	3584	7,04	6,44	8,41	−1,29	1,53	1,4	1,83
	79,711	IPO4	8,37	11,34	14,38	18,45	27,93	1,35	1,72	2,2	3,33	1,3	1,94	1,83	1,91	2,21	2,71	3,11	2,61
	3843	IPO5	70,6	64,12	77,09	140,1	219,49	−1,1	1,09	1,98	3,11
	10,527	IPO7	81,4	76,2	68,65	88,61	56,74	−1,07	− 1,19	1,09	− 1,43	1,51	1,73	1,7	1,62	1,92	2,26	1,99	2,14
	10,526	IPO8	11,77	8,17	11,68	6,02	2,99	−1,44	− 1,01	− 1,96	−3,94	1,39	1,38		1,28	1,35	1,51		1,01
	55,705	IPO9	8,29	7,62	9,23	10,92	11,82	−1,09	1,11	1,32	1,43	1,81	2,11	2,14	1,92	1,62	2,09	1,77	1,44
	5901	RAN	218,35	243,71	271,63	610,2	752,62	1,12	1,24	2,79	3,45	1,56	1,86	2,13	1,88	2,12	2,09	2,03	1,84
	5770	PTPN1	29,58	31,19	23	15,66	7,69	1,05	− 1,29	−1,89	−3,85	1,05	1,01	1,11	−1,08	− 1,08	− 1,2	1,06	− 1,3
	5771	PTPN2	11,56	14,23	14,25	8,87	5,48	1,23	1,23	−1,3	−2,11
	5780	PTPN9	16,03	15,26	15,05	12,07	5,35	−1,05	− 1,07	− 1,33	−3
	5781	PTPN11	107,55	101,5	98,71	103,4	121,24	−1,06	− 1,09	− 1,04	1,13	−1,04	1,82	1,66	1,68	1,91	2,32	2,27	1,68
	5782	PTPN12	28,93	24,12	13,15	5	2,6	−1,2	−2,2	−5,79	− 11,14	1,74		1,71	2,18	1,54	2,24
	5783	PTPN13	9,93	8,53	12,35	5,85	4,33	−1,16	1,24	−1,7	−2,29
	5784	PTPN14	28,65	20,22	11,72	3,63	2,14	−1,42	−2,45	−7,88	− 13,39
	26,469	PTPN21	12,43	11,43	5,8	1,73	0,96	−1,09	−2,14	−7,18	− 12,94
	6714	SRC	1,64	1,82	1,77	3,04	0,72	1,11	1,08	1,85	−2,78					−1,14	1,11	1,10	−1,22
	9636	ISG15	3,6	5,0	6,5	13,9	25,8	1,4	1,8	3,8	7,1
	2537	IFI6	8,2	10,5	17,1	14,1	43,6	1,3	2,2	1,7	5,3
Apoptosis	9966	TNFSF15	3,25	22,25	1,23	0,13	0,36	6,85	−2,65	−25,14	−8,91
	7292	TNFSF4	13,65	11,23	2,78	0,71	–	−1,22	−4,92	−19,28	− 13,65	− 1,12	− 1,18
	4982	TNFRSF11B	264,00	338,58	100,00	10,67	10,15	1,28	−2,64	−24,75	−26,02
	51,330	TNFRSF12A	154,04	189,38	108,11	23,96	25,90	1,23	−1,42	−6,43	−5,95
	8793	TNFRSF10D	63,81	81,21	100,23	109,03	167,85	1,27	1,57	1,71	2,63
	8795	TNFRSF10B	36,50	58,73	54,58	45,47	44,50	1,61	1,50	1,25	1,22
	55,504	TNFRSF19	15,97	12,01	15,13	6,37	6,00	−1,33	−1,06	−2,51	−2,66
	7132	TNFRSF1A	15,99	23,77	18,27	5,92	1,80	1,49	1,14	−2,70	− 8,87
	7133	TNFRSF1B	2,53	2,93	1,90	4,13	5,01	1,16	−1,33	1,63	1,98
	27,242	TNFRSF21	7,01	6,49	6,71	2,50	2,30	−1,08	− 1,04	−2,80	− 3,05
	355	FAS	29,00	32,62	29,42	23,35	27,09	1,12	1,01	−1,24	−1,07
	8797	TNFRSF10A	0,64	1,78	2,56	6,94	8,00	2,77	3,98	10,81	12,46
	7186	TRAF2	2,45	1,66	2,63	2,7	2,58	−1,48	1,07	1,1	1,05								2,41
	10,131	TRAP1	14,67	14,53	26,94	57,12	83,3	− 1,01	1,84	3,89	5,68	−1,05	− 1,1	− 1,13	−1,1	1,13	1,17	1,35	1,33
	598	BCL2L1	14,76	15,24	8,1	3,22	1,48	1,03	−1,82	−4,59	− 10
	23,786	BCL2L13	19,51	25,36	20,22	11,06	11,61	1,3	1,04	−1,76	−1,68	1,24	−1,14	− 1,36	−1,02		1,45	1,47
	599	BCL2L2	11,5	12,4	11,11	15,34	15,44	1,08	−1,03	1,33	1,34
	4170	MCL1	96,6	144,5	87,54	60,8	35,69	1,5	−1,1	−1,59	−2,71
	581	BAX	7,43	12,83	12,83	7,69	8	1,73	1,73	1,04	1,08	1,64	1,89	2,27	1,79	2,17	2	2,18	1,36
	637	BID	15,54	22,96	17,53	32,71	43,46	1,48	1,13	2,1	2,8	1,88	3,13	2,64	2,8	2,91	3,44	2,79	2,35
	572	BAD	1,5	3,53	4,16	8,28	9,81	2,34	2,77	5,51	6,52			−1,35	−1,31	−1,31	−1,45
	573	BAG1	5,64	6,36	9,26	13,21	19,28	1,13	1,64	2,34	3,42
	9532	BAG2	10,35	9,8	8,06	7,47	5,18	−1,06	−1,28	−1,39	−2	− 1,09	1,02	− 1,11	1,04	1,04	−1,01	1,12	−1,11
	9531	BAG3	8,16	9,16	7,75	8,44	4,57	1,12	−1,05	1,03	−1,78		1,63	1,77	1,61	3,13	3,03	3,6
	9530	BAG4	16,92	14,3	17,17	12,1	10,24	−1,18	1,02	−1,4	−1,65
	9529	BAG5	16,42	15,16	15,56	22,07	8,35	−1,08	−1,06	1,34	−1,97
	7917	BAG6	10,57	10,4	11,5	7,75	13,6	−1,02	1,09	−1,36	1,29
	54,205	CYCS	69,59	65,88	90,45	139,01	184,24	−1,06	1,30	2,00	2,65	−1,01	− 1,03	−1,13	− 1,03	3,05	1,61	3,87	1,95
	834	CASP1	19,65	22,47	16,12	6,71	4,58	1,14	−1,22	−2,93	−4,29	2,02		2,99		2,93	3,14
	835	CASP2	3,5	1,48	4,7	6,01	1,79	−2,37	1,34	1,72	−1,95
	836	CASP3	50,96	62,1	34,29	48,89	16,35	1,22	−1,49	−1,04	−3,12	1,49		2,92	2,54	1,95	2,69	1,72	1,63
	837	CASP4	80,5	108,96	64,46	30,83	37,74	1,35	−1,25	−2,61	−2,13	1,27	2,23	1,53	1,95	2	1,71
	839	CASP6	5,45	4,79	8,89	9,08	7,84	−1,14	1,63	1,67	1,44
	840	CASP7	9,37	12,92	12,6	19,61	9,81	1,38	1,34	2,09	1,05
	841	CASP8	6,68	5,52	4,3	4,34	3,6	−1,21	−1,55	−1,54	−1,85
	9994	CASP8AP2	11,31	7,88	16,64	15,96	4,38	−1,43	1,47	1,41	−2,58
	790	CAD	3,29	3799	6,14	6,08	4,23	1,15	1,86	1,85	1,28	1,2	1,2	1,51	1,62	1,33	2,21	1,59	2,2
	7157	TP53	8,19	7,39	5,89	9,1	15,47	−1,11	−1,39	1,11	1,89
	7158	TP53BP1	18,87	15,85	23,88	6,55	2,26	−1,19	1,27	−2,88	−8,33	1,16	1,16	1,12	1	1,08	1,11	1,03	−1,02
	7159	TP53BP2	15,22	16,12	16,79	9,5	6,16	1,06	1,1	−1,6	−2,47
	112,858	TP53RK	12,49	12,92	14,16	4,2	2,89	1,03	1,13	−2,97	−4,33			1,32	1,07	1,5		1,33
	329	BIRC2	59,44	75,94	39,41	13,31	15,26	1,28	−1,51	−4,46	−3,9
	330	BIRC3	5,02	13,05	2,88	1,37	0,72	2,6	−1,74	− 3,67	−6,92
	332	BIRC5	1,39	1,92	1,61	17,94	33,88	1,39	1,16	12,94	24,45
	57,448	BIRC6	41,06	32,36	37,58	15,78	11,23	−1,27	−1,09	−2,6	−3,66
	331	XIAP	16,57	15,62	13,33	6,27	6,03	−1,06	− 1,24	−2,64	− 2,75
MAVS	5688	PSMA7	93,32	110,46	118,29	176,88	272,83	1,18	1,27	1,9	2,92	1,33	1,33	1,36	1,39	1,36	1,19	1,21	1,05
	5094	PCBP2	28,42	30,77	27,23	40,7	63,18	1,08	−1,04	1,43	2,22	1,37	1,37	1,47	1,26	1,34	1,54	1,97	−1,02
	57,506	MAVS	4,35	3,25	4,1	2,22	1,72	−1,34	−1,06	−1,95	−2,53	1,11	1,11	1,24	−1,24	1,76	1,86	2,63	1,15

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ISSN: 1471-2180

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