TY - JOUR AU - Cheng, M. AU - Qian, L. AU - Shen, G. AU - Bian, G. AU - Xu, T. AU - Xu, W. AU - Shen, G. AU - Hu, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Microbiota modulate Tumoral immune surveillance in lung through a gammadeltaT17 immune cell-dependent mechanism JO - Cancer Res VL - 74 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-13-2462 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-13-2462 ID - Cheng2014 ER - TY - JOUR AU - Willing, B. P. AU - Russell, S. L. AU - Finlay, B. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Shifting the balance: antibiotic effects on host-microbiota mutualism JO - Nat Rev Microbiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2536 DO - 10.1038/nrmicro2536 ID - Willing2011 ER - TY - JOUR AU - Gagliani, N. AU - Hu, B. AU - Huber, S. AU - Elinav, E. AU - Flavell, R. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - The fire within: microbes inflame tumors JO - Cell VL - 157 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.03.006 DO - 10.1016/j.cell.2014.03.006 ID - Gagliani2014 ER - TY - JOUR AU - Ferreira, M. R. AU - Muls, A. AU - Dearnaley, D. P. AU - Andreyev, H. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Microbiota and radiation-induced bowel toxicity: lessons from inflammatory bowel disease for the radiation oncologist JO - Lancet Oncol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/S1470-2045(13)70504-7 DO - 10.1016/S1470-2045(13)70504-7 ID - Ferreira2014 ER - TY - JOUR AU - Erturk-Hasdemir, D. AU - Kasper, D. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Resident commensals shaping immunity JO - Curr Opin Immunol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.coi.2013.06.001 DO - 10.1016/j.coi.2013.06.001 ID - Erturk-Hasdemir2013 ER - TY - JOUR AU - Khoruts, A. AU - Sadowsky, M. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Understanding the mechanisms of faecal microbiota transplantation JO - Nat Rev Gastroenterol Hepatol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrgastro.2016.98 DO - 10.1038/nrgastro.2016.98 ID - Khoruts2016 ER - TY - JOUR AU - Lane, D. J. AU - Pace, B. AU - Olsen, G. J. AU - Stahl, D. A. AU - Sogin, M. L. AU - Pace, N. R. PY - 1985 DA - 1985// TI - Rapid determination of 16S ribosomal RNA sequences for phylogenetic analyses JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 82 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.82.20.6955 DO - 10.1073/pnas.82.20.6955 ID - Lane1985 ER - TY - JOUR AU - Song, S. J. AU - Amir, A. AU - Metcalf, J. L. AU - Amato, K. R. AU - Xu, Z. Z. AU - Humphrey, G. AU - Knight, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Preservation methods differ in fecal microbiome stability, affecting suitability for field studies JO - mSystems VL - 1 UR - https://doi.org/10.1128/mSystems.00021-16 DO - 10.1128/mSystems.00021-16 ID - Song2016 ER - TY - JOUR AU - Hart, M. L. AU - Meyer, A. AU - Johnson, P. J. AU - Ericsson, A. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Comparative evaluation of DNA extraction methods from feces of multiple host species for downstream next-generation sequencing JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0143334 DO - 10.1371/journal.pone.0143334 ID - Hart2015 ER - TY - JOUR AU - Dethlefsen, L. AU - Huse, S. AU - Sogin, M. L. AU - Relman, D. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The pervasive effects of an antibiotic on the human gut microbiota, as revealed by deep 16S rRNA sequencing JO - PLoS Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0060280 DO - 10.1371/journal.pbio.0060280 ID - Dethlefsen2008 ER - TY - JOUR AU - Carozzi, F. M. AU - Sani, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Fecal collection and stabilization methods for improved fecal DNA test for colorectal cancer in a screening setting JO - J Cancer Res VL - 2013 UR - https://doi.org/10.1155/2013/818675 DO - 10.1155/2013/818675 ID - Carozzi2013 ER - TY - JOUR AU - Choo, J. M. AU - Leong, L. E. AU - Rogers, G. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Sample storage conditions significantly influence faecal microbiome profiles JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep16350 DO - 10.1038/srep16350 ID - Choo2015 ER - TY - JOUR AU - Rabot, S. AU - Membrez, M. AU - Bruneau, A. AU - Gerard, P. AU - Harach, T. AU - Moser, M. AU - Raymond, F. AU - Mansourian, R. AU - Chou, C. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Germ-free C57BL/6J mice are resistant to high-fat-diet-induced insulin resistance and have altered cholesterol metabolism JO - FASEB J VL - 24 UR - https://doi.org/10.1096/fj.10-164921 DO - 10.1096/fj.10-164921 ID - Rabot2010 ER - TY - JOUR AU - Koonce, N. A. AU - Levy, J. AU - Hardee, M. E. AU - Jamshidi-Parsian, A. AU - Vang, K. B. AU - Sharma, S. AU - Raleigh, J. A. AU - Dings, R. P. AU - Griffin, R. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Targeting artificial tumor stromal targets for molecular imaging of tumor vascular hypoxia JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0135607 DO - 10.1371/journal.pone.0135607 ID - Koonce2015 ER - TY - JOUR AU - Griffin, R. J. AU - Koonce, N. A. AU - Dings, R. P. AU - Siegel, E. AU - Moros, E. G. AU - Brauer-Krisch, E. AU - Corry, P. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Microbeam radiation therapy alters vascular architecture and tumor oxygenation and is enhanced by a galectin-1 targeted anti-angiogenic peptide JO - Radiat Res VL - 177 UR - https://doi.org/10.1667/RR2784.1 DO - 10.1667/RR2784.1 ID - Griffin2012 ER - TY - JOUR AU - Klindworth, A. AU - Pruesse, E. AU - Schweer, T. AU - Peplies, J. AU - Quast, C. AU - Horn, M. AU - Glockner, F. O. PY - 2013 DA - 2013// TI - Evaluation of general 16S ribosomal RNA gene PCR primers for classical and next-generation sequencing-based diversity studies JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks808 DO - 10.1093/nar/gks808 ID - Klindworth2013 ER - TY - BOOK AU - Bushnell, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - BBMap short read aligner PB - University of California CY - Berkeley ID - Bushnell2016 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Pena, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - McMurdie, P. J. AU - Holmes, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061217 DO - 10.1371/journal.pone.0061217 ID - McMurdie2013 ER - TY - JOUR AU - Jun, S. R. AU - Robeson, M. S. AU - Hauser, L. J. AU - Schadt, C. W. AU - Gorin, A. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - PanFP: pangenome-based functional profiles for microbial communities JO - BMC Res Notes VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s13104-015-1462-8 DO - 10.1186/s13104-015-1462-8 ID - Jun2015 ER - TY - JOUR AU - Ley, R. E. AU - Hamady, M. AU - Lozupone, C. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ramey, R. R. AU - Bircher, J. S. AU - Schlegel, M. L. AU - Tucker, T. A. AU - Schrenzel, M. D. AU - Knight, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evolution of mammals and their gut microbes JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1155725 DO - 10.1126/science.1155725 ID - Ley2008 ER - TY - JOUR AU - Benson, A. K. AU - Kelly, S. A. AU - Legge, R. AU - Ma, F. AU - Low, S. J. AU - Kim, J. AU - Zhang, M. AU - Oh, P. L. AU - Nehrenberg, D. AU - Hua, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Individuality in gut microbiota composition is a complex polygenic trait shaped by multiple environmental and host genetic factors JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1007028107 DO - 10.1073/pnas.1007028107 ID - Benson2010 ER - TY - JOUR AU - Gu, S. AU - Chen, D. AU - Zhang, J. N. AU - Lv, X. AU - Wang, K. AU - Duan, L. P. AU - Nie, Y. AU - Wu, X. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Bacterial community mapping of the mouse gastrointestinal tract JO - PLoS One VL - 8 ID - Gu2013 ER - TY - JOUR AU - Tenaillon, O. AU - Skurnik, D. AU - Picard, B. AU - Denamur, E. PY - 2010 DA - 2010// TI - The population genetics of commensal Escherichia coli JO - Nat Rev Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2298 DO - 10.1038/nrmicro2298 ID - Tenaillon2010 ER - TY - JOUR AU - Zhu, L. AU - Cheng, J. AU - Luo, B. AU - Feng, S. AU - Lin, J. AU - Wang, S. AU - Cronan, J. E. AU - Wang, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Functions of the Clostridium acetobutylicium FabF and FabZ proteins in unsaturated fatty acid biosynthesis JO - BMC Microbiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-9-1 DO - 10.1186/1471-2180-9-1 ID - Zhu2009 ER -