Table 1 Genetic diversity of Escherichia coli from nursery pigs at the pen level

Pen 1

REP_2 (44), REP_ 3 (2), REP_4 (46), REP_5 (31), REP_6 (3), REP_9 (1), REP_17 (18), REP_ 18 (2),

REP_19 (2), REP_28 (2), REP_30 (1)^a, REP_31 (2)^a, REP_32 (1)^a, REP_35 (1)^a, REP_38 (1), REP_39 (1), REP_45 (1), REP_53 (1), REP_56 (2)^a, REP_57 (2)^a, REP_58 (3)^a, REP_59 (1)^a, REP_60 (1)^a, REP_61 (1), REP_62 (1)^a, REP_63 (1), REP_70 (1), REP_72 (1), REP_74 (4)^a, REP_75 (2)^a

Pen 2

REP_2 (36), REP_4 (19), REP_5 (57), REP_ 6 (2), REP_10 (2), REP_17 (24),REP_18 (1), REP_19 (8), REP_24 (2), REP_27 (5)^a, REP_28 (2), REP_29 (1), REP_34 (1)^a, REP_39 (2), REP_42 (3), REP_47 (1)^a, REP_48 (1)^a, REP_49 (1)^a, REP_ 50 (1)^a, REP_51 (1)^a, REP_ 52 (1)^a, REP_53 (1), REP_54 (1)^a, REP_55 (1)^a, REP_63 (1), REP_69 (1)^a, REP_70 (1), REP_71 (1)^a, REP_ 72 (1), REP_73 (1)^a

Pen 3

REP_2 (42), REP_3 (2), REP_4 (36), REP_5 (35), REP_10 (1), REP_17 (16), REP_18 (8), REP_19 (10), REP_20 (2), REP_21 (2), REP_22 (1)^a, REP_23 (2)^a, REP_24 (1), REP_25 (1)^a, REP_26 (1)^a, REP_33 (1)^a, REP_36 (3), REP_38 (2), REP_40 (1)^a, REP_41 (2)^a, REP_42 (2), REP_43 (1)^a, REP_44 (1)^a, REP_45 (1), REP_46 (1)^a, REP_63 (1), REP_66 (1)^a, REP_67 (2)^a, REP_68 (1)^a

Pen 4

REP_1 (3), REP_2 (49), REP_3 (2), REP_4 (12), REP_5 (45), REP_6 (8), REP_ 7 (8)^a, REP_8 (1)^a, REP_9 (2), REP_10 (2), REP_11 (2)^a, REP_12 (1)^a, REP_ 13 (2)^a, REP_14 (1)^a, REP_15 (2)^a, REP_ 16 (1)^a, REP_17 (21), REP_18 (1), REP_19 (3), REP_20 (2), REP_21 (1), REP_36 (2), REP_37 (1)^a, REP_38 (2), REP_61 (1), REP_64 (1)^a, REP_65 (4)^a