Table 3 Proteins derived from C. difficile CD630 that are predicted to play a role in pathogenesis

Flagellin C gene fliC

CD630_02390

yes, RNAseq

fig|6666666.71923.peg.3142 (86)

fig|6666666.71924.peg.3067 (71)*

fig|6666666.72094.peg.3176 (87)

fig|1440056.4.peg.3191 (97)

Flagellin D gene fliD

CD630_02370

no

fig|6666666.71923.peg.3140 (88)

fig|6666666.71924.peg.3065 (61)

fig|6666666.72094.peg.3174 (88)

fig|1440056.4.peg.3193 (98)

Precursor S-layer protein gene slpA

CD630_27930

yes, proteome

fig|6666666.71923.peg.2081 (43)*

fig|6666666.71924.peg.3725 (59) *

fig|6666666.72094.peg.2466 (58)*

fig|1440056.4.peg.2665 (54)*

Stage 0 Sporulation gene spoA

CD630_12140

yes, proteome

fig|6666666.71923.peg.158 (100)

fig|6666666.71924.peg.1561 (99)

fig|6666666.72094.peg.2932 (99)

fig|1440056.4.peg.240 (99)

Fibrinectin binding proten encoding fbpA gene

CD630_25920

no

fig|6666666.71923.peg.2930 (99)

fig|6666666.71924.peg.2028 (98)

fig|6666666.72094.peg.3740 (99)

fig|1440056.4.peg.41 (98)

GroEL encoding gene groL

CD630_01940

yes, proteome

fig|6666666.71923.peg.3095 (100)

fig|6666666.71924.peg.2995 (99)

fig|6666666.72094.peg.3129 (100)

fig|1440056.4.peg.3232 (99)

Cell surface protein cwp66

CD630_27890

no

fig|6666666.71923.peg.2085 (60)

fig|6666666.71924.peg.3721 (78)

fig|6666666.72094.peg.2462 (77)

fig|1440056.4.peg.2669 (79)

Protease cwp84

CD630_27870

no

fig|6666666.71923.peg.2087 (98)

fig|6666666.71924.peg.3719 (99)

fig|6666666.72094.peg.2460 (99)

fig|1440056.4.peg.2671 (99)

Adhesin (LPXTG)

CD630_28310

no

fig|6666666.71923.peg.2041 (99)

fig|6666666.71924.peg.3767 (94)

fig|6666666.72094.peg.2504 (98)

fig|1440056.4.peg.2625 (94)

Cell wall binding protein encoding cwp2

CD630_27910

yes, proteome

fig|6666666.71923.peg.2083 (98)

fig|6666666.71924.peg.3723 (99)

fig|6666666.72094.peg.2464 (99)

fig|1440056.4.peg.2667 (99)

Cell wall binding protein encoding cwp12

CD630_27940

no

fig|6666666.71923.peg.2080 (65)*

fig|6666666.71924.peg.3726 (98)

fig|6666666.72094.peg.2467 (95)

fig|1440056.4.peg.2664 (94)

Cell wall binding protein encoding cwp11

CD630_27950

yes, proteome

fig|6666666.71923.peg.2079 (98)

fig|6666666.71924.peg.3727 (99)

fig|6666666.72094.peg.2468 (99)

fig|1440056.4.peg.2663 (99)

Cell wall binding protein encoding cwp9

CD630_27980

no

fig|6666666.71923.peg.2076 (99)

fig|6666666.71924.peg.3730 (99)

fig|6666666.72094.peg.2471 (99)

fig|1440056.4.peg.2660 (99)

Cell wall hydrolase (LPXTG)

CD630_01830

no

fig|6666666.71923.peg.3084 (97)*

fig|6666666.71924.peg.2984 (99)

fig|6666666.72094.peg.3118 (100)

fig|1440056.4.peg.3243 (99)

Cell wall binding protein encoding cwp25 gene

CD630_08440

no

fig|6666666.71923.peg.2189 (100)

fig|6666666.71924.peg.3292 (97)

fig|6666666.72094.peg.2128 (99)

fig|1440056.4.peg.522 (97)

N-acetylmuramoyl-L-analini amidase encoding cwp16

CD630_10350

no

fig|6666666.71923.peg.1 (99)

fig|6666666.71924.peg.3716 (65)*

fig|6666666.72094.peg.1495 (99)

fig|1440056.4.peg.1845 (98)

Cell wall hydrolase encoding gene (invasin)

CD630_27680

no

fig|6666666.71923.peg.2107 (99)

fig|6666666.71924.peg.3700 (99)

fig|6666666.72094.peg.2441 (99)

fig|1440056.4.peg.2690 (99)

Polysaccharide de-acetylase

CD630_15220

yes, RNAseq and proteome

fig|6666666.71923.peg.489 (100)

fig|6666666.71924.peg.291 (99)

fig|6666666.72094.peg.3592 (100)

fig|1440056.4.peg.1197 (99)

LmbE-like deacetylase encoding gene

CD630_27900

no

fig|6666666.71923.peg.2084 (93)

fig|6666666.71924.peg.3722 (100)

fig|6666666.72094.peg.2463 (100)

fig|1440056.4.peg.2668 (97)

Invasin/Sh3 domain containing surface protein

CD630_11350

no

fig|6666666.71923.peg.77 (100)

fig|6666666.71924.peg.1641 (98)

fig|6666666.72094.peg.2849 (99)

fig|1440056.4.peg.320 (98)

Cell wall hydrolase/Invasin associated protein

CD630_24020

fig|6666666.71923.peg.2730 (100)

fig|6666666.71924.peg.2779 (98)

fig|6666666.72094.peg.2094 (99)

fig|1440056.4.peg.3691 (99)

Autolysin acd gene homolog/mannosyl-glycoprotein endo neta N acetylglucosamine

CD630_13040

no

fig|6666666.71923.peg.256 (100)

fig|6666666.71924.peg.1460 (98)

fig|6666666.72094.peg.3031 (99)

fig|1440056.4.peg.158 (98)

Protease/Serine protease, HrtA family

CD630_32840

no

fig|6666666.71923.peg.1608 (100)

fig|6666666.71924.peg.3459 (99)

fig|6666666.72094.peg.64 (100)

fig|1440056.4.peg.2801 (99)

Intracellular serine protease

CD630_32540

no

fig|6666666.71923.peg.1638 (100)

fig|6666666.71924.peg.3426 (99)

fig|6666666.72094.peg.94 (99)

fig|1440056.4.peg.2834 (99)

Protease/Subtilase family

CD630_07030

no

fig|6666666.71923.peg.2324 (100)

fig|6666666.71924.peg.3155 (97)

fig|6666666.72094.peg.2691 (100)

fig|1440056.4.peg.1169 (97)

Ser-type protease/subtilisin-like serine germination related protease

CD630_22470

yes, Mass spectrometry

fig|6666666.71923.peg.1327 (99)

fig|6666666.71924.peg.2513 (99)

fig|6666666.72094.peg.1937 (99)

fig|1440056.4.peg.1500 (98)

Serine protease precursor/Subtilinase subfamily

CD630_20000

no

fig|6666666.71923.peg.1085 (100)

fig|6666666.71924.peg.2267

fig|6666666.72094.peg.1687 (99)

fig|1440056.4.peg.2329 (99)

Membrane-associated zinc metalloprotease/M50 family peptidase

CD630_21290

no

fig|6666666.71923.peg.1209 (100)

fig|6666666.71924.peg.2404 (99)

fig|6666666.72094.peg.1813 (100)

fig|1440056.4.peg.1610 (100)

Zinc Protease/M16 family peptidase

CD630_26610

yes, proteome

fig|6666666.71923.peg.2996 (100)

fig|6666666.71924.peg.626 (99)

fig|6666666.72094.peg.3677 (100)

fig|1440056.4.peg.438 (99)