Skip to main content

Table 4 Relative abundance of OTUs recovered from synthetic communities spiked into whole blood

From: The development and application of a molecular community profiling strategy to identify polymicrobial bacterial DNA in the whole blood of septic patients

OTU taxonomic ID SC1 SC1 Sap SC1 1Wash SC1 Full SC3 SC3 Sap SC3 1Wash SC3 Full SC5 SC5 Sap SC5 1Wash SC5 Full
Enterobacteriaceae (E. hormaechei) 32.22 % 43.58 % 54.37 % 54.78 % 36.15 % 29.76 % 39.65 % 37.26 % 24.60 % 37.40 % 1.94 % 53.01 %
Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis) 35.59 % 26.11 % 9.76 % 9.40 % 40.03 % 42.14 % 19.45 % 16.69 % 13.03 % 36.95 % 94.93 % 6.54 %
Escherichia (E. coli) 10.82 % 0.01 % 0.33 % 0.26 % 0.90 % 5.36 % 7.56 % 13.30 % 19.67 % 0.03 % 0.70 % 1.00 %
Streptococcus (S. pneumoniae, S. intermedius) 0.30 % 2.98 % 0.17 % 0.24 % 0.00 % 2.56 % 0.80 % 2.08 % 2.72 % 1.27 % 0.16 % 0.19 %
Neisseria (N. flava) 0.13 % 0.00 % 0.06 % 0.10 % 0.00 % 0.24 % 1.20 % 0.36 % 1.83 % 0.00 % 0.03 % 0.01 %
Actinomycetales (M. luteus) 0.01 % 0.01 % 0.02 % 0.12 % 0.00 % 0.55 % 0.28 % 1.09 % 0.95 % 0.00 % 0.12 % 0.07 %
Fusobacterium (F. necrophorum) 0.12 % 0.00 % 0.05 % 0.13 % 0.00 % 0.29 % 0.75 % 0.40 % 0.40 % 0.00 % 0.02 % 0.00 %
Prevotella (P. melaninogenica) 0.25 % 0.00 % 0.01 % 0.14 % 0.00 % 0.02 % 0.33 % 0.44 % 0.31 % 0.01 % 0.01 % 0.02 %
Other OTUs 20.56 % 27.32 % 35.23 % 34.84 % 22.90 % 19.08 % 29.98 % 28.39 % 36.47 % 24.34 % 2.09 % 39.15 %