Serotype | Strain name | Gene accession | Size (~Kb) | %GC | Virulence or other biomarker genes | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
AggR | AggB-C-D | saa | Ecf cluster | Hly cluster | excA | subA | SubB | espP | type IV pilus gene cluster | katP | espA | Etp cluster (type II) | msbB | stcE | toxB | |||||
O104:H7 | RM9387 | CP009104 | 169,634 | 49.5 | - | - | - | - | + | + | + | + | + | + | - | - | - | - | - | - |
O104:H21 | 94-3024 | CP009106 | 161,447 | 49.5 | - | - | - | - | + | + | + | + | + | + | - | - | - | - | - | - |
O104:H21 | BAA-178 (CDC 1994-3024) (CFSAN002236) | SRX319158 | na | na | - | - | - | - | + | + | + | + | + | + | - | - | - | - | - | - |
O104:H21 | BAA-182 (CDC 1994-3023) (CFSAN002237) | SRX319159 | na | na | - | - | - | - | + | + | + | + | + | + | - | - | - | - | - | - |
O104:H4 | 2009EL-2050 | NC_018651 | 109,274 | 45.3 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
NC_018654 | 74,213 | 47.1 | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
O104:H4 | 2009EL-2071 | NC_018662.1 | 75,573 | 47.2 | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
O104:H4 | 2011C-3493 | NC_018659 | 88,544 | 49.7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
NC_018666 | 474,217 | 47.1 | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
O104:H4 | LB226692 | SRR254209 | na | na | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
O104:H4 | TY-2482 | SRX067313 | na | na | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
O104:H4 | C760-09 | SRX078303 | na | na | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
O104:H4 | C777-09 | SRX078304 | na | na | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
O104:H4 | C734-09 | SRX078308 | na | na | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
O104:H4 | C754-09 | SRX078302 | na | na | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
O157:H7 | Sakai | NC_002128.1 | 92,721 | 47.6 | - | - | - | + | + | - | - | - | + | - | + | - | + | + | + | + |
O157:H- | 3072/96 | NC_009602.1 | 121,239 | 49.7 | - | - | - | + | + | - | - | - | - | - | - | - | + | + | + | - |
O113:H21 | EH41 | NC_007365.1 | 165,548 | 49.6 | - | - | + | - | + | + | + | + | + | + | - | - | - | - | - | - |
O26:H11 | Str. 11368 | NC_013369.1 | 85,167 | 47.5 | - | - | - | + | + | - | - | - | - | - | + | - | - | + | - | + |
H30 | FJ386569.1 | 168,100 | 50.2 | - | - | - | + | + | + | - | - | + | + | + | - | - | + | - | + | |
O145 | RM13514 | CP006028 | 87,120 | 47.6 | - | - | - | + | + | - | - | - | + | - | - | - | - | + | - | + |
RM13516 | CP006263 | 98,066 | 49.7 | - | - | - | + | + | - | - | - | - | - | - | - | + | + | - | - | |
83-75 | HM138194.1 | 90,103 | 47.5 | - | - | - | + | + | - | - | - | + | - | + | - | - | + | - | + | |
O121:H19 | MT#2 | AGTJ01000001-AGTJ01000389 | na | na | - | - | - | + | + | - | - | - | + | - | - | - | - | + | - | + |
O103 | APEC O103 | NC_011964.1 | 124,705 | 50.8 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
Str. 12009 | NC_013354.1 | 75,546 | 49.1 | - | - | - | + | + | - | - | - | - | - | - | - | + | + | - | - | |
O45:K1:H7 | S88 | CU928146 | 133,853 | 49.3 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
O111-aEPEC | D275 | KC340959.1 | 115,452 | 53.1 | - | - | - | - | - | + | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - |
O111:H21 | Str. 226 | SRX160797 | na | na | + | - | - | - | - | + | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - |
O91:H21 | B2F1 | AGTI01000001-AGTI01000233 | na | na | - | - | - | - | + | + | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - |