Skip to main content

Table 2 Distribution of C. coli gyrA alleles by source and conserved nucleotide

From: Investigating the host specificity of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli by sequencing gyrase subunit A

Peptide group* Allele no. Nucleotide position Distribution by source** No. of ST
21 69 78 81 90 144 177 180 195 257 267 273 276 279 300 414 417 435 477 495 SW DM P
  301 A T T T C C C A A C C C A A T A C G C G 1 2 9 11
  308 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 2 14 10
  309 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 11 1 8
301 A 312 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 2 4
  316 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 10 10 18
  321 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   2   1
  318 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 5 5 8
  323 . . . . . . G . . . T . G . A G T . T . 16    10
  324 . . . . . . G G . . T . G . A G T . T . 1    1
  325 . . . . . . G . . . T . G . A G T . T . 13    10
  327 . . . . . . G . . . T . G . A G T . T . 6    3
301 B 334 . . . . . . G . . . T . G . A G T . T . 2    2
  342 . . . . . . G . . . T . G . A G T . T . 2    1
  346 . . . . . . G . . . T . G . A G T . T . 2    2
  349 . . . . . . G . . . T . G . A G T . T . 1    1
  350 . . . . . . G . . . T . G . A G T . . . 1    1
  314 G C C C T T . G G . T T G G A G T A T A 1   1 1
  329 G C C C T T . G G . T T G G A G T A T A 1    1
  330 G C C C T T . G G . T T G G A G T A T A 2    2
301 C 331 G C C C T T . G G . T T G G A G T A T A 1    1
  336 G C C C T T . G G . T T G G A G T A T A 3    3
  343 G C C C T T . G G . T T G G A G T A T A 1    1
  345 G C C C T T . G G . T T G G A G T A T A 1    1
  348 G C C C T T . G G . T T G G A G T A T A 1    1
  320 . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . 1    1
  322 . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . 9    4
301 D 332 . . . . . T G . . . T . . . . . . A . . 7    1
  335 . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . 4    3
  337 . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . 1    1
  302 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . 6 5 6 11
  303 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .    1 1
  304 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . 2   9 6
  305 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . 8   21 15
  306 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . 6 1 33 23
302 310 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . 1   3 1
  311 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . 4 5 1 5
  307 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . 2 2 8 11
  313 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .    1 1
  319 . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .    1 1
1 7 . . C . T T G . T . T T G T . . A . T .    1 1
2 8 . . C . T T G . T T T T G T . . A . T .    2 2
4 9 . . C . T T G . T T T T G T . . A . T .    3 3
5 23 . . C . T T G . T . T T G T . . A . T .    1 1
  1. *Peptide group #301 is subdivided in 4 parts (A, B, C and D) according to synonymous mutations. **SW=Surface water, DM=Domesticated Mammals, P=Poultry.