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Table 2 Distribution of C. coli gyrA alleles by source and conserved nucleotide

From: Investigating the host specificity of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli by sequencing gyrase subunit A

Peptide group*

Allele no.

Nucleotide position

Distribution by source**

No. of ST

21

69

78

81

90

144

177

180

195

257

267

273

276

279

300

414

417

435

477

495

SW

DM

P

 

301

A

T

T

T

C

C

C

A

A

C

C

C

A

A

T

A

C

G

C

G

1

2

9

11

 

308

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

4

2

14

10

 

309

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

2

11

1

8

301 A

312

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

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.

.

.

.

.

.

.

.

.

1

1

2

4

 

316

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

4

10

10

18

 

321

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

 

2

 

1

 

318

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

5

5

5

8

 

323

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

T

.

16

  

10

 

324

.

.

.

.

.

.

G

G

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

T

.

1

  

1

 

325

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

T

.

13

  

10

 

327

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

T

.

6

  

3

301 B

334

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

T

.

2

  

2

 

342

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

T

.

2

  

1

 

346

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

T

.

2

  

2

 

349

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

T

.

1

  

1

 

350

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

T

.

G

.

A

G

T

.

.

.

1

  

1

 

314

G

C

C

C

T

T

.

G

G

.

T

T

G

G

A

G

T

A

T

A

1

 

1

1

 

329

G

C

C

C

T

T

.

G

G

.

T

T

G

G

A

G

T

A

T

A

1

  

1

 

330

G

C

C

C

T

T

.

G

G

.

T

T

G

G

A

G

T

A

T

A

2

  

2

301 C

331

G

C

C

C

T

T

.

G

G

.

T

T

G

G

A

G

T

A

T

A

1

  

1

 

336

G

C

C

C

T

T

.

G

G

.

T

T

G

G

A

G

T

A

T

A

3

  

3

 

343

G

C

C

C

T

T

.

G

G

.

T

T

G

G

A

G

T

A

T

A

1

  

1

 

345

G

C

C

C

T

T

.

G

G

.

T

T

G

G

A

G

T

A

T

A

1

  

1

 

348

G

C

C

C

T

T

.

G

G

.

T

T

G

G

A

G

T

A

T

A

1

  

1

 

320

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

1

  

1

 

322

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

9

  

4

301 D

332

.

.

.

.

.

T

G

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

A

.

.

7

  

1

 

335

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

4

  

3

 

337

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

1

  

1

 

302

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

6

5

6

11

 

303

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

  

1

1

 

304

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

2

 

9

6

 

305

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

8

 

21

15

 

306

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

6

1

33

23

302

310

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

1

 

3

1

 

311

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

4

5

1

5

 

307

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

2

2

8

11

 

313

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

  

1

1

 

319

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

  

1

1

1

7

.

.

C

.

T

T

G

.

T

.

T

T

G

T

.

.

A

.

T

.

  

1

1

2

8

.

.

C

.

T

T

G

.

T

T

T

T

G

T

.

.

A

.

T

.

  

2

2

4

9

.

.

C

.

T

T

G

.

T

T

T

T

G

T

.

.

A

.

T

.

  

3

3

5

23

.

.

C

.

T

T

G

.

T

.

T

T

G

T

.

.

A

.

T

.

  

1

1

  1. *Peptide group #301 is subdivided in 4 parts (A, B, C and D) according to synonymous mutations. **SW=Surface water, DM=Domesticated Mammals, P=Poultry.
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BMC Microbiology

ISSN: 1471-2180

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