Table 3 Matching parameters of genotypes and subgroups with probes used on the AT microarray (numbers represent mismatches)
Probe category | ABE:VD2-a | ABE:VD2-b | ABE:VD2-c | ABE:VD2-d | ABE:VD4-b | ABE:VD4-c | ABE:VD4-d | CDFRY:VD2-b | CDFRY:VD2c | CDFRY:VD4-c | CDRFY:VD4-d | CF:VD4-a | M56:VD2-c | WC:VD2-a | WC:VD4-a | ||||||||||||||||||||
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Probe | VD2-02 | VD2-03 | VD2-04 | VD2-12 | VD2-15 | VD2-24 | VD2-25 | VD2-31 | VD2-32 | VD2-33 | VD2-34 | VD4-11 | VD4-12 | VD4-13 | VD4-21 | VD4-22 | VD4-24 | VD4-31 | VD4-32 | VD4-33 | VD4-35 | VD2-11 | VD2-13 | VD2-14 | VD2-21 | VD2-23 | VD4-23 | VD4-25 | VD4-34 | VD4-36 | VD4-02 | VD4-03 | VD2-22 | VD2-01 | VD4-01 |
Type | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
A-VS1 | 0;1 | 2;3 | 0;1 | 0;1 | 1;2 | 1;2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 2 | ||||||||||||||||||||
A-6BC | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 2 | ||||||||||||||||||||
A-8455 | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 0 | 3 | |||||||||||||||||||||
B | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 2 | ||||||||||||||||||
EB-E30 | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | |||||||||||||||||||||
EB-KKCP | 0 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 2 | ||||||||||||||||||
EB-859 | 1 | 0 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | ||||||||||||||||||
E | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 | 1 | 2 | 2 | 0 | 1 | 0 | 3 | 2 | ||||||||||||||||||||
C | 0;2 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
D-NJ1 | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
D-9N | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
F | 0 | 0 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
R54 | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
YP84 | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Mat116 | 2 | 2 | 2 | 2 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||
M56 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 2 | 0 | ||||||||||||||||||||||
WC | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
1V | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
6N | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||