Skip to main content

Table 3 Comparison between product sizes inferred by CEQ Fragment Analysis System software (observed) and the actual sizes obtained by sequencing data coming from direct sequencing of the PCR product (expected) or available in Genbank.

From: Genotyping of Bacillus anthracis strains based on automated capillary 25-loci Multiple Locus Variable-Number Tandem Repeats Analysis

Marker

Allele fragment sizes

Alleles

Note

 

Expected

Observed

Number of repeats

as reported [13]

 

BAMS1 21 bp

380

386

11

1

 
 

401

407

12

2

 
 

422

430

13

3

 
 

443

451

14

4

 
 

485

494

16

5

 

BAMS3 15 bp

474

475

21

1

 
 

519

520

24

2

 
 

549

550

26

3

 
 

564

565

27

4

 
 

579

580

28

5

new allele, previously defined as 5 or 6

 

594

595

29

  
 

609

611

30

6

 

BAMS5

229

231

3

 

new allele

39 bp

307

305

5

1

 
 

332

329

5.5

 

new allele

 

346

343

6

2

 
 

385

382

7

3

 

BAMS13 9 bp

337

339

17

1

 
 

346

348

18

 

new allele

 

364

365

20

2

 
 

373

372

21

 

new allele

 

391

393

24

3

 
 

427

427

27

4

 
 

454

456

30

5

 
 

463

465

31

 

new allele

 

481

483

33

 

new allele

 

778

785

66

7

 
 

814

821

70

8

 
 

841

849

73

9

 
 

868

876

76

10

 

BAMS15 9 bp

409

412

23

 

new allele

 

418

422

24

1

 
 

445

449

27

 

new allele

 

535

541

37

2

 
 

571

579

41

3

 
 

580

588

42

 

new allele, previously defined as 3

 

589

597

43

4

 
 

598

606

44

 

new allele, previously defined as 4 or 5

 

607

616

45

5

 
 

616

627

46

 

new allele

BAMS21 45 bp

541

535

7

1

 
 

631

625

9

2

 
 

676

669

10

3

 

BAMS22 36 bp

555

547

11

1

 
 

627

619

13

2

 
 

663

657

14

 

new allele

 

699

690

15

3

 
 

735

726

16

4

 

BAMS23 42 bp

399

393

5

 

new allele

 

567

559

9

 

new allele

 

609

600

10

1

 
 

639

629

10.5

2

 
 

651

641

11

3

 

BAMS24 42 bp

469

474

8

3

 
 

511

519

9

 

new allele

 

553

562

10

 

new allele

 

582

593

10.5

 

new allele

 

595

603

11

5

 
 

637

645

12

6

 

BAMS25 15 bp

376

380

12

1

 
 

391

395

13

2

 

BAMS28 24 bp

373

378

9

 

new allele

 

397

405

10

1

 
 

469

478

13

2

 
 

493

502

14

3

 

BAMS30 9 bp

268

270

6

1

 
 

367

369

17

2

 
 

493

496

31

3

 
 

673

681

51

4

 
 

691

698

53

5

 
 

727

735

57

6

 
 

754

763

60

7

 
 

835

848

69

 

new allele

 

853

865

71

 

new allele

 

862

874

72

 

new allele

 

889

902

75

8

 
 

916

929

78

 

new allele

BAMS31 9 bp

331

332

15

1

 
 

637

642

49

 

new allele

 

691

697

55

 

new allele

 

700

705

56

 

new allele

 

727

728

59

2

 
 

772

775

64

3

 
 

781

783

65

 

new allele, previously defined as 3

 

952

955

84

4

 

BAMS34

238

235

3

  

39 bp

386

378

7

  
 

425

421

8

  
 

503

498

9

  
 

581

576

11

  

BAMS44 39 bp

339

336

6

  
 

417

413

8

  

BAMS51 45 bp

358

364

6

  
 

448

452

8

  
 

493

501

9

  
 

538

548

10

  

BAMS53 12 bp

212

213

6

  
 

236

237

8

  

vrrA 12 bp

290

289

8

1

 
 

302

301

9

2

 
 

314

314

10

3

 
 

326

325

11

4

 

vrrB1 9 bp

193

194

12

2

 
 

220

221

15

3

 
 

229

229

16

4

 
 

256

256

19

5

 

vrrB2 9 bp

135

137

4

1

 
 

153

153

6

2

 
 

162

162

7

3

 
 

171

170

8

4

 

vrrC1 9 bp

517

512

46

3

 
 

535

530

48

4

 
 

583

574

53

5

 
 

616

611

57

6

 

vrrC2 18 bp

532

528

17

1

 
 

568

565

19

2

 
 

604

601

21

3

 

CG3 5 bp

153

155

1

1

 
 

158

160

2

2

 

pXO1 3 bp

123

128

6

  
 

126

131

7

  
 

129

134

8

  
 

132

137

9

  
 

135

140

10

  

pXO2 2 bp

132

136

5.5

  
 

133

137

6

  
 

135

139

7

  
 

137

141

8

  
 

139

143

9

  
 

141

145

10

  
 

143

147

11

  
 

145

149

12