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Table 3 Comparison between product sizes inferred by CEQ Fragment Analysis System software (observed) and the actual sizes obtained by sequencing data coming from direct sequencing of the PCR product (expected) or available in Genbank.

From: Genotyping of Bacillus anthracis strains based on automated capillary 25-loci Multiple Locus Variable-Number Tandem Repeats Analysis

Marker Allele fragment sizes Alleles Note
  Expected Observed Number of repeats as reported [13]  
BAMS1 21 bp 380 386 11 1  
  401 407 12 2  
  422 430 13 3  
  443 451 14 4  
  485 494 16 5  
BAMS3 15 bp 474 475 21 1  
  519 520 24 2  
  549 550 26 3  
  564 565 27 4  
  579 580 28 5 new allele, previously defined as 5 or 6
  594 595 29   
  609 611 30 6  
BAMS5 229 231 3   new allele
39 bp 307 305 5 1  
  332 329 5.5   new allele
  346 343 6 2  
  385 382 7 3  
BAMS13 9 bp 337 339 17 1  
  346 348 18   new allele
  364 365 20 2  
  373 372 21   new allele
  391 393 24 3  
  427 427 27 4  
  454 456 30 5  
  463 465 31   new allele
  481 483 33   new allele
  778 785 66 7  
  814 821 70 8  
  841 849 73 9  
  868 876 76 10  
BAMS15 9 bp 409 412 23   new allele
  418 422 24 1  
  445 449 27   new allele
  535 541 37 2  
  571 579 41 3  
  580 588 42   new allele, previously defined as 3
  589 597 43 4  
  598 606 44   new allele, previously defined as 4 or 5
  607 616 45 5  
  616 627 46   new allele
BAMS21 45 bp 541 535 7 1  
  631 625 9 2  
  676 669 10 3  
BAMS22 36 bp 555 547 11 1  
  627 619 13 2  
  663 657 14   new allele
  699 690 15 3  
  735 726 16 4  
BAMS23 42 bp 399 393 5   new allele
  567 559 9   new allele
  609 600 10 1  
  639 629 10.5 2  
  651 641 11 3  
BAMS24 42 bp 469 474 8 3  
  511 519 9   new allele
  553 562 10   new allele
  582 593 10.5   new allele
  595 603 11 5  
  637 645 12 6  
BAMS25 15 bp 376 380 12 1  
  391 395 13 2  
BAMS28 24 bp 373 378 9   new allele
  397 405 10 1  
  469 478 13 2  
  493 502 14 3  
BAMS30 9 bp 268 270 6 1  
  367 369 17 2  
  493 496 31 3  
  673 681 51 4  
  691 698 53 5  
  727 735 57 6  
  754 763 60 7  
  835 848 69   new allele
  853 865 71   new allele
  862 874 72   new allele
  889 902 75 8  
  916 929 78   new allele
BAMS31 9 bp 331 332 15 1  
  637 642 49   new allele
  691 697 55   new allele
  700 705 56   new allele
  727 728 59 2  
  772 775 64 3  
  781 783 65   new allele, previously defined as 3
  952 955 84 4  
BAMS34 238 235 3   
39 bp 386 378 7   
  425 421 8   
  503 498 9   
  581 576 11   
BAMS44 39 bp 339 336 6   
  417 413 8   
BAMS51 45 bp 358 364 6   
  448 452 8   
  493 501 9   
  538 548 10   
BAMS53 12 bp 212 213 6   
  236 237 8   
vrrA 12 bp 290 289 8 1  
  302 301 9 2  
  314 314 10 3  
  326 325 11 4  
vrrB1 9 bp 193 194 12 2  
  220 221 15 3  
  229 229 16 4  
  256 256 19 5  
vrrB2 9 bp 135 137 4 1  
  153 153 6 2  
  162 162 7 3  
  171 170 8 4  
vrrC1 9 bp 517 512 46 3  
  535 530 48 4  
  583 574 53 5  
  616 611 57 6  
vrrC2 18 bp 532 528 17 1  
  568 565 19 2  
  604 601 21 3  
CG3 5 bp 153 155 1 1  
  158 160 2 2  
pXO1 3 bp 123 128 6   
  126 131 7   
  129 134 8   
  132 137 9   
  135 140 10   
pXO2 2 bp 132 136 5.5   
  133 137 6   
  135 139 7   
  137 141 8   
  139 143 9   
  141 145 10   
  143 147 11   
  145 149 12