Lineage/CC/ST | MT | Isolation site | Virulence genes | Resistance determinants | Transposon genes | Plasmidrepgenes | Plasmid TAS | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 |  |  | esp/intA | fms5 | fms17 | fms19 | fms21 | pbp5 | GyrA | ParC | aac(6′)-Ie-aph(2″) | ant(6′)-Ia | tet(M) | tet(L) | tet(S) | intTn916 | tndX | rep1 pIP501 | rep2 pRE25 | rep17 pRUM | rep18 pEF418 | rep pLG1 | rep pMG1 | axe-txe | ω-ε-ζ | relBE |
Lineage 17 | ||||||||||||||||||||||||||
17 (2) | 1, 8 | W-EFF | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | pbp5-30 | S84R | R61G S80R | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | 2 | 2 | 1 | 2 | 2 | Â | 1 | 1 | Â |
386 | 7 | W-MOut | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | Â | 1 | 1 | Â |
Lineage 18 | ||||||||||||||||||||||||||
18 (3) | 1 (3) | D-EFF, W-MOut | Â | 3 | 3 | 3 | 1 | pbp5-20 | S84Y | R61G S80I | 1 | 2 | 3 | 3 | Â | Â | Â | 1 | 2 | 1 | Â | 3 | Â | Â | Â | Â |
262 | 10 | W-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | pbp5-25 | S84Y | R61G | 1 | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â |
574 | 402 | VR | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
Lineage 78 | ||||||||||||||||||||||||||
78 (4) | 159 (4) | W-EFF, W-MOut | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | pbp5-28 | S84R/Y | R61G S80R | 2 | 1 | 2 | 2 | Â | Â | Â | 1 | 4 | 4 | 2 | 4 | Â | 4 | 3 | Â |
266 (2) | 139 (2) | W-INF, D-EFF | Â | 2 | 1 | 2 | 2 | pbp5-24 | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | 2 | Â | 1 | 1 | 2 | Â | 2 | Â | 2 | Â | Â |
323 | 12 | D-MOut | Â | 1 | 1 | 1 | 1 | pbp5-26 | wt | R61G S80I | 1 | 1 | 1 | 1 | Â | Â | 1 | 1 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
564 | 302 | D-EFF | 1 | 1 | 1 | Â | 1 | pbp5-29 | S84I | R61G S80R | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | 1 | Â | 1 | Â | 1 | 1 | Â |
653 | 302 | W-EFF | Â | Â | Â | Â | 1 | nd | S84I | R61G S80R | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
CC5 | ||||||||||||||||||||||||||
29 (2) | Â | W-EFF, W-MOut | Â | 2 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
66 | Â | W-MOut | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â |
97 | Â | W-EFF | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | wt | R61G S80R | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
123 | Â | W-EFF | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | wt | R61G | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â |
148 | Â | W-MOut | Â | 1 | Â | Â | Â | pbp5-30 | wt | R61G S80R | Â | 1 | 1 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
168 | Â | W-MOut | Â | 1 | 1 | Â | Â | pbp5-31 | Â | Â | Â | 1 | 1 | 1 | Â | 1 | Â | 1 | 1 | 1 | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â |
505 | Â | W-EFF | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | wt | R61G | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
588 | Â | D-MOut | Â | 1 | Â | Â | Â | pbp5-30 | Â | Â | Â | 1 | 1 | 1 | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
635 | Â | D-EFF | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
636 | Â | W-EFF | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | wt | R61G | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
637 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | wt | R61G | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
638 | Â | W-EFF | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | wt | R61G S80I | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
642 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
645 | Â | D-EFF | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 |
646 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
649 | Â | W-BR | Â | 1 | 1 | 1 | Â | pbp5-32 | wt | R61G | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
650 (3) | Â | D-EFF | Â | 3 | 3 | Â | Â | pbp5-27 | Â | Â | Â | 2 | 2 | 2 | Â | 1 | Â | 1 | 3 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
CC 9 | ||||||||||||||||||||||||||
8 | Â | D-EFF | Â | 1 | 1 | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â |
640 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
CC 22 | ||||||||||||||||||||||||||
21 | Â | W-EFF | Â | Â | 1 | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
22 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
25 | Â | W-EFF | Â | Â | 1 | Â | 1 | pbp5-32 | wt | R61G | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
32 (3) | Â | W-EFF | Â | 3 | 3 | 1 | Â | Â | wt | R61G | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
92 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
441 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â |
533 | Â | W-EFF | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â |
633 | Â | W-EFF | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
644 | Â | D-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
CC27 | ||||||||||||||||||||||||||
652 | Â | W-EFF | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
CC46 | ||||||||||||||||||||||||||
47 | Â | VR | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
69 | Â | D-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
CC94 | ||||||||||||||||||||||||||
94 | Â | W-MOut | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
361 (4) | Â | D-EFF, D-MOut | Â | 3 | 4 | 4 | 4 | pbp5-29 | Â | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | 4 | Â | Â | Â | 1 |
CC296 | ||||||||||||||||||||||||||
296 | Â | W-EFF | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
CC639 | ||||||||||||||||||||||||||
639 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
CC648 | ||||||||||||||||||||||||||
634 | Â | W-EFF | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 |
648 | Â | W-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
Doubletons | ||||||||||||||||||||||||||
632 | Â | W-MOut | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
Singletons | ||||||||||||||||||||||||||
264 | Â | W-INF | Â | 1 | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â |
641 | Â | D-EFF | Â | 1 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â |
643 | Â | W-EFF | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â |
647 | Â | W-MOut | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â |
651 | Â | D-EFF | Â | Â | 1 | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 |
654 | Â | VR | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 1 |
All (69) | Â | Â | 8 | 57 | 49 | 29 | 46 | Â | Â | Â | 6 | 17 | 20 | 17 | 1 | 9 | 4 | 39 | 27 | 14 | 7 | 55 | 2 | 12 | 10 | 5 |