TY - CHAP AU - Maslanka, S. E. AU - Solomon, H. M. AU - Sharma, S. AU - Johnson, E. A. ED - Doores, S. ED - Salfinger, Y. ED - Tortorello, M. L. ED - Wilcke, B. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Clostridium botulinum and its toxins BT - Compendium of Methods for The Microbiological Examination of Foods PB - American Public Health Association CY - Washington DC ID - Maslanka2013 ER - TY - JOUR AU - Collins, M. D. AU - East, A. K. PY - 1998 DA - 1998// TI - Phylogeny and taxonomy of the foodborne pathogen Clostridium botulinum and its neurotoxins JO - J Appl Microbiol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2672.1997.00313.x DO - 10.1046/j.1365-2672.1997.00313.x ID - Collins1998 ER - TY - JOUR AU - Hill, K. K. AU - Smith, T. J. AU - Helma, C. H. AU - Ticknor, L. O. AU - Foley, B. T. AU - Svensson, R. T. AU - Brown, J. L. AU - Johnson, E. A. AU - Smith, L. A. AU - Okinaka, R. T. AU - Jackson, P. J. AU - Marks, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genetic diversity among botulinum neurotoxin-producing clostridial strains JO - J Bacteriol VL - 89 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01180-06 DO - 10.1128/JB.01180-06 ID - Hill2007 ER - TY - JOUR AU - Carter, A. T. AU - Paul, C. J. AU - Mason, D. R. AU - Twine, S. M. AU - Alston, M. J. AU - Logan, S. M. AU - Austin, J. W. AU - Peck, M. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Independent evolution of neurotoxin and flagellar genetic loci in proteolytic Clostridium botulinum JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-115 DO - 10.1186/1471-2164-10-115 ID - Carter2009 ER - TY - JOUR AU - Dover, N. AU - Barash, J. R. AU - Arnon, S. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Novel Clostridium botulinum toxin gene arrangement with subtype A5 and partial subtype B3 botulinum neurotoxin genes JO - J Clin Microbiol VL - 47 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.00799-09 DO - 10.1128/JCM.00799-09 ID - Dover2009 ER - TY - JOUR AU - Franciosa, G. AU - Ferreria, J. L. AU - Hatheway, C. L. PY - 1994 DA - 1994// TI - Detection of type A, B, and E botulism neurotoxin genes in Clostridium botulinum and other Clostridium species by PCR: evidence of unexpressed type B toxin genes in type A toxigenic organisms JO - J Clin Microbiol VL - 32 ID - Franciosa1994 ER - TY - JOUR AU - Raphael, B. H. AU - Joseph, L. A. AU - McCroskey, L. M. AU - Lúquez, C. AU - Maslanka, S. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Detection and differentiation of Clostridium botulinum type A strains using a focused DNA microarray JO - Mol Cell Probes VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.mcp.2009.12.003 DO - 10.1016/j.mcp.2009.12.003 ID - Raphael2010 ER - TY - JOUR AU - Macdonald, T. E. AU - Helma, C. H. AU - Ticknor, L. O. AU - Jackson, P. J. AU - Okinaka, R. T. AU - Smith, L. S. AU - Smith, T. J. AU - Hill, K. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Differentiation of Clostridium botulinum serotype A strains by multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01539-07 DO - 10.1128/AEM.01539-07 ID - Macdonald2008 ER - TY - JOUR AU - Fillo, S. AU - Giordani, F. AU - Anniballi, F. AU - Gorgé, O. AU - Ramisse, V. AU - Vergnaud, G. AU - Riehm, J. M. AU - Scholz, H. C. AU - Splettstoesser, W. D. AU - Kieboom, J. AU - Olsen, J. S. AU - Fenicia, L. AU - Lista, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Clostridium botulinum group I strain genotyping by 15-locus multilocus variable-number tandem-repeat analysis JO - J Clin Microbiol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.05396-11 DO - 10.1128/JCM.05396-11 ID - Fillo2011 ER - TY - JOUR AU - Raphael, B. H. AU - Choudoir, M. J. AU - Lúquez, C. AU - Fernández, R. AU - Maslanka, S. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sequence diversity of genes encoding botulinum neurotoxin type F JO - Appl Environ Microbiol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03109-09 DO - 10.1128/AEM.03109-09 ID - Raphael2010 ER - TY - JOUR AU - Agren, J. AU - Sundström, A. AU - Håfström, T. AU - Segerman, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gegenees: fragmented alignment of multiple genomes for determining phylogenomic distances and genetic signatures unique for specified target groups JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039107 DO - 10.1371/journal.pone.0039107 ID - Agren2012 ER - TY - JOUR AU - Larsen, M. V. AU - Cosentino, S. AU - Rasmussen, S. AU - Friis, C. AU - Hasman, H. AU - Marvig, R. L. AU - Jelsbak, L. AU - Sicheritz-Pontén, T. AU - Ussery, D. W. AU - Aarestrup, F. M. AU - Lund, O. PY - 2012 DA - 2012// TI - Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria JO - J Clin Microbiol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.06094-11 DO - 10.1128/JCM.06094-11 ID - Larsen2012 ER - TY - JOUR AU - Gardner, S. N. AU - Slezak, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Scalable SNP analysis of 100+ bacterial or viral genomes JO - J Forensic Res VL - 1 UR - https://doi.org/10.4172/2157-7145.1000107 DO - 10.4172/2157-7145.1000107 ID - Gardner2010 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Peterson, D. AU - Peterson, N. AU - Stecher, G. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance and maximum parsimony methods JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr121 DO - 10.1093/molbev/msr121 ID - Tamura2011 ER - TY - JOUR AU - Jacobson, M. J. AU - Lin, G. AU - Whittam, T. S. AU - Johnson, E. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phylogenetic analysis of Clostridium botulinum type A by multi-locus sequence typing JO - Microbiology VL - 154 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.2008/016915-0 DO - 10.1099/mic.0.2008/016915-0 ID - Jacobson2008 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez-Escalona, N. AU - Timme, R. AU - Raphael, B. H. AU - Zink, D. AU - Sharma, S. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Whole genome SNP analysis for discrimination of Clostridium botulinum Group I strains JO - Appl Environ Microbiol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03934-13 DO - 10.1128/AEM.03934-13 ID - Gonzalez-Escalona2014 ER - TY - JOUR AU - Gardner, S. N. AU - Hall, B. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - When whole-genome alignments just won't work: kSNP v2 software for alignment-free SNP discovery and phylogenetics of hundreds of microbial genomes JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081760 DO - 10.1371/journal.pone.0081760 ID - Gardner2013 ER - TY - JOUR AU - Townes, J. M. AU - Cieslak, P. R. AU - Hatheway, C. L. AU - Solomon, H. M. AU - Hollowat, J. T. AU - Baker, M. P. AU - Keller, C. F. AU - McCroskey, L. M. AU - Griffin, P. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - An outbreak of type A botulism associated with commercial cheese sauce JO - Ann Intern Med VL - 125 UR - https://doi.org/10.7326/0003-4819-125-7-199610010-00004 DO - 10.7326/0003-4819-125-7-199610010-00004 ID - Townes1996 ER - TY - JOUR AU - Ginsberg, M. M. AU - Granzow, L. AU - Teclaw, R. F. AU - Gaul, L. K. AU - Bagdure, S. AU - Cole, A. AU - Drumgoole, R. AU - Barilay, E. J. AU - Biggerstaff, M. S. AU - Lynch, M. F. AU - Maslanka, S. E. AU - Williams, I. T. AU - Juliao, P. C. AU - Barton-Behravesh, C. B. AU - Olson, C. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Botulism associated with commercially canned chili sauce – Texas and Indiana, July 2007 JO - MMWR Morb Mortal Wkly Rep VL - 56 ID - Ginsberg2007 ER - TY - JOUR AU - Juliao, P. C. AU - Maslanka, S. AU - Dykes, J. AU - Gaul, L. AU - Bagdure, S. AU - Granzow-Kibiger, L. AU - Salehi, E. AU - Zink, D. AU - Neilgan, R. P. AU - Barton-Baehravesh, C. AU - Lúquez, C. AU - Buggerstaff, M. AU - Lynch, M. AU - Olson, C. AU - Williams, I. AU - Barzilay, E. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - National outbreak of type A foodborne botulism associated with a widely distributed commercially canned hot dog chili sauce JO - Clin Infect Dis VL - 56 UR - https://doi.org/10.1093/cid/cis901 DO - 10.1093/cid/cis901 ID - Juliao2013 ER - TY - JOUR AU - Briggs, G. AU - Anderson, S. AU - Komatsu, K. AU - Weiss, J. AU - Henke, E. AU - Tsang, C. A. AU - Vasiq, M. AU - Rao, A. K. AU - Mody, R. K. AU - Lúquez, C. AU - Dykes, J. K. AU - Morris, J. F. AU - Anderson, T. C. AU - Adams, L. E. AU - Yasmin, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Notes from the field: Botulism from drinking prison-made illicit alcohol – Arizona, 2012 JO - MMWR Morb Mortal Wkly Rep VL - 62 ID - Briggs2013 ER -