Table 2 Phenotypes and genotypes of antibiotic resistance and SCC mec types
Phenotype | Genotype | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Strain (Unique strain ID) | PEN | OXA | GEN | ERY | TET | COT | CL | CIP | nuc | mecA | aac-aph | erm(A) | erm(B) | erm(C) | msrA | tetM | tetK | SCCmec type | ccr complex |
S. capitis (SC01) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | IVd | ccrABβ2-α3 |
S. epidermidis (SE01) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | I | ccrABβ2-α2 |
S. epidermidis (SE02) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | I | |
S. epidermidis (SE03) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | I | |
S. epidermidis (SE04) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | IVb | ccrABβ2-α3 |
S. epidermidis (SE05) | R | R | R | S | S | R | R | R | - | + | + | - | - | - | - | - | - | IVd | ccrABβ2-α3 |
S. epidermidis (SE06) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | IVd | ccrABβ2-α3 |
S. epidermidis (SE07) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | IVd | ccrABβ2-α3 |
S. epidermidis (SE08) | R | R | S | S | S | S | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | untypable | Untypable |
S. epidermidis (SE09) | R | R | S | R | S | R | S | S | - | + | - | - | - | + | - | - | - | untypable | Untypable |
S. saprophyticus (SS01) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | IVd | ccrABβ2-α3 |
S. warneri (SW01) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | I | |
S. warneri (SW02) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | IVd | ccrABβ2-α3 |
S. xylosus (SX01) | R | R | S | S | R | R | R | S | - | + | - | - | - | - | - | + | + | IVd | ccrABβ2-α3 |
S. xylosus (SX02) | R | R | S | S | S | R | S | S | - | + | - | - | - | - | - | - | - | IVd | ccrABβ2-α3 |
S. capitis (SC02) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. capitis (SC03) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. capitis (SC04) | R | S | S | S | R | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | + | + | ||
S. capitis (SC05) | R | S | R | S | S | S | S | S | - | - | + | - | - | - | - | - | - | ||
S. cohnii (SCO01) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. cohnii (SCO02) | R | S | S | R | R | S | R | S | - | - | - | - | - | + | - | - | + | ||
S. cohnii (SCO03) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE10) | R | S | R | S | S | S | S | S | - | - | + | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE11) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE12) | R | S | S | S | S | R | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE13) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE14) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE15) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE16) | R | S | S | R | R | R | S | S | - | - | - | - | - | + | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE17) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE18) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. epidermidis (SE19) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | |||
S. epidermidis (SE20) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. haemolyticus (SH01) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. haemolyticus (SH02) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. haemolyticus (SH03) | R | S | S | S | S | R | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | + | ||
S. haemolyticus (SH04) | R | S | S | S | R | S | R | S | - | - | - | - | - | - | - | - | + | ||
S. haemolyticus (SH05) | R | S | S | S | R | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | + | + | ||
S. haemolyticus (SH06) | R | S | S | R | R | R | S | S | - | - | - | - | - | - | + | + | - | ||
S. haemolitucus (SH07) | R | S | S | R | S | R | S | S | - | - | - | - | - | + | - | - | - | ||
S. haemolitycus (SH08) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S haemolyticus (SH09) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. haemolyticus (SH10) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. lugdunensis (SL01) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. lugdunensis (SL02) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. saprophyticus (SS02) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. saprophyticus (SS03) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. saprophyticus (SS04) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. saprophyticus (SS05) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. warneri (SW03) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. warneri (SW04) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. xylosus (SX03) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
S. xylosus (SX04) | R | S | S | S | S | S | S | S | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
Summary | R=53 | R=15 | R=3 | R=5 | R=7 | R=19 | R=4 | R=1 | +=0 | +=15 | +=3 | +=0 | +=0 | +=4 | +=1 | +=4 | +=6 | ||