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Table 2 Phenotypes and genotypes of antibiotic resistance and SCC mec types

From: Diversity of antibiotic resistance genes and staphylococcal cassette chromosome mec elements in faecal isolates of coagulase-negative staphylococci from Nigeria

  Phenotype Genotype
Strain (Unique strain ID) PEN OXA GEN ERY TET COT CL CIP nuc mecA aac-aph erm(A) erm(B) erm(C) msrA tetM tetK SCCmec type ccr complex
S. capitis (SC01) R R S S S R S S - + - - - - - - - IVd ccrABβ2-α3
S. epidermidis (SE01) R R S S S R S S - + - - - - - - - I ccrABβ2-α2
S. epidermidis (SE02) R R S S S R S S - + - - - - - - - I  
S. epidermidis (SE03) R R S S S R S S - + - - - - - - - I  
S. epidermidis (SE04) R R S S S R S S - + - - - - - - - IVb ccrABβ2-α3
S. epidermidis (SE05) R R R S S R R R - + + - - - - - - IVd ccrABβ2-α3
S. epidermidis (SE06) R R S S S R S S - + - - - - - - - IVd ccrABβ2-α3
S. epidermidis (SE07) R R S S S R S S - + - - - - - - - IVd ccrABβ2-α3
S. epidermidis (SE08) R R S S S S S S - + - - - - - - - untypable Untypable
S. epidermidis (SE09) R R S R S R S S - + - - - + - - - untypable Untypable
S. saprophyticus (SS01) R R S S S R S S - + - - - - - - - IVd ccrABβ2-α3
S. warneri (SW01) R R S S S R S S - + - - - - - - - I  
S. warneri (SW02) R R S S S R S S - + - - - - - - - IVd ccrABβ2-α3
S. xylosus (SX01) R R S S R R R S - + - - - - - + + IVd ccrABβ2-α3
S. xylosus (SX02) R R S S S R S S - + - - - - - - - IVd ccrABβ2-α3
S. capitis (SC02) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. capitis (SC03) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. capitis (SC04) R S S S R S S S - - - - - - - + +   
S. capitis (SC05) R S R S S S S S - - + - - - - - -   
S. cohnii (SCO01) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. cohnii (SCO02) R S S R R S R S - - - - - + - - +   
S. cohnii (SCO03) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. epidermidis (SE10) R S R S S S S S - - + - - - - - -   
S. epidermidis (SE11) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. epidermidis (SE12) R S S S S R S S - - - - - - - - -   
S. epidermidis (SE13) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. epidermidis (SE14) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. epidermidis (SE15) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. epidermidis (SE16) R S S R R R S S - - - - - + - - -   
S. epidermidis (SE17) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. epidermidis (SE18) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. epidermidis (SE19) R S S S S S S S - - - - - - - -    
S. epidermidis (SE20) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. haemolyticus (SH01) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. haemolyticus (SH02) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. haemolyticus (SH03) R S S S S R S S - - - - - - - - +   
S. haemolyticus (SH04) R S S S R S R S - - - - - - - - +   
S. haemolyticus (SH05) R S S S R S S S - - - - - - - + +   
S. haemolyticus (SH06) R S S R R R S S - - - - - - + + -   
S. haemolitucus (SH07) R S S R S R S S - - - - - + - - -   
S. haemolitycus (SH08) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S haemolyticus (SH09) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. haemolyticus (SH10) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. lugdunensis (SL01) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. lugdunensis (SL02) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. saprophyticus (SS02) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. saprophyticus (SS03) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. saprophyticus (SS04) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. saprophyticus (SS05) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. warneri (SW03) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. warneri (SW04) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. xylosus (SX03) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
S. xylosus (SX04) R S S S S S S S - - - - - - - - -   
Summary R=53 R=15 R=3 R=5 R=7 R=19 R=4 R=1 +=0 +=15 +=3 +=0 +=0 +=4 +=1 +=4 +=6   
  1. R, Resistant; S, susceptible; +, positive in specific PCR; −, negative in specific PCR.