Table 3 A species identification algorithm by combining rpo B duplex PCR and hsp65 PCR-restriction fragment length polymorphism analysis

A

136

136

440 / 0 / 0

160 / 90 / 60 / 0

M. vaccae type 1

440 / 0 / 0

160 / 85 / 55 / 0

M. flavescens type 3

440 / 0 / 0

140 / 55 / 50 / 0

M. flavescens type 1

440 / 0 / 0

130 / 115 / 70 / 60

M. aurum type 2

320 / 130 / 0

200 / 70 / 60 / 55

M. immunogenum type 2

320 / 130 / 0

200 / 60 / 55 / 50

M. chelonae type 1

320 / 130 / 0

145 / 70 / 60 / 55

M. immunogenum type 1

320 / 130 / 0

140 / 65 / 60 / 0

M. mucogenicum type 1

320 / 115 / 0

185 / 145 / 0 / 0

M. fallax type 1

320 / 115 / 0

170 / 140 / 0 / 0

M. neoaurum type 1

320 / 115 / 0

145 / 65 / 60 / 0

M. mucogenicum type 2

320 / 115 / 0

140 / 90 / 60 / 0

M. mucogenicum type 3

235 / 210 / 0

200 / 70 / 60 / 50

M. abscessus type 2

235 / 210 / 0

180 / 135 / 70 / 50

M. thermoresistibile type 1

235 / 210 / 0

145 / 140 / 100 / 50

M. peregrinum type 1

235 / 210 / 0

145 / 70 / 60 / 55

M. abscessus type 1

235 / 210 / 0

140 / 125 / 100 / 50

M. peregrinum type 2

235 / 210 / 0

140 / 125 / 60 / 50

M. senegalense type 3

235 / 210 / 0

140 / 80 / 60 / 50

M. phlei type 1

235 / 210 / 0

130 / 80 / 60 / 0

M. celatum type 1

235 / 130 / 85

175 / 80 / 0 / 0

M. aurum type 1

235 / 130 / 85

145 / 140 / 100 / 60

M. peregrinum type 3

235 / 130 / 85

145 / 125 / 60 / 0

M. smegmatis type 1

235 / 130 / 85

140 / 125 / 60 / 50

M. senegalense type 2

235 / 120 / 85

180 / 140 / 50 / 0

M. senegalense type 4

235 / 120 / 85

145 / 120 / 60 / 55

M. fortuitum type 1

235 / 120 / 85

140 / 125 / 60 / 50

M. senegalense type 1

235 / 120 / 85

140 / 120 / 60 / 55

M. fortuitum type 2

235 / 120 / 85

135 / 90 / 85 / 0

M. fortuitum type 3

B

136

108,28

320 / 115 / 0

140 / 90 / 60 / 0

M. chitae type 1

235 / 210 / 0

145 / 130 / 0 / 0

M. avium subsp. avium type 3

235 / 210 / 0

130 / 105 / 60 / 0

M. avium subsp. avium type 2

235 / 210 / 0

130 / 105 / 0 / 0

M. avium subsp. avium type 1

235 / 210 / 0

130 / 105 / 0 / 0

M. avium subsp. paratuberculosis type 1

C

136

76,60

235 / 120 / 85

160 / 105 / 60 / 0

M. xenopi type 1

D

75,61 or

136

440 / 0 / 0

170 / 130 / 0 / 0

M. triviale type 1

75,57,4

320 / 115 / 0

130 / 95 / 75 / 60

M. kansasii type 5

235 / 210 / 0

190 / 105 / 80 / 0

M. ulcerans type 2

(235 / 210 / 0

145 / 130 / 95 / 0

M. scrofulaceum type 1*)

235 / 210 / 0

145 / 105 / 80 / 45/20

M. marinum type 1

235 / 210 / 0

145 / 105 / 80 / 0

M. ulcerans type 1

235 / 210 / 0

130 / 105 / 80 / 0

M. kansasii type 1

235 / 130 / 85

140 / 105 / 70 / 0

M. shimodei type 1

235 / 120 / 85

130 / 115 / 75 / 60

M. kansasii type 4

235 / 130 / 85

130 / 105 / 70 / 0

M. kansasii type 6

235 / 130 / 85

130 / 105 / 0 / 0

M. kansasii type 2

235 / 130 / 85

130 / 95 / 70 / 0

M. kansasii type 3

E

75,61 or

108,28

440 / 0 / 0

145 / 130 / 0 / 0

M. simiae type 5

75,57,4

320 / 115 / 0

185 / 140 / 0 / 0

M. terrae type 2

320 / 115 / 0

180 / 130 / 0 / 0

M. terrae type 1

320 / 115 / 0

145 / 130 / 0 / 0

M. simiae type 4

320 / 115 / 0

140 / 90 / 60 / 0

M. nonchromogenicum type 2

320 / 115 / 0

140 / 60 / 50 / 0

M. terrae type 3

320 / 115 / 0

125 / 105 / 0 / 0

M. genavense type 1

235 / 210 / 0

185 / 130 / 0 / 0

M. simiae type 1

235 / 210 / 0

185 / 130 / 0 / 0

M. genavense type 2

235 / 210 / 0

155 / 140 / 0 / 0

M. simiae type 2

235 / 210 / 0

145 / 130 / 0 / 0

M. simiae type 6

235 / 210 / 0

140 / 115 / 70 / 0

M. terrae type 4

235 / 130 / 85

145 / 130 / 0 / 0

M. simiae type 3

235 / 130 / 85

130 / 105 / 70 / 0

M. gastri type 1

235 / 120 / 85

145 / 60 / 55 / 0

M. nonchromogenicum

type 1

F

75,61 or

76,60

440 / 0 / 0

130 / 105 / 70 / 0

M. szulgai type 1

75,57,4

(320 / 115 / 0

130 / 115 / 60 / 0

M. gordonae type 4*)

240/210/0

130/110/0

M. interjectum

(235 / 210 / 0

145 / 130 / 0 / 0

M. intracellulare type 3*)

235 / 210 / 0

115 / 105 / 0 / 0

M. asiaticum type 1

235 / 130 / 85

130 / 105 / 80 / 0

M. celatum type 2

235 / 120 / 100

145 / 105 / 80 / 0

M. malmoense type 1

235 / 210 / 0

145 / 105 / 80 / 0

M. malmoense type 2

(235 / 120 / 100

130 / 115 / 0 / 0

M. gordonae type 3*)

G

75,61 or

76,32,28

(440 / 0 / 0

145 / 130 / 0 / 0

M. simiae type 5*)

75,57,4

320 / 115 / 0

130 / 110 / 70 / 60

M. gordonae type 8

320 / 115 / 0

130 / 115 / 60 / 0

M. gordonae type 4

235 / 210 / 0

145 / 130 / 0 / 0

M. intermedium type 1

235 / 210 / 0

145 / 130 / 0 / 0

M. intracellulare type 3

235 / 210 / 0

140 / 105 / 80 / 0

M. intracellulare type 2

235 / 210 / 0

130 / 115 / 0 / 0

M. gordonae type 5

235 / 210 / 0

120 / 115 / 110 / 0

M. intracellulare type 4

235 / 130 / 85

140 / 120 / 95 / 0

M. gordonae type 6

235 / 120 / 100

160 / 115 / 60 / 0

M. gordonae type 9

235 / 120 / 100

155 / 110 / 0 / 0

M. gordonae type 7

235 / 120 / 100

145 / 130 / 60 / 0

M. intracellulare type 1

235 / 120 / 100

130 / 115 / 0 / 0

M. gordonae type 3

235 / 120 / 100

130 / 110 / 95 / 0

M. gordonae type 10

235 / 120 / 85

160 / 115 / 60 / 0

M. gordonae type 1

235 / 120 / 85

215 / 110 / 0 / 0

M. gordonae type 2

H

75,61 or

66,60,10

235 / 210 / 0

145 / 130 / 95 / 0

M. scrofulaceum type 1

75,57,4

320 / 130 / 0

160 / 110 / 0 / 0

M. haemophilum type 1

T

235 / 120 / 85

150 / 130 / 70 / 0

M. tuberculosis type 1

(235 bp)