TY - JOUR AU - Loftus, E. V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Clinical epidemiology of inflammatory bowel disease: Incidence, prevalence, and environmental influences JO - Gastroenterology VL - 126 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2004.01.063 DO - 10.1053/j.gastro.2004.01.063 ID - Loftus2004 ER - TY - JOUR AU - Pizzi, L. T. AU - Weston, C. M. AU - Goldfarb, N. I. AU - Moretti, D. AU - Cobb, N. AU - Howell, J. B. AU - Infantolino, A. AU - Dimarino, A. J. AU - Cohen, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Impact of chronic conditions on quality of life in patients with inflammatory bowel disease JO - Inflamm Bowel Dis VL - 12 UR - https://doi.org/10.1097/01.MIB.0000191670.04605.e7 DO - 10.1097/01.MIB.0000191670.04605.e7 ID - Pizzi2006 ER - TY - JOUR AU - Halfvarson, J. AU - Bodin, L. AU - Tysk, C. AU - Lindberg, E. AU - Järnerot, G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Inflammatory bowel disease in a Swedish twin cohort: a long-term follow-up of concordance and clinical characteristics JO - Gastroenterology VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/S0016-5085(03)00385-8 DO - 10.1016/S0016-5085(03)00385-8 ID - Halfvarson2003 ER - TY - JOUR AU - Barrett, J. C. AU - Hansoul, S. AU - Nicolae, D. L. AU - Cho, J. H. AU - Duerr, R. H. AU - Rioux, J. D. AU - Brant, S. R. AU - Silverberg, M. S. AU - Taylor, K. D. AU - Barmada, M. M. AU - Bitton, A. AU - Dassopoulos, T. AU - Datta, L. W. AU - Green, T. AU - Griffiths, A. M. AU - Kistner, E. O. AU - Murtha, M. T. AU - Regueiro, M. D. AU - Rotter, J. I. AU - Schumm, L. P. AU - Steinhart, A. H. AU - Targan, S. R. AU - Xavier, R. J. AU - Libioulle, C. AU - Sandor, C. AU - Lathrop, M. AU - Belaiche, J. AU - Dewit, O. AU - Gut, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide association defines more than 30 distinct susceptibility loci for Crohn's disease JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.175 DO - 10.1038/ng.175 ID - Barrett2008 ER - TY - JOUR AU - Xavier, R. J. AU - Podolsky, D. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Unravelling the pathogenesis of inflammatory bowel disease JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06005 DO - 10.1038/nature06005 ID - Xavier2007 ER - TY - JOUR AU - Sartor, R. B. PY - 1997 DA - 1997// TI - Pathogenesis and immune mechanisms of chronic inflammatory bowel diseases JO - Am J Gastroenterol VL - 92 ID - Sartor1997 ER - TY - JOUR AU - Bouma, G. AU - Strober, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - The immunological and genetic basis of inflammatory bowel disease JO - Nat Rev Immunol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nri1132 DO - 10.1038/nri1132 ID - Bouma2003 ER - TY - JOUR AU - Cho, J. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - The genetics and immunopathogenesis of inflammatory bowel disease JO - Nat Rev Immunol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nri2340 DO - 10.1038/nri2340 ID - Cho2008 ER - TY - JOUR AU - Ley, R. E. AU - Lozupone, C. A. AU - Hamady, M. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Worlds within worlds: evolution of the vertebrate gut microbiota JO - Nat Rev Micro VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1978 DO - 10.1038/nrmicro1978 ID - Ley2008 ER - TY - JOUR AU - Dethlefsen, L. AU - Eckburg, P. B. AU - Bik, E. M. AU - Relman, D. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Assembly of the human intestinal microbiota JO - Trends Ecol Evol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2006.06.013 DO - 10.1016/j.tree.2006.06.013 ID - Dethlefsen2006 ER - TY - JOUR AU - Tlaskalová-Hogenová, H. AU - Stepánková, R. AU - Hudcovic, T. AU - Tucková, L. AU - Cukrowska, B. AU - Lodinová-Zádníková, R. AU - Kozáková, H. AU - Rossmann, P. AU - Bártová, J. AU - Sokol, D. AU - Funda, D. P. AU - Borovská, D. AU - Reháková, Z. AU - Sinkora, J. AU - Hofman, J. AU - Drastich, P. AU - Kokesová, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Commensal bacteria (normal microflora), mucosal immunity and chronic inflammatory and autoimmune diseases JO - Immunol Lett VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/j.imlet.2004.02.005 DO - 10.1016/j.imlet.2004.02.005 ID - Tlaskalová-Hogenová2004 ER - TY - JOUR AU - Canny, G. O. AU - McCormick, B. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bacteria in the intestine, helpful residents or enemies from within? JO - Infect Immun VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.00187-08 DO - 10.1128/IAI.00187-08 ID - Canny2008 ER - TY - JOUR AU - Harper, P. H. AU - Lee, E. C. AU - Kettlewell, M. G. AU - Bennett, M. K. AU - Jewell, D. P. PY - 1985 DA - 1985// TI - Role of the faecal stream in the maintenance of Crohn's colitis JO - Gut VL - 26 UR - https://doi.org/10.1136/gut.26.3.279 DO - 10.1136/gut.26.3.279 ID - Harper1985 ER - TY - JOUR AU - Nell, S. AU - Suerbaum, S. AU - Josenhans, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - The impact of the microbiota on the pathogenesis of IBD: lessons from mouse infection models JO - Nat Rev Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2403 DO - 10.1038/nrmicro2403 ID - Nell2010 ER - TY - JOUR AU - Schultsz, C. AU - Van Den Berg, F. M. AU - Ten Kate, F. W. AU - Tytgat, G. N. AU - Dankert, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - The intestinal mucus layer from patients with inflammatory bowel disease harbors high numbers of bacteria compared with controls JO - Gastroenterology VL - 117 UR - https://doi.org/10.1016/S0016-5085(99)70393-8 DO - 10.1016/S0016-5085(99)70393-8 ID - Schultsz1999 ER - TY - JOUR AU - Swidsinski, A. AU - Ladhoff, A. AU - Pernthaler, A. AU - Swidsinski, S. AU - Loening-Baucke, V. AU - Ortner, M. AU - Weber, J. AU - Hoffmann, U. AU - Schreiber, S. AU - Dietel, M. AU - Lochs, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mucosal flora in inflammatory bowel disease JO - Gastroenterology VL - 122 UR - https://doi.org/10.1053/gast.2002.30294 DO - 10.1053/gast.2002.30294 ID - Swidsinski2002 ER - TY - JOUR AU - Sartor, R. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Microbial influences in inflammatory bowel diseases JO - Gastroenterology VL - 134 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2007.11.059 DO - 10.1053/j.gastro.2007.11.059 ID - Sartor2008 ER - TY - JOUR AU - Rutgeerts, P. AU - Hiele, M. AU - Geboes, K. AU - Peeters, M. AU - Penninckx, F. AU - Aerts, R. AU - Kerremans, R. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlled trial of Metronidazole treatment for prevention of Crohn's recurrence after ileal resection JO - Gastroenterology VL - 108 UR - https://doi.org/10.1016/0016-5085(95)90121-3 DO - 10.1016/0016-5085(95)90121-3 ID - Rutgeerts1995 ER - TY - JOUR AU - Stringer, E. E. AU - Nicholson, T. J. AU - Armstrong, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Efficacy of topical Metronidazole (10 percent) in the treatment of anorectal Crohn's disease JO - Dis Colon Rectum VL - 48 UR - https://doi.org/10.1007/s10350-004-0873-8 DO - 10.1007/s10350-004-0873-8 ID - Stringer2005 ER - TY - JOUR AU - Feller, M. AU - Huwiler, K. AU - Stephan, R. AU - Altpeter, E. AU - Shang, A. AU - Furrer, H. AU - Pfyffer, G. E. AU - Jemmi, T. AU - Baumgartner, A. AU - Egger, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis and Crohn's disease: a systematic review and meta-analysis JO - Lancet Infect Dis VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/S1473-3099(07)70211-6 DO - 10.1016/S1473-3099(07)70211-6 ID - Feller2007 ER - TY - JOUR AU - Barnich, N. AU - Darfeuille-Michaud, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Adherent-invasive Escherichia coli and Crohn's disease JO - Curr Opin Gastroenterol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1097/MOG.0b013e3280105a38 DO - 10.1097/MOG.0b013e3280105a38 ID - Barnich2007 ER - TY - JOUR AU - Tamboli, C. P. AU - Neut, C. AU - Desreumaux, P. AU - Colombel, J. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Dysbiosis in inflammatory bowel disease JO - Gut VL - 53 UR - https://doi.org/10.1136/gut.53.1.1 DO - 10.1136/gut.53.1.1 ID - Tamboli2004 ER - TY - JOUR AU - Sartor, R. B. AU - Muehlbauer, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Microbial host interactions in IBD: implications for pathogenesis and therapy JO - Curr Gastroenterol Rep VL - 9 UR - https://doi.org/10.1007/s11894-007-0066-4 DO - 10.1007/s11894-007-0066-4 ID - Sartor2007 ER - TY - JOUR AU - Ott, S. J. AU - Musfeldt, M. AU - Wenderoth, D. F. AU - Hampe, J. AU - Brant, O. AU - Fölsch, U. R. AU - Timmis, K. N. AU - Schreiber, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Reduction in diversity of the colonic mucosa associated bacterial microflora in patients with active inflammatory bowel disease JO - Gut VL - 53 UR - https://doi.org/10.1136/gut.2003.025403 DO - 10.1136/gut.2003.025403 ID - Ott2004 ER - TY - JOUR AU - Manichanh, C. AU - Rigottier-Gois, L. AU - Bonnaud, E. AU - Gloux, K. AU - Pelletier, E. AU - Frangeul, L. AU - Nalin, R. AU - Jarrin, C. AU - Chardon, P. AU - Marteau, P. AU - Roca, J. AU - Dore, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Reduced diversity of faecal microbiota in Crohn's disease revealed by a metagenomic approach JO - Gut VL - 55 UR - https://doi.org/10.1136/gut.2005.073817 DO - 10.1136/gut.2005.073817 ID - Manichanh2006 ER - TY - JOUR AU - Scanlan, P. D. AU - Shanahan, F. AU - O'Mahony, C. AU - Marchesi, J. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Culture-independent analyses of temporal variation of the dominant fecal microbiota and targeted bacterial subgroups in Crohn's disease JO - J Clin Microbiol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.00312-06 DO - 10.1128/JCM.00312-06 ID - Scanlan2006 ER - TY - JOUR AU - Martinez, C. AU - Antolin, M. AU - Santos, J. AU - Torrejon, A. AU - Casellas, F. AU - Borruel, N. AU - Guarner, F. AU - Malagelada, J. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Unstable composition of the fecal microbiota in ulcerative colitis during clinical remission JO - Am J Gastroenterol VL - 103 UR - https://doi.org/10.1111/j.1572-0241.2007.01592.x DO - 10.1111/j.1572-0241.2007.01592.x ID - Martinez2008 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. AU - Li, R. AU - Raes, J. AU - Arumugam, M. AU - Burgdorf, K. S. AU - Manichanh, C. AU - Nielsen, T. AU - Pons, N. AU - Levenez, F. AU - Yamada, T. AU - Mende, D. R. AU - Li, J. AU - Xu, J. AU - Li, S. AU - Li, D. AU - Cao, J. AU - Wang, B. AU - Liang, H. AU - Zheng, H. AU - Xie, Y. AU - Tap, J. AU - Lepage, P. AU - Bertalan, M. AU - Batto, J. M. AU - Hansen, T. AU - Le Paslier, D. AU - Linneberg, A. AU - Nielsen, H. B. AU - Pelletier, E. AU - Renault, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08821 DO - 10.1038/nature08821 ID - Qin2010 ER - TY - JOUR AU - Gophna, U. AU - Sommerfeld, K. AU - Gophna, S. AU - Doolittle, W. F. AU - Veldhuyzen van Zanten, S. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Differences between tissue-associated intestinal microfloras of patients with Crohn's disease and ulcerative colitis JO - J Clin Microbiol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.01004-06 DO - 10.1128/JCM.01004-06 ID - Gophna2006 ER - TY - JOUR AU - Frank, D. N. AU - St Amand, A. L. AU - Feldman, R. A. AU - Boedeker, E. C. AU - Harpaz, N. AU - Pace, N. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular-phylogenetic characterization of microbial community imbalances in human inflammatory bowel diseases JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0706625104 DO - 10.1073/pnas.0706625104 ID - Frank2007 ER - TY - JOUR AU - Sokol, H. AU - Seksik, P. AU - Furet, J. P. AU - Firmesse, O. AU - Nion-Larmurier, I. AU - Beaugerie, L. AU - Cosnes, J. AU - Corthier, G. AU - Marteau, P. AU - Doré, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Low counts of Faecalibacterium prausnitzii in colitis microbiota JO - Inflamm Bowel Dis VL - 15 UR - https://doi.org/10.1002/ibd.20903 DO - 10.1002/ibd.20903 ID - Sokol2009 ER - TY - JOUR AU - Poxton, I. R. AU - Brown, R. AU - Sawyerr, A. AU - Ferguson, A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Mucosa-associated bacterial flora of the human colon JO - J Med Microbiol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1099/00222615-46-1-85 DO - 10.1099/00222615-46-1-85 ID - Poxton1997 ER - TY - JOUR AU - Zoetendal, E. G. AU - von Wright, A. AU - Vilpponen-Salmela, T. AU - Ben-Amor, K. AU - Akkermans, A. D. AU - de Vos, W. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mucosa-associated bacteria in the human gastrointestinal tract are uniformly distributed along the colon and differ from the community recovered from feces JO - Appl Environ Microbiol VL - 68 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.68.7.3401-3407.2002 DO - 10.1128/AEM.68.7.3401-3407.2002 ID - Zoetendal2002 ER - TY - JOUR AU - Eckburg, P. B. AU - Bik, E. M. AU - Bernstein, C. N. AU - Purdom, E. AU - Dethlefsen, L. AU - Sargent, M. AU - Gill, S. R. AU - Nelson, K. E. AU - Relman, D. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Diversity of the human intestinal microbial flora JO - Science VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1110591 DO - 10.1126/science.1110591 ID - Eckburg2005 ER - TY - JOUR AU - Wang, M. AU - Ahrné, S. AU - Jeppsson, B. AU - Molin, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparison of bacterial diversity along the human intestinal tract by direct cloning and sequencing of 16S rRNA genes JO - FEMS Micro Ecol VL - 54 UR - https://doi.org/10.1016/j.femsec.2005.03.012 DO - 10.1016/j.femsec.2005.03.012 ID - Wang2005 ER - TY - JOUR AU - Lepage, P. AU - Seksik, P. AU - Sutren, M. AU - de la Cochetière, M. F. AU - Jian, R. AU - Marteau, P. AU - Doré, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Biodiversity of the mucosa-associated microbiota is stable along the distal digestive tract in healthy individuals and patients with IBD JO - Inflamm Bowel Dis VL - 11 UR - https://doi.org/10.1097/01.MIB.0000159662.62651.06 DO - 10.1097/01.MIB.0000159662.62651.06 ID - Lepage2005 ER - TY - JOUR AU - Green, G. L. AU - Brostoff, J. AU - Hudspith, B. AU - Michael, M. AU - Mylonaki, M. AU - Rayment, N. AU - Staines, N. AU - Sanderson, J. AU - Rampton, D. S. AU - Bruce, K. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Molecular characterization of the bacteria adherent to human colorectal mucosa JO - J Appl Micro VL - 100 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02783.x DO - 10.1111/j.1365-2672.2005.02783.x ID - Green2006 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Larget, B. R. AU - Handelsman, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Integration of microbial ecology and statistics: a test to compare gene libraries JO - Appl Environ Microbiol VL - 70 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.70.9.5485-5492.2004 DO - 10.1128/AEM.70.9.5485-5492.2004 ID - Schloss2004 ER - TY - JOUR AU - Hamady, M. AU - Lozupone, C. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data JO - ISME J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.97 DO - 10.1038/ismej.2009.97 ID - Hamady2010 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Westcott, S. L. AU - Ryabin, T. AU - Hall, J. R. AU - Hartmann, M. AU - Hollister, E. B. AU - Lesniewski, R. A. AU - Oakley, B. B. AU - Parks, D. H. AU - Robinson, C. J. AU - Sahl, J. W. AU - Stres, B. AU - Thallinger, G. G. AU - Van Horn, D. J. AU - Weber, C. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01541-09 DO - 10.1128/AEM.01541-09 ID - Schloss2009 ER - TY - STD TI - Cole JR, Wang Q, Cardenas E, Fish J, Chai B, Farris RJ, Kulam-Syed-Mohideen AS, McGarrell DM, Marsh T, Garrity GM, Tiedje JM: The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis. Nucleic Acids Res. 2009, D141-145. 10.1093/nar/gkn879. 37 Database ID - ref41 ER - TY - JOUR AU - Sokol, H. AU - Pigneur, B. AU - Watterlot, L. AU - Lakhdari, O. AU - Bermúdez-Humarán, L. G. AU - Gratadoux, J. J. AU - Blugeon, S. AU - Bridonneau, C. AU - Furet, J. P. AU - Corthier, G. AU - Grangette, C. AU - Vasquez, N. AU - Pochart, P. AU - Trugnan, G. AU - Thomas, G. AU - Blottière, H. M. AU - Doré, J. AU - Marteau, P. AU - Seksik, P. AU - Langella, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0804812105 DO - 10.1073/pnas.0804812105 ID - Sokol2008 ER - TY - JOUR AU - Eckburg, P. B. AU - Relman, D. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The role of microbes in Crohn's disease JO - Clin Infect Dis VL - 44 UR - https://doi.org/10.1086/510385 DO - 10.1086/510385 ID - Eckburg2007 ER - TY - JOUR AU - Loubinoux, J. AU - Bronowicki, J. AU - Pereira, I. A. C. AU - Mougenel, J. AU - Le Faou, A. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Sulfate-reducing bacteria in human feces and their association with inflammatory bowel diseases JO - FEMS Micro Ecol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2002.tb00942.x DO - 10.1111/j.1574-6941.2002.tb00942.x ID - Loubinoux2002 ER - TY - JOUR AU - Seksik, P. AU - Rigottier-Gois, L. AU - Gramet, G. AU - Sutren, M. AU - Pochart, P. AU - Marteau, P. AU - Jian, R. AU - Doré, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Alterations of the dominant faecal bacterial groups in patients with Crohn's disease of the colon JO - Gut VL - 52 UR - https://doi.org/10.1136/gut.52.2.237 DO - 10.1136/gut.52.2.237 ID - Seksik2003 ER - TY - JOUR AU - Mangin, I. AU - Bonnet, R. AU - Seksik, P. AU - Rigottier-Gois, L. AU - Sutren, M. AU - Bouhnik, Y. AU - Neut, C. AU - Collins, M. D. AU - Colombel, J. F. AU - Marteau, P. AU - Doré, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Molecular inventory of faecal microflora in patients with Crohn's disease JO - FEMS Micro Ecol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1016/j.femsec.2004.05.005 DO - 10.1016/j.femsec.2004.05.005 ID - Mangin2004 ER - TY - JOUR AU - Swidsinski, A. AU - Weber, J. AU - Loening-Baucke, V. AU - Hale, L. P. AU - Lochs, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Spatial organization and composition of the mucosal flora in patients with inflammatory bowel disease JO - J Clin Microbiol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.43.7.3380-3389.2005 DO - 10.1128/JCM.43.7.3380-3389.2005 ID - Swidsinski2005 ER - TY - JOUR AU - Bibiloni, R. AU - Mangold, M. AU - Madsen, K. L. AU - Fedorak, R. N. AU - Tannock, G. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - The bacteriology of biopsies differs between newly diagnosed, untreated, Crohn's disease and ulcerative colitis patients JO - J Med Microbiol VL - 55 UR - https://doi.org/10.1099/jmm.0.46498-0 DO - 10.1099/jmm.0.46498-0 ID - Bibiloni2006 ER - TY - JOUR AU - Lucke, K. AU - Miehlke, S. AU - Jacobs, E. AU - Schuppler, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Prevalence of Bacteroides and Prevotella spp. in ulcerative colitis JO - J Med Microbiol VL - 55 UR - https://doi.org/10.1099/jmm.0.46198-0 DO - 10.1099/jmm.0.46198-0 ID - Lucke2006 ER - TY - JOUR AU - Martinez-Medina, M. AU - Aldeguer, X. AU - Gonzalez-Huix, F. AU - Acero, D. AU - Garcia-Gil, L. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Abnormal microbiota composition in the ileocolonic mucosa of Crohn's disease patients as revealed by polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis JO - Inflamm Bowel Dis VL - 12 UR - https://doi.org/10.1097/01.mib.0000235828.09305.0c DO - 10.1097/01.mib.0000235828.09305.0c ID - Martinez-Medina2006 ER - TY - JOUR AU - Sokol, H. AU - Lepage, P. AU - Seksik, P. AU - Doré, J. AU - Marteau, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Temperature gradient gel electrophoresis of fecal 16S rRNA reveals active Escherichia coli in the microbiota of patients with ulcerative colitis JO - J Clin Microbiol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.02600-05 DO - 10.1128/JCM.02600-05 ID - Sokol2006 ER - TY - JOUR AU - Baumgart, M. AU - Dogan, B. AU - Rishniw, M. AU - Weitzman, G. AU - Bosworth, B. AU - Yantiss, R. AU - Orsi, R. H. AU - Wiedmann, M. AU - McDonough, P. AU - Kim, S. G. AU - Berg, D. AU - Schukken, Y. AU - Scherl, E. AU - Simpson, K. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Culture independent analysis of ileal mucosa reveals a selective increase in invasive Escherichia coli of novel phylogeny relative to depletion of Clostridiales in Crohn's disease involving the ileum JO - ISME J VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2007.52 DO - 10.1038/ismej.2007.52 ID - Baumgart2007 ER - TY - JOUR AU - Kotlowski, R. AU - Bernstein, C. N. AU - Sepehri, S. AU - Krause, D. O. PY - 2007 DA - 2007// TI - High prevalence of Escherichia coli belonging to the B2+D phylogenetic group in inflammatory bowel disease JO - Gut VL - 56 UR - https://doi.org/10.1136/gut.2006.099796 DO - 10.1136/gut.2006.099796 ID - Kotlowski2007 ER - TY - JOUR AU - Andoh, A. AU - Tsujikawa, T. AU - Sasaki, M. AU - Mitsuyama, K. AU - Suzuki, Y. AU - Matsui, T. AU - Matsumoto, T. AU - Benno, Y. AU - Fujiyama, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fecal microbiota profile of Crohn's disease determined by terminal restriction fragment length polymorphism analysis JO - Aliment Pharmacol Ther VL - 29 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2036.2008.03860.x DO - 10.1111/j.1365-2036.2008.03860.x ID - Andoh2009 ER - TY - JOUR AU - Martinez-Medina, M. AU - Aldeguer, X. AU - Lopez-Siles, M. AU - González-Huix, F. AU - López-Oliu, C. AU - Dahbi, G. AU - Blanco, J. E. AU - Blanco, J. AU - Garcia-Gil, L. J. AU - Darfeuille-Michaud, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Molecular diversity of Escherichia coli in the human gut: New ecological evidence supporting the role of adherent-invasive E. coli (AIEC) in Crohn's disease JO - Inflamm Bowel Dis VL - 15 UR - https://doi.org/10.1002/ibd.20860 DO - 10.1002/ibd.20860 ID - Martinez-Medina2009 ER - TY - JOUR AU - Dicksved, J. AU - Halfvarson, J. AU - Rosenquist, M. AU - Järnerot, G. AU - Tysk, C. AU - Apajalahti, J. AU - Engstrand, L. AU - Jansson, J. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Molecular analysis of the gut microbiota of identical twins with Crohn's disease JO - ISME J VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2008.37 DO - 10.1038/ismej.2008.37 ID - Dicksved2008 ER - TY - JOUR AU - Ott, S. J. AU - Plamondon, S. AU - Hart, A. AU - Begun, A. AU - Rehman, A. AU - Kamm, M. A. AU - Schreiber, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamics of the mucosa-associated flora in ulcerative colitis patients during remission and clinical relapse JO - J Clin Microbiol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.01512-08 DO - 10.1128/JCM.01512-08 ID - Ott2008 ER - TY - JOUR AU - Mylonaki, M. AU - Rayment, N. B. AU - Rampton, D. S. AU - Hudspith, B. N. AU - Brostoff, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Molecular characterization of rectal mucosa-associated bacterial flora in inflammatory bowel disease JO - Inflamm Bowel Dis VL - 11 UR - https://doi.org/10.1097/01.MIB.0000159663.62651.4f DO - 10.1097/01.MIB.0000159663.62651.4f ID - Mylonaki2005 ER - TY - JOUR AU - Sepehri, S. AU - Kotlowski, R. AU - Bernstein, C. N. AU - Krause, D. O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Microbial diversity of inflamed and noninflamed gut biopsy tissues in inflammatory bowel disease JO - Inflamm Bowel Dis VL - 13 UR - https://doi.org/10.1002/ibd.20101 DO - 10.1002/ibd.20101 ID - Sepehri2007 ER - TY - JOUR AU - Seksik, P. AU - Lepage, P. AU - de la Cochetière, M. F. AU - Bourreille, A. AU - Sutren, M. AU - Galmiche, J. P. AU - Doré, J. AU - Marteau, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Search for localized dysbiosis in Crohn's disease ulcerations by temporal temperature gradient gel electrophoresis of 16S rRNA JO - J Clin Microbiol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.43.9.4654-4658.2005 DO - 10.1128/JCM.43.9.4654-4658.2005 ID - Seksik2005 ER - TY - JOUR AU - Sokol, H. AU - Lepage, P. AU - Seksik, P. AU - Doré, J. AU - Marteau, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular comparison of dominant microbiota associated with injured versus healthy mucosa in ulcerative colitis JO - Gut VL - 56 UR - https://doi.org/10.1136/gut.2006.109686 DO - 10.1136/gut.2006.109686 ID - Sokol2007 ER - TY - JOUR AU - Vasquez, N. AU - Mangin, I. AU - Lepage, P. AU - Seksik, P. AU - Duong, J. P. AU - Blum, S. AU - Schiffrin, E. AU - Suau, A. AU - Allez, M. AU - Vernier, G. AU - Tréton, X. AU - Doré, J. AU - Marteau, P. AU - Pochart, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Patchy distribution of mucosal lesions in ileal Crohn's disease is not linked to differences in the dominant mucosa-associated bacteria: a study using fluorescence in situ hybridization and temporal temperature gradient gel electrophoresis JO - Inflamm Bowel Dis VL - 13 UR - https://doi.org/10.1002/ibd.20084 DO - 10.1002/ibd.20084 ID - Vasquez2007 ER - TY - JOUR AU - Bent, S. J. AU - Forney, L. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - The tragedy of the uncommon: understanding limitations in the analysis of microbial diversity JO - ISME J VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2008.44 DO - 10.1038/ismej.2008.44 ID - Bent2008 ER - TY - JOUR AU - Marzorati, M. AU - Wittebolle, L. AU - Boon, N. AU - Daffonchio, D. AU - Verstraete, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - How to get more out of molecular fingerprints: practical tools for microbial ecology JO - Environ Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2008.01572.x DO - 10.1111/j.1462-2920.2008.01572.x ID - Marzorati2008 ER - TY - JOUR AU - Farris, M. H. AU - Olson, J. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Detection of Actinobacteria cultivated from environmental samples reveals bias in universal primers JO - Lett Appl Microbiol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2007.02198.x DO - 10.1111/j.1472-765X.2007.02198.x ID - Farris2007 ER - TY - JOUR AU - Frank, J. A. AU - Reich, C. I. AU - Sharma, S. AU - Weisbaum, J. S. AU - Wilson, B. A. AU - Olsen, G. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Critical evaluation of two primers commonly used for amplification of bacterial 16S rRNA genes JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02272-07 DO - 10.1128/AEM.02272-07 ID - Frank2008 ER - TY - JOUR AU - Cadwell, K. AU - Patel, K. K. AU - Maloney, N. S. AU - Liu, T. C. AU - Ng, A. C. AU - Storer, C. E. AU - Head, R. D. AU - Xavier, R. AU - Stappenbeck, T. S. AU - Virgin, H. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Virus-plus-susceptibility gene interaction determines Crohn's disease gene Atg16L1 phenotypes in intestine JO - Cell VL - 141 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.05.009 DO - 10.1016/j.cell.2010.05.009 ID - Cadwell2010 ER - TY - JOUR AU - Kleessen, B. AU - Kroesen, A. J. AU - Buhr, H. J. AU - Blaut, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mucosal and invading bacteria in patients with inflammatory bowel disease compared with controls JO - Scand J Gastroenterol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1080/003655202320378220 DO - 10.1080/003655202320378220 ID - Kleessen2002 ER - TY - JOUR AU - Winter, S. E. AU - Keestra, A. M. AU - Tsolis, R. M. AU - Bäumler, A. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The blessings and curses of intestinal inflammation JO - Cell Host Microbe VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2010.06.003 DO - 10.1016/j.chom.2010.06.003 ID - Winter2010 ER - TY - JOUR AU - Swidsinski, A. AU - Loening-Baucke, V. AU - Theissig, F. AU - Engelhardt, H. AU - Bengmark, S. AU - Koch, S. AU - Lochs, H. AU - Dörffel, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative study of the intestinal mucus barrier in normal and inflamed colon JO - Gut VL - 56 UR - https://doi.org/10.1136/gut.2006.098160 DO - 10.1136/gut.2006.098160 ID - Swidsinski2007 ER - TY - JOUR AU - Peterson, D. A. AU - McNulty, N. P. AU - Guruge, J. L. AU - Gordon, J. I. PY - 2007 DA - 2007// TI - IgA response to symbiotic bacteria as a mediator of gut homeostasis JO - Cell Host Microbe VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2007.09.013 DO - 10.1016/j.chom.2007.09.013 ID - Peterson2007 ER - TY - JOUR AU - Stecher, B. AU - Robbiani, R. AU - Walker, A. W. AU - Westendorf, A. M. AU - Barthel, M. AU - Kremer, M. AU - Chaffron, S. AU - Macpherson, A. J. AU - Buer, J. AU - Parkhill, J. AU - Dougan, G. AU - von Mering, C. AU - Hardt, W. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Salmonella enterica serovar Typhimurium exploits inflammation to compete with the intestinal microbiota JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050244 DO - 10.1371/journal.pbio.0050244 ID - Stecher2007 ER - TY - JOUR AU - Lupp, C. AU - Robertson, M. L. AU - Wickham, M. E. AU - Sekirov, I. AU - Champion, O. L. AU - Gaynor, E. C. AU - Finlay, B. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Host-mediated inflammation disrupts the intestinal microbiota and promotes the overgrowth of Enterobacteriaceae JO - Cell Host Microbe VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2007.06.010 DO - 10.1016/j.chom.2007.06.010 ID - Lupp2007 ER - TY - JOUR AU - Artis, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Epithelial-cell recognition of commensal bacteria and maintenance of immune homeostasis in the gut JO - Nat Rev Immunol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nri2316 DO - 10.1038/nri2316 ID - Artis2008 ER - TY - JOUR AU - Kaser, A. AU - Zeissig, S. AU - Blumberg, R. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Inflammatory bowel disease JO - Annu Rev Immunol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-immunol-030409-101225 DO - 10.1146/annurev-immunol-030409-101225 ID - Kaser2010 ER - TY - JOUR AU - Baron, J. H. AU - Connell, A. M. AU - Lennard-Jones, J. E. PY - 1964 DA - 1964// TI - Variation between observers in describing mucosal appearances in proctocolitis JO - BMJ VL - 5375 UR - https://doi.org/10.1136/bmj.1.5375.89 DO - 10.1136/bmj.1.5375.89 ID - Baron1964 ER - TY - JOUR AU - DeSantis, T. Z. AU - Hugenholtz, P. AU - Larsen, N. AU - Rojas, M. AU - Brodie, E. L. AU - Keller, K. AU - Huber, T. AU - Dalevi, D. AU - Hu, P. AU - Andersen, G. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB JO - Appl Environ Microbiol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03006-05 DO - 10.1128/AEM.03006-05 ID - DeSantis2006 ER - TY - JOUR AU - Ludwig, W. AU - Strunk, O. AU - Westram, R. AU - Richter, L. AU - Meier, H. AU - Yadhukumar AU - Buchner, A. AU - Lai, T. AU - Steppi, S. AU - Jobb, G. AU - Förster, W. AU - Brettske, I. AU - Gerber, S. AU - Ginhart, A. W. AU - Gross, O. AU - Grumann, S. AU - Hermann, S. AU - Jost, R. AU - König, A. AU - Liss, T. AU - Lüssmann, R. AU - May, M. AU - Nonhoff, B. AU - Reichel, B. AU - Strehlow, R. AU - Stamatakis, A. AU - Stuckmann, N. AU - Vilbig, A. AU - Lenke, M. AU - Ludwig, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - ARB: a software environment for sequence data JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh293 DO - 10.1093/nar/gkh293 ID - Ludwig2004 ER - TY - JOUR AU - Ashelford, K. E. AU - Chuzhanova, N. A. AU - Fry, J. C. AU - Jones, A. J. AU - Weightman, A. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - New screening software shows that most recent large 16S rRNA gene clone libraries contain chimeras JO - Appl Environ Microbiol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00556-06 DO - 10.1128/AEM.00556-06 ID - Ashelford2006 ER - TY - JOUR AU - Ashelford, K. E. AU - Chuzhanova, N. A. AU - Fry, J. C. AU - Jones, A. J. AU - Weightman, A. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - At least 1 in 20 sequence records currently held in public repositories is estimated to contain substantial anomalies JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.7724-7736.2005 DO - 10.1128/AEM.71.12.7724-7736.2005 ID - Ashelford2005 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Handelsman, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Introducing DOTUR, a computer program for defining operational taxonomic units and estimating species richness JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.3.1501-1506.2005 DO - 10.1128/AEM.71.3.1501-1506.2005 ID - Schloss2005 ER - TY - STD TI - Johnson M, Zaretskaya I, Raytselis Y, Merezhuk Y, McGinnis S, Madden TL: NCBI BLAST: a better web interface. Nucleic Acids Res. 2008, W5-W9. 10.1093/nar/gkn201. 36 Web server ID - ref82 ER - TY - JOUR AU - Letunic, I. AU - Bork, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl529 DO - 10.1093/bioinformatics/btl529 ID - Letunic2007 ER - TY - JOUR AU - Nadkarni, M. A. AU - Martin, F. E. AU - Jacques, N. A. AU - Hunter, N. PY - 2002 DA - 2002// TI - Determination of bacterial load by real-time PCR using a broad-range (universal) probe and primers set JO - Microbiology VL - 148 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-148-1-257 DO - 10.1099/00221287-148-1-257 ID - Nadkarni2002 ER -