High throughput MLVA-16 typing for Brucella based on the microfluidics technology

De Santis, Riccardo; Ciammaruconi, Andrea; Faggioni, Giovanni; Fillo, Silvia; Gentile, Bernardina; Di Giannatale, Elisabetta; Ancora, Massimo; Lista, Florigio

doi:10.1186/1471-2180-11-60

BMC Microbiology

Table 2 Comparison between Brucella product sizes estimated by LabChip GX software (Observed size) and actual sizes obtained by direct sequencing of the PCR product or data available in Genbank (Expected size).

From: High throughput MLVA-16 typing for Brucella based on the microfluidics technology

PCR	Locus (UL bps)^a	Allele	Expected size	Observed size	x ± s^b
Singleplex 1	Bruce08 (18)	2	312
		3	330	346-359	352,63 ± 5,37
		4	348	369-383	376 ± 4,62
		5	366	385-410	399,09 ± 6,58
		6	384	411-434	419,29 ± 6,71
Singleplex 2	Bruce43 (12)	1	170	179-188	183,17 ± 2
		2	182	191-200	196,07 ± 2,32
		3	194
Singleplex 3	Bruce12 (15)	7	302
		8	317
		9	332
		10	347	359-369	362,8 ± 3,7
		11	362	379-388	384,13 ± 3,64
		12	377	390-400	395,16 ± 3,05
		13	'392	409-420	413 ± 2,55
		14	407	424-433	428,82 ± 3,05
		15	422	434-440	438,25 ± 2,87
		17	452
Singleplex 4	Bruce18 (8)	3	130	143
		4	138	150-157	153,57 ± 2,64
		5	146	159-162	160,33 ± 1,37
		6	154	164-176	171,62 ± 2,95
		7	162	178-184	181,65 ± 1,53
		8	170	187-194	191 ± 2,24
		9	178
Singleplex 5	Bruce11 (63)	2	257	266-270	268 ± 2,82
		3	320	321-344	337,82 ± 4,31
		4	383	407-422	410,52 ± 3,56
		6	509	504-536	515,8 ± 12,52
		8	635	623-649	639,6 ± 8,71
		9	698	680-724	696,67 ± 15,6
		12	887
		15	1076
Singleplex 6	Bruce21 (8)	5	140
		6	148	162
		7	156	178-179	178,5 ± 0,71
		8	164	180-186	182,55 ± 1,19
		9	172	192-199	194,05 ± 1,94
Singleplex 7	Bruce06 (134)	1	140	151
		2	274	282-294	285,9 ± 3,33
		3	408	429-454	439,89 ± 6,04
		4	542	518-624	575,4 ± 24,92
Singleplex 8	Bruce42 (125)	1	164	172-198	175,1 ± 3,13
		2	289	279-298	288,88 ± 2,14
		3	414	420-442	428,27 ± 6,18
		4	539	504-569	529,31 ± 14,1
		5	664	642-647	644 ± 2,64
		6	789	695-763	726,4 ± 22,02
		7	914
Singleplex 9	Bruce45 (18)	2	133
		3	151	156-169	162.01 ± 1,93
		4	169
		5	187	196-206	198,95 ± 2,63
Singleplex 10	Bruce55 (40)	1	193	204-209	207,05 ± 1,67
		2	233	243-259	248,36 ± 4,09
		3	273	275-308	282,85 ± 2,5
		4	313	327
		5	353
		6	393	418-422	420,25 ± 1,7
		7	433
Singleplex 11	Bruce30 (8)	2	119	130
		3	127	132-144	139,29 ± 2,11
		4	135	146-152	148,87 ± 1,7
		5	143	155-160	157,77 ± 1,78
		6	151	165-169	167 ± 2
		7	159	174
		8	167
		9	175
		10	183	205-206	202,25 ± 0,5
		11	191
		12	199
Singleplex 12	Bruce04 (8)	2	152	161-164	162.5 ± 2.1
		3	160	169-175	171.6 ± 2
		4	168	177-182	179.1 ± 1.3
		5	176	185-191	187.3 ± 1.8
		6	184	194-198	195.7 ± 1.3
		7	192	201-207	203.4 ± 2.2
		8	200	213-214	213.7 ± 0.6
		9	208	219-222	220.5 ± 2.1
		10	216	241
		11	224	248-254	250.2 ± 2.4
		12	232
		13	240
		14	248
		15	256
		17	272
		18	280
		19	288
		20	296
		22	312
Singleplex 13	Bruce07 (8)	2	134
		3	142
		4	150	150-154	151.9 ± 1.5
		5	158	157-162	159.8 ± 1.4
		6	166	166-171	168.1 ± 1.4
		7	174	175-178	176.8 ± 1
		8	182	183-186	184.4 ± 1.1
		9	190	192-195	195 ± 1.5
		10	198	200
		11	206
		12	214
		13	222
		14	230
Singleplex 14	Bruce 09 (8)	3	124	131-140	135,52 ± 2,6
		4	132	147
		5	140	155-158	156,33 ± 1,52
		6	148	162-167	165,4 ± 1,89
		7	156	172-177	174,42 ± 1,19
		8	164	182-187	184,42 ± 1,61
		9	172	191-198	193,75 ± 2,5
		10	180	201-203	202,12 ± 0,83
		11	188	209-212	210,75 ± 1,25
		12	196	220
		13	204	228-230	228,66 ± 1,15
		14	212
		15	220
		16	228	249-255	252,66 ± 3,21
		17	236
		18	244	266-271	268,85 ± 1,86
		19	252
		20	260
		22	276
		23	284
		24	292
Singleplex 15	Bruce 16 (8)	2	144	153-157	154,9 ± 1,59
		3	152	158-166	163,04 ± 2,38
		4	160	167-172	168,53 ± 1,66
		5	168	177-185	181,52 ± 2
		6	176	186-194	189,83 ± 2,55
		7	184	199-203	200,8 ± 1,4
		8	192	207-209	207,66 ± 1,15
		9	200	216-219	217,37 ± 1,18
		10	208	224-227	224,75 ± 1,5
		11	216	231
		12	224	242-248	244,75 ± 2,5
		14	240
		15	248
Singleplex 16	Bruce 19 (6)	4	79
		5	85
		6	91
		15	145
		16	151
		18	163	173-177	175 ± 1,4
		19	169	180-183	182,5 ± 0,5
		20	175	184-188	186 ± 1,8
		21	181	189-193	190,6 ± 1,2
		22	187	194-201	197,9 ± 1,1
		23	193	202
		25	205

^a Unit Length size
^b Arithmetic average (x) ± standard deviation (σ) of the observed sizes

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ISSN: 1471-2180

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